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Version 0.10.1 (#66)
* add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * 37-biomek-i5i7 (#40) * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * Refine biomek * Refine copy issue * Refine --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * Device visualization (#39) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * Device visualization (#41) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * fix move it * fix move it * create_resource * bump ver modify slot type * 增加modbus支持 调整protocol node以更好支持多种类型的read和write * 调整protocol node以更好支持多种类型的read和write * 补充日志 * Device visualization (#42) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * Add Mock Device for Organic Synthesis\添加有机合成的虚拟仪器和Protocol (#43) * Add Device MockChiller Add device MockChiller * Add Device MockFilter * Add Device MockPump * Add Device MockRotavap * Add Device MockSeparator * Add Device MockStirrer * Add Device MockHeater * Add Device MockVacuum * Add Device MockSolenoidValve * Add Device Mock \_init_.py * 规范模拟设备代码与注册表信息 * 更改Mock大写文件夹名 * 删除大写目录 * Edited Mock device json * Match mock device with action * Edit mock device yaml * Add new action * Add Virtual Device, Action, YAML, Protocol for Organic Syn * 单独分类测试的protocol文件夹 * 更名Action --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * bump version & protocol fix * hotfix: Add macos_sdk_config (#46) Co-authored-by: quehh <scienceol@outlook.com> * include device_mesh when pip install * 测试自动构建 * try build fix * try build * test artifacts * hotfix: Add .certs in .gitignore * create container * container 添加和更新完成 * Device registry port (#49) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * unify liquid_handler definition * Update virtual_device.yaml * 更正了stir和heater的连接方式 * 区分了虚拟仪器中的八通阀和电磁阀，添加了两个阀门的驱动 * 修改了add protocol * 修复了阀门更新版的bug * 修复了添加protocol前缀导致的不能启动的bug * Fix handles * bump version to 0.9.6 * add resource edge upload * update container registry and handles * add virtual_separator virtual_rotavap fix transfer_pump * fix container value add parent_name to edge device id * 大图的问题都修复好了，添加了gassource和vacuum pump的驱动以及注册表 * default resource upload mode is false * 添加了icon的文件名在注册表里面 * 修改了json图中link的格式 * fix resource and edge upload * fix device ports * Fix edge id * 移除device的父节点关联 * separate registry sync and resource_add * 默认不进行注册表报送，通过命令unilabos-register或者增加启动参数 * 完善tip * protocol node不再嵌套显示 * bump version to 0.9.7 新增一个测试PumpTransferProtocol的teststation，亲测可以运行，将八通阀们和转移泵与pump_protocol适配 * protocol node 执行action不应携带自身device id * 添加了一套简易双八通阀工作站JSON，亲测能跑 * 修复了很多protocol，亲测能跑 * 添加了run column和filter through的protocol，亲测能跑 * fix mock_reactor * 修改了大图和小图的json，但是在前端上没看到改变 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新workstation注册表 * 添加了两个protocol的检索功能 (#51) * 添加了两个protocol的检索liquid type功能 * fix workstation registry * 修复了没连接的几个仪器的link，添加了container的icon * 修改了json和注册表，现在大图全部的device都链接上了 * 修复了小图的json图，线全部连上了 * add work_station protocol handles (ports) * fix workstation action handle --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> * 新增注册表补全功能，修复Protocol执行失败 * 支持通过导入方式补全注册表，新增工作流unilabos_device_id字段 * 修复不启用注册表补充就无法启动的bug * 修复部分识别error * 修复静态方法识别get status，注册表支持python类型 * status types对于嵌套类型返回的对象，暂时处理成字符串，无法直接进行转换 * 支持通过list[int]，list[float]进行Int64MultiArray，Float64MultiArray的替换 * 成功动态导入的不再需要使用静态导入 * Fix handle names (#55) * fix handle names * improve evacuateAndRefill gas source finding * add camera and dependency (#56) * 修复auto-的Action在protocol node下错误注册 * 匹配init param schema格式 * Add channel_sources config in conda_build_config.yaml (#58) * 修复任务执行传参 * Create 5 new protocols & bump version 0.9.8 (#59) * 添加了5个缺失的protocol，验证了可以运行 * bump version to 0.9.8 * 修复新增的Action的字段缺失 --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * 转换到ros消息时，要进行基础类型转换 * Update work_station.yaml (#60) * Update work_station.yaml * Checklist里面有XDL跟protocol之间没对齐的问题，工作量有点大找时间写完 * Create prcxi.py * Update prcxi.py * Update Prcxi * 更新中析仪器，以及启动示例 * 修改moveit_interface，并在mqtt上报时发送一个时间戳，方便网页端对数据的筛选 (#62) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error * 修改moveit_interface，并在mqtt上报时发送一个时间戳 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新实例 * 更新实例 * 更新实例 * 修正prcxi启动 * 更新PRCXI配置，修改主机地址和设置状态，并添加示例用法 * add pickup tips for prcxi * 任意执行错误都应该返回failed * 任意执行错误都应该返回failed * Add plateT6 to PRCXI configuration and enhance error handling in liquid handling * prcxi blending * assert blending_times > 0 * update prcxi * update prcxi registry * Update prcxi.py to fit the function in unilabos. * 不生成已配置action的动作，增加prcxi的debug模式 * 增加注册表版本参数，支持将auto-指令人工检查后非auto，不生成人工已检查的指令，取消不必要的description生成 * 增加注册表版本参数，支持将auto-指令人工检查后非auto，不生成人工已检查的指令，取消不必要的description生成 * Update prcxi.py * 修复了部分的protocol因为XDL更新导致的问题 (#61) * 修复了部分的protocol因为XDL更新导致的问题 