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Version 0.10.1 (#66)
* add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * 37-biomek-i5i7 (#40) * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * Refine biomek * Refine copy issue * Refine --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * Device visualization (#39) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * Device visualization (#41) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * fix move it * fix move it * create_resource * bump ver modify slot type * 增加modbus支持 调整protocol node以更好支持多种类型的read和write * 调整protocol node以更好支持多种类型的read和write * 补充日志 * Device visualization (#42) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * Add Mock Device for Organic Synthesis\添加有机合成的虚拟仪器和Protocol (#43) * Add Device MockChiller Add device MockChiller * Add Device MockFilter * Add Device MockPump * Add Device MockRotavap * Add Device MockSeparator * Add Device MockStirrer * Add Device MockHeater * Add Device MockVacuum * Add Device MockSolenoidValve * Add Device Mock \_init_.py * 规范模拟设备代码与注册表信息 * 更改Mock大写文件夹名 * 删除大写目录 * Edited Mock device json * Match mock device with action * Edit mock device yaml * Add new action * Add Virtual Device, Action, YAML, Protocol for Organic Syn * 单独分类测试的protocol文件夹 * 更名Action --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * bump version & protocol fix * hotfix: Add macos_sdk_config (#46) Co-authored-by: quehh <scienceol@outlook.com> * include device_mesh when pip install * 测试自动构建 * try build fix * try build * test artifacts * hotfix: Add .certs in .gitignore * create container * container 添加和更新完成 * Device registry port (#49) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * unify liquid_handler definition * Update virtual_device.yaml * 更正了stir和heater的连接方式 * 区分了虚拟仪器中的八通阀和电磁阀，添加了两个阀门的驱动 * 修改了add protocol * 修复了阀门更新版的bug * 修复了添加protocol前缀导致的不能启动的bug * Fix handles * bump version to 0.9.6 * add resource edge upload * update container registry and handles * add virtual_separator virtual_rotavap fix transfer_pump * fix container value add parent_name to edge device id * 大图的问题都修复好了，添加了gassource和vacuum pump的驱动以及注册表 * default resource upload mode is false * 添加了icon的文件名在注册表里面 * 修改了json图中link的格式 * fix resource and edge upload * fix device ports * Fix edge id * 移除device的父节点关联 * separate registry sync and resource_add * 默认不进行注册表报送，通过命令unilabos-register或者增加启动参数 * 完善tip * protocol node不再嵌套显示 * bump version to 0.9.7 新增一个测试PumpTransferProtocol的teststation，亲测可以运行，将八通阀们和转移泵与pump_protocol适配 * protocol node 执行action不应携带自身device id * 添加了一套简易双八通阀工作站JSON，亲测能跑 * 修复了很多protocol，亲测能跑 * 添加了run column和filter through的protocol，亲测能跑 * fix mock_reactor * 修改了大图和小图的json，但是在前端上没看到改变 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新workstation注册表 * 添加了两个protocol的检索功能 (#51) * 添加了两个protocol的检索liquid type功能 * fix workstation registry * 修复了没连接的几个仪器的link，添加了container的icon * 修改了json和注册表，现在大图全部的device都链接上了 * 修复了小图的json图，线全部连上了 * add work_station protocol handles (ports) * fix workstation action handle --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> * 新增注册表补全功能，修复Protocol执行失败 * 支持通过导入方式补全注册表，新增工作流unilabos_device_id字段 * 修复不启用注册表补充就无法启动的bug * 修复部分识别error * 修复静态方法识别get status，注册表支持python类型 * status types对于嵌套类型返回的对象，暂时处理成字符串，无法直接进行转换 * 支持通过list[int]，list[float]进行Int64MultiArray，Float64MultiArray的替换 * 成功动态导入的不再需要使用静态导入 * Fix handle names (#55) * fix handle names * improve evacuateAndRefill gas source finding * add camera and dependency (#56) * 修复auto-的Action在protocol node下错误注册 * 匹配init param schema格式 * Add channel_sources config in conda_build_config.yaml (#58) * 修复任务执行传参 * Create 5 new protocols & bump version 0.9.8 (#59) * 添加了5个缺失的protocol，验证了可以运行 * bump version to 0.9.8 * 修复新增的Action的字段缺失 --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * 转换到ros消息时，要进行基础类型转换 * Update work_station.yaml (#60) * Update work_station.yaml * Checklist里面有XDL跟protocol之间没对齐的问题，工作量有点大找时间写完 * Create prcxi.py * Update prcxi.py * Update Prcxi * 更新中析仪器，以及启动示例 * 修改moveit_interface，并在mqtt上报时发送一个时间戳，方便网页端对数据的筛选 (#62) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error * 修改moveit_interface，并在mqtt上报时发送一个时间戳 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新实例 * 更新实例 * 更新实例 * 修正prcxi启动 * 更新PRCXI配置，修改主机地址和设置状态，并添加示例用法 * add pickup tips for prcxi * 任意执行错误都应该返回failed * 任意执行错误都应该返回failed * Add plateT6 to PRCXI configuration and enhance error handling in liquid handling * prcxi blending * assert blending_times > 0 * update prcxi * update prcxi registry * Update prcxi.py to fit the function in unilabos. * 不生成已配置action的动作，增加prcxi的debug模式 * 增加注册表版本参数，支持将auto-指令人工检查后非auto，不生成人工已检查的指令，取消不必要的description生成 * 增加注册表版本参数，支持将auto-指令人工检查后非auto，不生成人工已检查的指令，取消不必要的description生成 * Update prcxi.py * 修复了部分的protocol因为XDL更新导致的问题 (#61) * 修复了部分的protocol因为XDL更新导致的问题 但是pumptransfer，add，dissolve，separate还没修，后续还需要写virtual固体加料器 * 补充了四个action * 添加了固体加样器，丰富了json，修改了add protocol * bump version to 0.9.9 * fix bugs from new actions * protocol完整修复版本& bump version to 0.9.10 * 修补了一些单位处理，bump version to 0.9.11 * 优化了全protocol的运行时间，除了pumptransfer相关的还没 * 补充了剩下的几个protocol --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * 修复action移除时的报错，更新注册表 * Update prcxi.py * Update prcxi.py * 新增simulator * Update prcxi.py * Update trash * Update prcxi.py * Update prcxi.py * Update for discard tips * Update prcxi.py * Update PRCXI * 更新axis等参数 * Update 9320 * get_well_container&get_tip_rack * update * Update 9320 * update * deck * 更新注册表&增加资源，parent应为resources字段 * Update 9320 * update * 新增set liquid方法 * 新增set liquid方法 * action to resource & 0.9.12 (#64) * action to resource & 0.9.12 * stir和adjustph的中的bug修不好 * modify prcxi * 0.9.12 update registry * update * update * registry upadte * Update * update * container_for_nothing * mix * registry fix * registry fix * registry fix * Update * Update prcxi.py * SET TIP RACK * bump version * update registry version & category * update set tip rack * yaml dump支持ordered dict，支持config_info * fix devices * fix resource check serialize * fix: Protocol node resource run (#65) * stir和adjustph的中的bug修不好 * fix sub-resource query in protocol node compiling * add resource placeholder to vessels * add the rest yaml * Update work_station.yaml --------- Co-authored-by: KCFeng425 <2100011801@stu.pku.edu.cn> * 采用http报送resource * 采用http报送resource * update * Update .gitignore * bump version to 0.10.0 * default param simulator * slim * Update * Update for prcxi * Update * Update * Refactor PRCXI9300Deck initialization and update plate configurations - Changed deck name from "PRCXI_Deck" to "PRCXI_Deck_9300". - Updated plate4 initialization to use get_well_container instead of get_tip_rack. - Modified plate4 material details with new UUID, code, and name. - Renamed output JSON file to "deck_9300_new.json". - Uncommented and adjusted liquid handling operations for clarity and future use. * test * update * Update prcxi_9300.json This one is good * update * fix protocol_node communication transfer * 修复注册表handles类型错误的问题 * 物料添加失败应该直接raise ValueError，不要等待 * 更正注册表中的数字类型 * Delete unnecessary files. * 新增lab_id直接传入 * fix vessel_id param passing in protocols * 新增dll预载，保证部分设备可正常使用unilabos_msgs * 修复可能的web template找不到的问题 新增联网获取json启动 删除非-g传入启动json的方式 兼容传参参数名短横线与下划线 * 修复可能的web template找不到的问题 新增联网获取json启动 删除非-g传入启动json的方式 兼容传参参数名短横线与下划线 更新版本到0.10.1 修复Upload Registry镜像不匹配 * 新增用户引导 * Device visualization (#67) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向，在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时，发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法，如果选择 修改物料放下时的方法， 如果选择drop_trash，则删除物料显示 如果选择drop，则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题， * Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，" This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料："plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段，给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error * 修改moveit_interface，并在mqtt上报时发送一个时间戳 * 添加机械臂和移液站 * 添加 * 添加硬件 * update * 添加 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新注册表 --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: Kongchang Feng <2100011801@stu.pku.edu.cn> Co-authored-by: hh. <103566763+Mile-Away@users.noreply.github.com> Co-authored-by: quehh <scienceol@outlook.com> Co-authored-by: Harvey Que <quehaohui@dp.tech> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> Co-authored-by: ZiWei <131428629+ZiWei09@users.noreply.github.com>
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Xuwznln
GitHub
@@ -10,22 +10,92 @@ class Point3D(BaseModel):
|
||||
# Start Protocols
|
||||
|
||||
class PumpTransferProtocol(BaseModel):
|
||||
from_vessel: str
|
||||
to_vessel: str
|
||||
volume: float
|
||||
# === 核心参数（保持必需） ===
|
||||
from_vessel: dict
|
||||
to_vessel: dict
|
||||
|
||||
# === 所有其他参数都改为可选，添加默认值 ===
|
||||
volume: float = 0.0 # 🔧 改为-1，表示转移全部体积
|
||||
amount: str = ""
|
||||
time: float = 0
|
||||
time: float = 0.0
|
||||
viscous: bool = False
|
||||
rinsing_solvent: str = "air"
|
||||
rinsing_volume: float = 5000
|
||||
rinsing_repeats: int = 2
|
||||
rinsing_solvent: str = ""
|
||||
rinsing_volume: float = 0.0
|
||||
rinsing_repeats: int = 0
|
||||
solid: bool = False
|
||||
flowrate: float = 500
|
||||
transfer_flowrate: float = 2500
|
||||
flowrate: float = 2.5
|
||||
transfer_flowrate: float = 0.5
|
||||
|
||||
# === 新版XDL兼容参数（可选） ===
|
||||
rate_spec: str = ""
|
||||
event: str = ""
|
||||
through: str = ""
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：智能参数处理和兼容性调整"""
|
||||
|
||||
# 如果指定了 amount 但volume是默认值，尝试解析 amount
|
||||
if self.amount and self.volume == 0.0:
|
||||
parsed_volume = self._parse_amount_to_volume(self.amount)
|
||||
if parsed_volume > 0:
|
||||
self.volume = parsed_volume
|
||||
|
||||
# 如果指定了 time 但没有明确设置流速，根据时间计算流速
|
||||
if self.time > 0 and self.volume > 0:
|
||||
if self.flowrate == 2.5 and self.transfer_flowrate == 0.5:
|
||||
calculated_flowrate = self.volume / self.time
|
||||
self.flowrate = min(calculated_flowrate, 10.0)
|
||||
self.transfer_flowrate = min(calculated_flowrate, 5.0)
|
||||
|
||||
# 🔧 核心修复：如果flowrate为0（ROS2传入），使用默认值
|
||||
if self.flowrate <= 0:
|
||||
self.flowrate = 2.5
|
||||