但是pumptransfer，add，dissolve，separate还没修，后续还需要写virtual固体加料器 * 补充了四个action * 添加了固体加样器，丰富了json，修改了add protocol * bump version to 0.9.9 * fix bugs from new actions * protocol完整修复版本& bump version to 0.9.10 * 修补了一些单位处理，bump version to 0.9.11 * 优化了全protocol的运行时间，除了pumptransfer相关的还没 * 补充了剩下的几个protocol --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * 修复action移除时的报错，更新注册表 * Update prcxi.py * Update prcxi.py * 新增simulator * Update prcxi.py * Update trash * Update prcxi.py * Update prcxi.py * Update for discard tips * Update prcxi.py * Update PRCXI * 更新axis等参数 * Update 9320 * get_well_container&get_tip_rack * update * Update 9320 * update * deck * 更新注册表&增加资源，parent应为resources字段 * Update 9320 * update * 新增set liquid方法 * 新增set liquid方法 * action to resource & 0.9.12 (#64) * action to resource & 0.9.12 * stir和adjustph的中的bug修不好 * modify prcxi * 0.9.12 update registry * update * update * registry upadte * Update * update * container_for_nothing * mix * registry fix * registry fix * registry fix * Update * Update prcxi.py * SET TIP RACK * bump version * update registry version & category * update set tip rack * yaml dump支持ordered dict，支持config_info * fix devices * fix resource check serialize * fix: Protocol node resource run (#65) * stir和adjustph的中的bug修不好 * fix sub-resource query in protocol node compiling * add resource placeholder to vessels * add the rest yaml * Update work_station.yaml --------- Co-authored-by: KCFeng425 <2100011801@stu.pku.edu.cn> * 采用http报送resource * 采用http报送resource * update * Update .gitignore * bump version to 0.10.0 * default param simulator * slim * Update * Update for prcxi * Update * Update * Refactor PRCXI9300Deck initialization and update plate configurations - Changed deck name from "PRCXI_Deck" to "PRCXI_Deck_9300". - Updated plate4 initialization to use get_well_container instead of get_tip_rack. - Modified plate4 material details with new UUID, code, and name. - Renamed output JSON file to "deck_9300_new.json". - Uncommented and adjusted liquid handling operations for clarity and future use. * test * update * Update prcxi_9300.json This one is good * update * fix protocol_node communication transfer * 修复注册表handles类型错误的问题 * 物料添加失败应该直接raise ValueError，不要等待 * 更正注册表中的数字类型 * Delete unnecessary files. * 新增lab_id直接传入 * fix vessel_id param passing in protocols * 新增dll预载，保证部分设备可正常使用unilabos_msgs * 修复可能的web template找不到的问题 新增联网获取json启动 删除非-g传入启动json的方式 兼容传参参数名短横线与下划线 * 修复可能的web template找不到的问题 新增联网获取json启动 删除非-g传入启动json的方式 兼容传参参数名短横线与下划线 更新版本到0.10.1 修复Upload Registry镜像不匹配 * 新增用户引导 * Device visualization (#67) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error * 修改moveit_interface，并在mqtt上报时发送一个时间戳 * 添加机械臂和移液站 * 添加 * 添加硬件 * update * 添加 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新注册表 --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: Kongchang Feng <2100011801@stu.pku.edu.cn> Co-authored-by: hh. <103566763+Mile-Away@users.noreply.github.com> Co-authored-by: quehh <scienceol@outlook.com> Co-authored-by: Harvey Que <quehaohui@dp.tech> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> Co-authored-by: ZiWei <131428629+ZiWei09@users.noreply.github.com>
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657
unilabos/compile/adjustph_protocol.py
Normal file
657
unilabos/compile/adjustph_protocol.py
Normal file
@@ -0,0 +1,657 @@
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||||
import networkx as nx
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||||
import logging
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||||
from typing import List, Dict, Any, Union
|
||||
from .pump_protocol import generate_pump_protocol_with_rinsing
|
||||
|
||||
logger = logging.getLogger(__name__)
|
||||
|
||||
def debug_print(message):
|
||||
"""调试输出"""
|
||||
print(f"[ADJUST_PH] {message}", flush=True)
|
||||
logger.info(f"[ADJUST_PH] {message}")
|
||||
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||||
# 🆕 创建进度日志动作
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||||
def create_action_log(message: str, emoji: str = "📝") -> Dict[str, Any]:
|
||||
"""创建一个动作日志"""
|
||||
full_message = f"{emoji} {message}"
|
||||
debug_print(full_message)
|
||||
logger.info(full_message)
|
||||
print(f"[ACTION] {full_message}", flush=True)
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"action_name": "wait",
|
||||
"action_kwargs": {
|
||||
"time": 0.1,
|
||||
"log_message": full_message
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
def find_acid_base_vessel(G: nx.DiGraph, reagent: str) -> str:
|
||||
"""
|
||||
查找酸碱试剂容器，支持多种匹配模式
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
G: 网络图
|
||||
reagent: 试剂名称（如 "hydrochloric acid", "sodium hydroxide"）
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
str: 试剂容器ID
|
||||
"""
|
||||
debug_print(f"🔍 正在查找试剂 '{reagent}' 的容器...")
|
||||
|
||||
# 常见酸碱试剂的别名映射
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||||
reagent_aliases = {
|
||||
"hydrochloric acid": ["HCl", "hydrochloric_acid", "hcl", "muriatic_acid"],
|
||||
"sodium hydroxide": ["NaOH", "sodium_hydroxide", "naoh", "caustic_soda"],
|
||||
"sulfuric acid": ["H2SO4", "sulfuric_acid", "h2so4"],
|
||||
"nitric acid": ["HNO3", "nitric_acid", "hno3"],
|
||||
"acetic acid": ["CH3COOH", "acetic_acid", "glacial_acetic_acid"],
|
||||
"ammonia": ["NH3", "ammonium_hydroxide", "nh3"],
|
||||
"potassium hydroxide": ["KOH", "potassium_hydroxide", "koh"]
|
||||
}
|
||||
|
||||
# 构建搜索名称列表
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||||
search_names = [reagent.lower()]
|
||||
debug_print(f"📋 基础搜索名称: {reagent.lower()}")
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||||
|
||||
# 添加别名
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||||
for base_name, aliases in reagent_aliases.items():
|
||||
if reagent.lower() in base_name.lower() or base_name.lower() in reagent.lower():
|
||||
search_names.extend([alias.lower() for alias in aliases])
|
||||
debug_print(f"🔗 添加别名: {aliases}")
|
||||
break
|
||||
|
||||
debug_print(f"📝 完整搜索列表: {search_names}")
|
||||
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||||
# 构建可能的容器名称
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possible_names = []
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||||
for name in search_names:
|
||||
name_clean = name.replace(" ", "_").replace("-", "_")
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||||
possible_names.extend([
|
||||
f"flask_{name_clean}",
|
||||
f"bottle_{name_clean}",
|
||||
f"reagent_{name_clean}",
|
||||
f"acid_{name_clean}" if "acid" in name else f"base_{name_clean}",
|
||||
f"{name_clean}_bottle",
|
||||
f"{name_clean}_flask",
|
||||
name_clean
|
||||
])
|
||||
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||||
debug_print(f"🎯 可能的容器名称 (前5个): {possible_names[:5]}... (共{len(possible_names)}个)")
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||||
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||||
# 第一步：通过容器名称匹配
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||||
debug_print(f"📋 方法1: 精确名称匹配...")
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||||
for vessel_name in possible_names:
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||||
if vessel_name in G.nodes():
|
||||
debug_print(f"✅ 通过名称匹配找到容器: {vessel_name} 🎯")
|
||||
return vessel_name
|
||||
|
||||
# 第二步：通过模糊匹配
|
||||
debug_print(f"📋 方法2: 模糊名称匹配...")
|
||||
for node_id in G.nodes():
|
||||
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
|
||||
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
|
||||
|
||||
# 检查是否包含任何搜索名称
|
||||
for search_name in search_names:
|
||||
if search_name in node_id.lower() or search_name in node_name:
|
||||
debug_print(f"✅ 通过模糊匹配找到容器: {node_id} 🔍")
|
||||
return node_id
|
||||
|
||||
# 第三步：通过液体类型匹配
|
||||
debug_print(f"📋 方法3: 液体类型匹配...")
|
||||
for node_id in G.nodes():
|
||||
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
|
||||
vessel_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
|
||||
liquids = vessel_data.get('liquid', [])
|
||||
|
||||
for liquid in liquids:
|
||||
if isinstance(liquid, dict):
|
||||
liquid_type = (liquid.get('liquid_type') or liquid.get('name', '')).lower()
|
||||
reagent_name = vessel_data.get('reagent_name', '').lower()
|
||||
|
||||
for search_name in search_names:
|
||||
if search_name in liquid_type or search_name in reagent_name:
|
||||
debug_print(f"✅ 通过液体类型匹配找到容器: {node_id} 💧")
|
||||
return node_id
|
||||
|
||||
# 列出可用容器帮助调试
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||||
debug_print(f"📊 列出可用容器帮助调试...")
|
||||
available_containers = []
|
||||
for node_id in G.nodes():
|
||||
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
|
||||
vessel_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
|
||||
liquids = vessel_data.get('liquid', [])
|
||||
liquid_types = [liquid.get('liquid_type', '') or liquid.get('name', '')
|
||||
for liquid in liquids if isinstance(liquid, dict)]
|
||||
|
||||
available_containers.append({
|
||||
'id': node_id,
|
||||
'name': G.nodes[node_id].get('name', ''),
|
||||
'liquids': liquid_types,
|
||||
'reagent_name': vessel_data.get('reagent_name', '')
|
||||
})
|
||||
|
||||
debug_print(f"📋 可用容器列表:")
|
||||
for container in available_containers:
|
||||
debug_print(f" - 🧪 {container['id']}: {container['name']}")
|
||||
debug_print(f" 💧 液体: {container['liquids']}")
|
||||
debug_print(f" 🏷️ 试剂: {container['reagent_name']}")
|
||||
|
||||
debug_print(f"❌ 所有匹配方法都失败了")
|
||||
raise ValueError(f"找不到试剂 '{reagent}' 对应的容器。尝试了: {possible_names[:10]}...")