if self.transfer_flowrate <= 0:
|
||||
self.transfer_flowrate = 0.5
|
||||
|
||||
# 根据 rate_spec 调整流速
|
||||
if self.rate_spec == "dropwise":
|
||||
self.flowrate = min(self.flowrate, 0.1)
|
||||
self.transfer_flowrate = min(self.transfer_flowrate, 0.1)
|
||||
elif self.rate_spec == "slowly":
|
||||
self.flowrate = min(self.flowrate, 0.5)
|
||||
self.transfer_flowrate = min(self.transfer_flowrate, 0.3)
|
||||
elif self.rate_spec == "quickly":
|
||||
self.flowrate = max(self.flowrate, 5.0)
|
||||
self.transfer_flowrate = max(self.transfer_flowrate, 2.0)
|
||||
|
||||
def _parse_amount_to_volume(self, amount: str) -> float:
|
||||
"""解析 amount 字符串为体积"""
|
||||
if not amount:
|
||||
return 0.0
|
||||
|
||||
amount = amount.lower().strip()
|
||||
|
||||
# 处理特殊关键词
|
||||
if amount == "all":
|
||||
return 0.0 # 🔧 "all"也表示转移全部
|
||||
|
||||
# 提取数字
|
||||
import re
|
||||
numbers = re.findall(r'[\d.]+', amount)
|
||||
if numbers:
|
||||
volume = float(numbers[0])
|
||||
|
||||
# 单位转换
|
||||
if 'ml' in amount or 'milliliter' in amount:
|
||||
return volume
|
||||
elif 'l' in amount and 'ml' not in amount:
|
||||
return volume * 1000
|
||||
elif 'μl' in amount or 'microliter' in amount:
|
||||
return volume / 1000
|
||||
else:
|
||||
return volume
|
||||
|
||||
return 0.0
|
||||
|
||||
|
||||
class CleanProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
vessel: dict
|
||||
solvent: str
|
||||
volume: float
|
||||
temp: float
|
||||
@@ -35,10 +105,10 @@ class CleanProtocol(BaseModel):
|
||||
class SeparateProtocol(BaseModel):
|
||||
purpose: str
|
||||
product_phase: str
|
||||
from_vessel: str
|
||||
separation_vessel: str
|
||||
to_vessel: str
|
||||
waste_phase_to_vessel: str
|
||||
from_vessel: dict
|
||||
separation_vessel: dict
|
||||
to_vessel: dict
|
||||
waste_phase_to_vessel: dict
|
||||
solvent: str
|
||||
solvent_volume: float
|
||||
through: str
|
||||
@@ -49,17 +119,96 @@ class SeparateProtocol(BaseModel):
|
||||
|
||||
|
||||
class EvaporateProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
pressure: float
|
||||
temp: float
|
||||
time: float
|
||||
stir_speed: float
|
||||
# === 核心参数（必需） ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="蒸发容器名称")
|
||||
|
||||
# === 所有其他参数都改为可选，添加默认值 ===
|
||||
pressure: float = Field(0.1, description="真空度 (bar)，默认0.1 bar")
|
||||
temp: float = Field(60.0, description="加热温度 (°C)，默认60°C")
|
||||
time: float = Field(180.0, description="蒸发时间 (秒)，默认1800s (30分钟)")
|
||||
stir_speed: float = Field(100.0, description="旋转速度 (RPM)，默认100 RPM")
|
||||
|
||||
# === 新版XDL兼容参数（可选） ===
|
||||
solvent: str = Field("", description="溶剂名称（用于识别蒸发的溶剂类型）")
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：智能参数处理和兼容性调整"""
|
||||
|
||||
# 参数范围验证和修正
|
||||
if self.pressure <= 0 or self.pressure > 1.0:
|
||||
logger.warning(f"真空度 {self.pressure} bar 超出范围，修正为 0.1 bar")
|
||||
self.pressure = 0.1
|
||||
|
||||
if self.temp < 10.0 or self.temp > 200.0:
|
||||
logger.warning(f"温度 {self.temp}°C 超出范围，修正为 60°C")
|
||||
self.temp = 60.0
|
||||
|
||||
if self.time <= 0:
|
||||
logger.warning(f"时间 {self.time}s 无效，修正为 1800s")
|
||||
self.time = 1800.0
|
||||
|
||||
if self.stir_speed < 10.0 or self.stir_speed > 300.0:
|
||||
logger.warning(f"旋转速度 {self.stir_speed} RPM 超出范围，修正为 100 RPM")
|
||||
self.stir_speed = 100.0
|
||||
|
||||
# 根据溶剂类型调整参数
|
||||
if self.solvent:
|
||||
self._adjust_parameters_by_solvent()