|
||||
|
||||
def find_connected_stirrer(G: nx.DiGraph, vessel: str) -> str:
|
||||
"""查找与容器相连的搅拌器"""
|
||||
debug_print(f"🔍 查找连接到容器 '{vessel}' 的搅拌器...")
|
||||
|
||||
stirrer_nodes = [node for node in G.nodes()
|
||||
if (G.nodes[node].get('class') or '') == 'virtual_stirrer']
|
||||
|
||||
debug_print(f"📊 发现 {len(stirrer_nodes)} 个搅拌器: {stirrer_nodes}")
|
||||
|
||||
for stirrer in stirrer_nodes:
|
||||
if G.has_edge(stirrer, vessel) or G.has_edge(vessel, stirrer):
|
||||
debug_print(f"✅ 找到连接的搅拌器: {stirrer} 🔗")
|
||||
return stirrer
|
||||
|
||||
if stirrer_nodes:
|
||||
debug_print(f"⚠️ 未找到直接连接的搅拌器，使用第一个: {stirrer_nodes[0]} 🔄")
|
||||
return stirrer_nodes[0]
|
||||
|
||||
debug_print(f"❌ 未找到任何搅拌器")
|
||||
return None
|
||||
|
||||
def calculate_reagent_volume(target_ph_value: float, reagent: str, vessel_volume: float = 100.0) -> float:
|
||||
"""
|
||||
估算需要的试剂体积来调节pH
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
target_ph_value: 目标pH值
|
||||
reagent: 试剂名称
|
||||
vessel_volume: 容器体积 (mL)
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
float: 估算的试剂体积 (mL)
|
||||
"""
|
||||
debug_print(f"🧮 计算试剂体积...")
|
||||
debug_print(f" 📍 目标pH: {target_ph_value}")
|
||||
debug_print(f" 🧪 试剂: {reagent}")
|
||||
debug_print(f" 📏 容器体积: {vessel_volume}mL")
|
||||
|
||||
# 简化的pH调节体积估算（实际应用中需要更精确的计算）
|
||||
if "acid" in reagent.lower() or "hcl" in reagent.lower():
|
||||
debug_print(f"🍋 检测到酸性试剂")
|
||||
# 酸性试剂：pH越低需要的体积越大
|
||||
if target_ph_value < 3:
|
||||
volume = vessel_volume * 0.05 # 5%
|
||||
debug_print(f" 💪 强酸性 (pH<3): 使用 5% 体积")
|
||||
elif target_ph_value < 5:
|
||||
volume = vessel_volume * 0.02 # 2%
|
||||
debug_print(f" 🔸 中酸性 (pH<5): 使用 2% 体积")
|
||||
else:
|
||||
volume = vessel_volume * 0.01 # 1%
|
||||
debug_print(f" 🔹 弱酸性 (pH≥5): 使用 1% 体积")
|
||||
|
||||
elif "hydroxide" in reagent.lower() or "naoh" in reagent.lower():
|
||||
debug_print(f"🧂 检测到碱性试剂")
|
||||
# 碱性试剂：pH越高需要的体积越大
|
||||
if target_ph_value > 11:
|
||||
volume = vessel_volume * 0.05 # 5%
|
||||
debug_print(f" 💪 强碱性 (pH>11): 使用 5% 体积")
|
||||
elif target_ph_value > 9:
|
||||
volume = vessel_volume * 0.02 # 2%
|
||||
debug_print(f" 🔸 中碱性 (pH>9): 使用 2% 体积")
|
||||
else:
|
||||
volume = vessel_volume * 0.01 # 1%
|
||||
debug_print(f" 🔹 弱碱性 (pH≤9): 使用 1% 体积")
|
||||
|
||||
else:
|
||||
# 未知试剂，使用默认值
|
||||
volume = vessel_volume * 0.01
|
||||
debug_print(f"❓ 未知试剂类型，使用默认 1% 体积")
|
||||
|
||||
debug_print(f"📊 计算结果: {volume:.2f}mL")
|
||||
return volume
|
||||
|
||||
def generate_adjust_ph_protocol(
|
||||
G: nx.DiGraph,
|
||||
vessel:Union[dict,str], # 🔧 修改：从字符串改为字典类型
|
||||
ph_value: float,
|
||||
reagent: str,
|
||||
**kwargs
|
||||
) -> List[Dict[str, Any]]:
|
||||
"""
|
||||
生成调节pH的协议序列
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
G: 有向图，节点为容器和设备
|
||||
vessel: 目标容器字典（需要调节pH的容器）
|
||||
ph_value: 目标pH值（从XDL传入）
|
||||
reagent: 酸碱试剂名称（从XDL传入）
|
||||
**kwargs: 其他可选参数，使用默认值
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
List[Dict[str, Any]]: 动作序列
|
||||
"""
|
||||
|
||||
# 统一处理vessel参数
|
||||
if isinstance(vessel, dict):
|
||||
if "id" not in vessel:
|
||||
vessel_id = list(vessel.values())[0].get("id", "")
|
||||
else:
|
||||
vessel_id = vessel.get("id", "")
|
||||
vessel_data = vessel.get("data", {})
|
||||
else:
|
||||
vessel_id = str(vessel)
|
||||
vessel_data = G.nodes[vessel_id].get("data", {}) if vessel_id in G.nodes() else {}
|
||||
|
||||
if not vessel_id:
|
||||
debug_print(f"❌ vessel 参数无效，必须包含id字段或直接提供容器ID. vessel: {vessel}")
|
||||
raise ValueError("vessel 参数无效，必须包含id字段或直接提供容器ID")
|
||||
|
||||
debug_print("=" * 60)
|
||||
debug_print("🧪 开始生成pH调节协议")
|
||||
debug_print(f"📋 原始参数:")
|
||||
debug_print(f" 🥼 vessel: {vessel} (ID: {vessel_id})")
|
||||
debug_print(f" 📊 ph_value: {ph_value}")
|
||||
debug_print(f" 🧪 reagent: '{reagent}'")
|
||||
debug_print(f" 📦 kwargs: {kwargs}")
|
||||
debug_print("=" * 60)
|
||||
|
||||
action_sequence = []
|
||||
|
||||
# 从kwargs中获取可选参数，如果没有则使用默认值
|
||||
volume = kwargs.get('volume', 0.0) # 自动估算体积
|
||||
stir = kwargs.get('stir', True) # 默认搅拌
|
||||
stir_speed = kwargs.get('stir_speed', 300.0) # 默认搅拌速度
|
||||
stir_time = kwargs.get('stir_time', 60.0) # 默认搅拌时间
|
||||
settling_time = kwargs.get('settling_time', 30.0) # 默认平衡时间
|
||||
|
||||
debug_print(f"🔧 处理后的参数:")
|
||||
debug_print(f" 📏 volume: {volume}mL (0.0表示自动估算)")
|
||||
debug_print(f" 🌪️ stir: {stir}")
|
||||
debug_print(f" 🔄 stir_speed: {stir_speed}rpm")
|
||||
debug_print(f" ⏱️ stir_time: {stir_time}s")
|
||||
debug_print(f" ⏳ settling_time: {settling_time}s")
|
||||
|
||||
# 开始处理
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"开始调节pH至 {ph_value}", "🧪"))
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"目标容器: {vessel_id}", "🥼"))
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"使用试剂: {reagent}", "⚗️"))
|
||||
|
||||
# 1. 验证目标容器存在
|
||||
debug_print(f"🔍 步骤1: 验证目标容器...")
|
||||
if vessel_id not in G.nodes():
|
||||
debug_print(f"❌ 目标容器 '{vessel_id}' 不存在于系统中")
|
||||
raise ValueError(f"目标容器 '{vessel_id}' 不存在于系统中")
|
||||
|
||||
debug_print(f"✅ 目标容器验证通过")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("目标容器验证通过", "✅"))
|
||||
|
||||
# 2. 查找酸碱试剂容器
|
||||
debug_print(f"🔍 步骤2: 查找试剂容器...")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("正在查找试剂容器...", "🔍"))
|
||||
|
||||
try:
|
||||
reagent_vessel = find_acid_base_vessel(G, reagent)
|
||||
debug_print(f"✅ 找到试剂容器: {reagent_vessel}")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"找到试剂容器: {reagent_vessel}", "🧪"))
|
||||
except ValueError as e:
|
||||
debug_print(f"❌ 无法找到试剂容器: {str(e)}")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"试剂容器查找失败: {str(e)}", "❌"))
|
||||
raise ValueError(f"无法找到试剂 '{reagent}': {str(e)}")
|
||||
|
||||
# 3. 体积估算
|
||||
debug_print(f"🔍 步骤3: 体积处理...")
|
||||
if volume <= 0:
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("开始自动估算试剂体积", "🧮"))
|
||||
|
||||
# 获取目标容器的体积信息
|
||||
vessel_data = G.nodes[vessel_id].get('data', {})
|
||||
vessel_volume = vessel_data.get('max_volume', 100.0) # 默认100mL
|
||||
debug_print(f"📏 容器最大体积: {vessel_volume}mL")
|
||||
|
||||
estimated_volume = calculate_reagent_volume(ph_value, reagent, vessel_volume)
|
||||
volume = estimated_volume
|
||||
debug_print(f"✅ 自动估算试剂体积: {volume:.2f} mL")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"估算试剂体积: {volume:.2f}mL", "📊"))
|
||||
else:
|
||||
debug_print(f"📏 使用指定体积: {volume}mL")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"使用指定体积: {volume}mL", "📏"))
|
||||
|
||||
# 4. 验证路径存在
|
||||
debug_print(f"🔍 步骤4: 路径验证...")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("验证转移路径...", "🛤️"))
|
||||
|
||||
try:
|
||||
path = nx.shortest_path(G, source=reagent_vessel, target=vessel_id)
|
||||
debug_print(f"✅ 找到路径: {' → '.join(path)}")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"找到转移路径: {' → '.join(path)}", "🛤️"))
|
||||
except nx.NetworkXNoPath:
|
||||
debug_print(f"❌ 无法找到转移路径")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("转移路径不存在", "❌"))
|
||||
raise ValueError(f"从试剂容器 '{reagent_vessel}' 到目标容器 '{vessel_id}' 没有可用路径")
|
||||
|
||||
# 5. 搅拌器设置
|
||||
debug_print(f"🔍 步骤5: 搅拌器设置...")
|
||||
stirrer_id = None
|
||||
if stir:
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("准备启动搅拌器", "🌪️"))
|
||||
|
||||
try:
|
||||
stirrer_id = find_connected_stirrer(G, vessel_id)
|
||||
|
||||
if stirrer_id:
|
||||
debug_print(f"✅ 找到搅拌器 {stirrer_id}，启动搅拌")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"启动搅拌器 {stirrer_id} (速度: {stir_speed}rpm)", "🔄"))
|
||||
|
||||
action_sequence.append({
|
||||
"device_id": stirrer_id,
|
||||
"action_name": "start_stir",
|
||||
"action_kwargs": {
|
||||
"vessel": vessel_id,
|
||||
"stir_speed": stir_speed,
|
||||
"purpose": f"pH调节: 启动搅拌，准备添加 {reagent}"
|
||||
}
|
||||
})
|
||||
|
||||
# 等待搅拌稳定
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("等待搅拌稳定...", "⏳"))
|
||||
action_sequence.append({
|
||||
"action_name": "wait",
|
||||
"action_kwargs": {"time": 5}
|
||||
})
|
||||
else:
|
||||
debug_print(f"⚠️ 未找到搅拌器，继续执行")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("未找到搅拌器，跳过搅拌", "⚠️"))
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
debug_print(f"❌ 搅拌器配置出错: {str(e)}")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"搅拌器配置失败: {str(e)}", "❌"))
|
||||
else:
|
||||
debug_print(f"📋 跳过搅拌设置")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("跳过搅拌设置", "⏭️"))
|
||||
|
||||
# 6. 试剂添加
|
||||
debug_print(f"🔍 步骤6: 试剂添加...")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"开始添加试剂 {volume:.2f}mL", "🚰"))
|
||||
|
||||
# 计算添加时间（pH调节需要缓慢添加）
|
||||
addition_time = max(30.0, volume * 2.0) # 至少30秒，每mL需要2秒
|
||||
debug_print(f"⏱️ 计算添加时间: {addition_time}s (缓慢注入)")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"设置添加时间: {addition_time:.0f}s (缓慢注入)", "⏱️"))
|
||||
|
||||
try:
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("调用泵协议进行试剂转移", "🔄"))
|
||||
|
||||
pump_actions = generate_pump_protocol_with_rinsing(
|
||||
G=G,
|
||||
from_vessel=reagent_vessel,
|
||||
to_vessel=vessel_id,
|
||||
volume=volume,
|
||||
amount="",
|
||||
time=addition_time,
|
||||
viscous=False,
|
||||
rinsing_solvent="", # pH调节不需要清洗
|
||||
rinsing_volume=0.0,
|
||||
rinsing_repeats=0,
|
||||
solid=False,
|
||||
flowrate=0.5, # 缓慢注入
|
||||
transfer_flowrate=0.3
|
||||
)
|
||||
|
||||
action_sequence.extend(pump_actions)
|
||||
debug_print(f"✅ 泵协议生成完成，添加了 {len(pump_actions)} 个动作")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"试剂转移完成 ({len(pump_actions)} 个操作)", "✅"))
|
||||
|
||||
# 🔧 修复体积运算 - 试剂添加成功后更新容器液体体积
|
||||
debug_print(f"🔧 更新容器液体体积...")
|
||||
if "data" in vessel and "liquid_volume" in vessel["data"]:
|
||||
current_volume = vessel["data"]["liquid_volume"]
|
||||
debug_print(f"📊 添加前容器体积: {current_volume}")
|
||||
|
||||
# 处理不同的体积数据格式
|
||||
if isinstance(current_volume, list):
|
||||
if len(current_volume) > 0:
|
||||
# 增加体积（添加试剂）
|
||||
vessel["data"]["liquid_volume"][0] += volume
|
||||
debug_print(f"📊 添加后容器体积: {vessel['data']['liquid_volume'][0]:.2f}mL (+{volume:.2f}mL)")
|
||||
else:
|
||||
# 如果列表为空，创建新的体积记录
|
||||
vessel["data"]["liquid_volume"] = [volume]
|
||||
debug_print(f"📊 初始化容器体积: {volume:.2f}mL")
|
||||
elif isinstance(current_volume, (int, float)):
|
||||
# 直接数值类型
|
||||
vessel["data"]["liquid_volume"] += volume
|
||||
debug_print(f"📊 添加后容器体积: {vessel['data']['liquid_volume']:.2f}mL (+{volume:.2f}mL)")
|
||||
else:
|
||||
debug_print(f"⚠️ 未知的体积数据格式: {type(current_volume)}")
|
||||
# 创建新的体积记录
|
||||
vessel["data"]["liquid_volume"] = volume
|
||||
else:
|
||||
debug_print(f"📊 容器无液体体积数据，创建新记录: {volume:.2f}mL")
|
||||
# 确保vessel有data字段
|
||||
if "data" not in vessel:
|
||||
vessel["data"] = {}
|
||||
vessel["data"]["liquid_volume"] = volume
|
||||
|
||||
# 🔧 同时更新图中的容器数据
|
||||
if vessel_id in G.nodes():
|
||||
vessel_node_data = G.nodes[vessel_id].get('data', {})
|
||||
current_node_volume = vessel_node_data.get('liquid_volume', 0.0)
|
||||
|
||||
if isinstance(current_node_volume, list):
|
||||
if len(current_node_volume) > 0:
|
||||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'][0] += volume
|
||||
else:
|
||||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = [volume]
|
||||
else:
|
||||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = current_node_volume + volume
|
||||
|
||||
debug_print(f"✅ 图节点体积数据已更新")
|
||||
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"容器体积已更新 (+{volume:.2f}mL)", "📊"))
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
debug_print(f"❌ 生成泵协议时出错: {str(e)}")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"泵协议生成失败: {str(e)}", "❌"))
|
||||
raise ValueError(f"生成泵协议时出错: {str(e)}")
|
||||
|
||||
# 7. 混合搅拌
|
||||
if stir and stirrer_id:
|
||||
debug_print(f"🔍 步骤7: 混合搅拌...")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"开始混合搅拌 {stir_time:.0f}s", "🌀"))
|
||||
|
||||
action_sequence.append({
|
||||
"device_id": stirrer_id,
|
||||
"action_name": "stir",
|
||||
"action_kwargs": {
|
||||
"stir_time": stir_time,
|
||||
"stir_speed": stir_speed,
|
||||
"settling_time": settling_time,
|
||||
"purpose": f"pH调节: 混合试剂，目标pH={ph_value}"
|
||||
}
|
||||
})
|
||||
|
||||
debug_print(f"✅ 混合搅拌设置完成")
|
||||
else:
|
||||
debug_print(f"⏭️ 跳过混合搅拌")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("跳过混合搅拌", "⏭️"))
|
||||
|
||||
# 8. 等待平衡
|
||||
debug_print(f"🔍 步骤8: 反应平衡...")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"等待pH平衡 {settling_time:.0f}s", "⚖️"))
|
||||
|
||||
action_sequence.append({
|
||||
"action_name": "wait",
|
||||
"action_kwargs": {
|
||||
"time": settling_time,
|
||||
"description": f"等待pH平衡到目标值 {ph_value}"
|
||||
}
|
||||
})
|
||||
|
||||
# 9. 完成总结
|
||||
total_time = addition_time + stir_time + settling_time
|
||||
|
||||
debug_print("=" * 60)
|
||||
debug_print(f"🎉 pH调节协议生成完成")
|
||||
debug_print(f"📊 协议统计:")
|
||||
debug_print(f" 📋 总动作数: {len(action_sequence)}")
|
||||
debug_print(f" ⏱️ 预计总时间: {total_time:.0f}s ({total_time/60:.1f}分钟)")
|
||||
debug_print(f" 🧪 试剂: {reagent}")
|
||||
debug_print(f" 📏 体积: {volume:.2f}mL")
|
||||
debug_print(f" 📊 目标pH: {ph_value}")
|
||||
debug_print(f" 🥼 目标容器: {vessel_id}")
|
||||
debug_print("=" * 60)
|
||||
|
||||
# 添加完成日志
|
||||
summary_msg = f"pH调节协议完成: {vessel_id} → pH {ph_value} (使用 {volume:.2f}mL {reagent})"
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(summary_msg, "🎉"))
|
||||
|
||||
return action_sequence
|
||||
|
||||
def generate_adjust_ph_protocol_stepwise(
|
||||
G: nx.DiGraph,
|
||||
vessel: dict, # 🔧 修改：从字符串改为字典类型
|
||||
ph_value: float,
|
||||
reagent: str,
|
||||
max_volume: float = 10.0,
|
||||
steps: int = 3
|
||||
) -> List[Dict[str, Any]]:
|
||||
"""
|
||||
分步调节pH的协议（更安全，避免过度调节）
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
G: 网络图
|
||||
vessel: 目标容器字典
|
||||
ph_value: 目标pH值
|
||||
reagent: 酸碱试剂
|
||||
max_volume: 最大试剂体积
|
||||
steps: 分步数量
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
List[Dict[str, Any]]: 动作序列
|
||||
"""
|
||||
# 🔧 核心修改：从字典中提取容器ID
|
||||
vessel_id = vessel["id"]
|
||||
|
||||
debug_print("=" * 60)
|
||||
debug_print(f"🔄 开始分步pH调节")
|
||||
debug_print(f"📋 分步参数:")
|
||||
debug_print(f" 🥼 vessel: {vessel} (ID: {vessel_id})")
|
||||
debug_print(f" 📊 ph_value: {ph_value}")
|
||||
debug_print(f" 🧪 reagent: {reagent}")
|
||||
debug_print(f" 📏 max_volume: {max_volume}mL")
|
||||
debug_print(f" 🔢 steps: {steps}")
|
||||
debug_print("=" * 60)
|
||||
|
||||
action_sequence = []
|
||||
|
||||
# 每步添加的体积
|
||||
step_volume = max_volume / steps
|
||||
debug_print(f"📊 每步体积: {step_volume:.2f}mL")
|
||||
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"开始分步pH调节 ({steps}步)", "🔄"))
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"每步添加: {step_volume:.2f}mL", "📏"))
|
||||
|
||||
for i in range(steps):
|
||||
debug_print(f"🔄 执行第 {i+1}/{steps} 步，添加 {step_volume:.2f}mL")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"第 {i+1}/{steps} 步开始", "🚀"))
|
||||
|
||||
# 生成单步协议
|
||||
step_actions = generate_adjust_ph_protocol(
|
||||
G=G,
|
||||
vessel=vessel, # 🔧 直接传递vessel字典
|
||||
ph_value=ph_value,
|
||||
reagent=reagent,
|
||||
volume=step_volume,
|
||||
stir=True,
|
||||
stir_speed=300.0,
|
||||
stir_time=30.0,
|
||||
settling_time=20.0
|
||||
)
|
||||
|
||||
action_sequence.extend(step_actions)
|
||||
debug_print(f"✅ 第 {i+1}/{steps} 步完成，添加了 {len(step_actions)} 个动作")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log(f"第 {i+1}/{steps} 步完成", "✅"))
|
||||
|
||||
# 步骤间等待
|
||||
if i < steps - 1:
|
||||
debug_print(f"⏳ 步骤间等待30s")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("步骤间等待...", "⏳"))
|
||||
action_sequence.append({
|
||||
"action_name": "wait",
|
||||
"action_kwargs": {
|
||||
"time": 30,
|
||||
"description": f"pH调节第{i+1}步完成，等待下一步"
|
||||
}
|
||||
})
|
||||
|
||||
debug_print(f"🎉 分步pH调节完成，共 {len(action_sequence)} 个动作")
|
||||
action_sequence.append(create_action_log("分步pH调节全部完成", "🎉"))
|
||||
|
||||
return action_sequence
|
||||
|
||||
# 便捷函数：常用pH调节
|
||||
def generate_acidify_protocol(
|
||||
G: nx.DiGraph,
|
||||
vessel: dict, # 🔧 修改：从字符串改为字典类型
|
||||
target_ph: float = 2.0,
|
||||
acid: str = "hydrochloric acid"
|
||||
) -> List[Dict[str, Any]]:
|
||||
"""酸化协议"""
|
||||
vessel_id = vessel["id"]
|
||||
debug_print(f"🍋 生成酸化协议: {vessel_id} → pH {target_ph} (使用 {acid})")
|
||||
return generate_adjust_ph_protocol(
|
||||
G, vessel, target_ph, acid
|
||||
)
|
||||
|
||||
def generate_basify_protocol(
|
||||
G: nx.DiGraph,
|
||||
vessel: dict, # 🔧 修改：从字符串改为字典类型
|
||||
target_ph: float = 12.0,
|
||||
base: str = "sodium hydroxide"
|
||||
) -> List[Dict[str, Any]]:
|
||||
"""碱化协议"""
|
||||
vessel_id = vessel["id"]
|
||||
debug_print(f"🧂 生成碱化协议: {vessel_id} → pH {target_ph} (使用 {base})")
|
||||
return generate_adjust_ph_protocol(
|
||||
G, vessel, target_ph, base
|
||||
)
|
||||
|
||||
def generate_neutralize_protocol(
|
||||
G: nx.DiGraph,
|
||||
vessel: dict, # 🔧 修改：从字符串改为字典类型
|
||||
reagent: str = "sodium hydroxide"
|
||||
) -> List[Dict[str, Any]]:
|
||||
"""中和协议（pH=7）"""
|
||||
vessel_id = vessel["id"]
|
||||
debug_print(f"⚖️ 生成中和协议: {vessel_id} → pH 7.0 (使用 {reagent})")
|
||||
return generate_adjust_ph_protocol(
|
||||
G, vessel, 7.0, reagent
|
||||
)
|
||||
|
||||
# 测试函数
|
||||
def test_adjust_ph_protocol():
|
||||
"""测试pH调节协议"""
|
||||
debug_print("=== ADJUST PH PROTOCOL 增强版测试 ===")
|
||||
|
||||
# 测试体积计算
|
||||
debug_print("🧮 测试体积计算...")
|
||||
test_cases = [
|
||||
(2.0, "hydrochloric acid", 100.0),
|
||||
(4.0, "hydrochloric acid", 100.0),
|
||||
(12.0, "sodium hydroxide", 100.0),
|
||||
(10.0, "sodium hydroxide", 100.0),
|
||||
(7.0, "unknown reagent", 100.0)
|
||||
]
|
||||
|
||||
for ph, reagent, volume in test_cases:
|
||||
result = calculate_reagent_volume(ph, reagent, volume)
|
||||
debug_print(f"📊 {reagent} → pH {ph}: {result:.2f}mL")
|
||||
|
||||
debug_print("✅ 测试完成")
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
test_adjust_ph_protocol()
|
||||
Reference in New Issue
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