|
||||
|
||||
def _adjust_parameters_by_solvent(self):
|
||||
"""根据溶剂类型调整蒸发参数"""
|
||||
solvent_lower = self.solvent.lower()
|
||||
|
||||
# 水系溶剂：较高温度，较低真空度
|
||||
if any(s in solvent_lower for s in ['water', 'aqueous', 'h2o']):
|
||||
if self.temp == 60.0: # 如果是默认值，则调整
|
||||
self.temp = 80.0
|
||||
if self.pressure == 0.1:
|
||||
self.pressure = 0.2
|
||||
|
||||
# 有机溶剂：根据沸点调整
|
||||
elif any(s in solvent_lower for s in ['ethanol', 'methanol', 'acetone']):
|
||||
if self.temp == 60.0:
|
||||
self.temp = 50.0
|
||||
if self.pressure == 0.1:
|
||||
self.pressure = 0.05
|
||||
|
||||
# 高沸点溶剂：更高温度
|
||||
elif any(s in solvent_lower for s in ['dmso', 'dmi', 'toluene']):
|
||||
if self.temp == 60.0:
|
||||
self.temp = 100.0
|
||||
if self.pressure == 0.1:
|
||||
self.pressure = 0.01
|
||||
|
||||
|
||||
class EvacuateAndRefillProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
gas: str
|
||||
repeats: int
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="目标容器名称")
|
||||
gas: str = Field(..., description="气体名称")
|
||||
|
||||
# 🔧 删除 repeats 参数，直接在代码中硬编码为 3 次
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：参数验证和兼容性调整"""
|
||||
|
||||
# 验证气体名称
|
||||
if not self.gas.strip():
|
||||
logger.warning("气体名称为空，使用默认值 'nitrogen'")
|
||||
self.gas = "nitrogen"
|
||||
|
||||
# 标准化气体名称
|
||||
gas_aliases = {
|
||||
'n2': 'nitrogen',
|
||||
'ar': 'argon',
|
||||
'air': 'air',
|
||||
'o2': 'oxygen',
|
||||
'co2': 'carbon_dioxide',
|
||||
'h2': 'hydrogen'
|
||||
}
|
||||
|
||||
gas_lower = self.gas.lower().strip()
|
||||
if gas_lower in gas_aliases:
|
||||
self.gas = gas_aliases[gas_lower]
|
||||
|
||||
|
||||
class AGVTransferProtocol(BaseModel):
|
||||
@@ -70,7 +219,7 @@ class AGVTransferProtocol(BaseModel):
|
||||
|
||||
#=============新添加的新的协议================
|
||||
class AddProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
vessel: dict
|
||||
reagent: str
|
||||
volume: float
|
||||
mass: float
|
||||
@@ -82,52 +231,292 @@ class AddProtocol(BaseModel):
|
||||
purpose: str
|
||||
|
||||
class CentrifugeProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
vessel: dict
|
||||
speed: float
|
||||
time: float
|
||||
temp: float
|
||||
|
||||
class FilterProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
filtrate_vessel: str
|
||||
stir: bool
|
||||
stir_speed: float
|
||||
temp: float
|
||||
continue_heatchill: bool
|
||||
volume: float
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="过滤容器名称")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 ===
|
||||
filtrate_vessel: dict = Field("", description="滤液容器名称（可选，自动查找）")
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：参数验证"""
|
||||
# 验证容器名称
|
||||
if not self.vessel.strip():
|
||||
raise ValueError("vessel 参数不能为空")
|
||||
|
||||
class HeatChillProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
temp: float
|
||||
time: float
|
||||
stir: bool
|
||||
stir_speed: float
|
||||
purpose: str
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="加热容器名称")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 - 温度相关 ===
|
||||
temp: float = Field(25.0, description="目标温度 (°C)")
|
||||
temp_spec: str = Field("", description="温度规格（如 'room temperature', 'reflux'）")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 - 时间相关 ===
|
||||
time: float = Field(300.0, description="加热时间 (秒)")
|
||||
time_spec: str = Field("", description="时间规格（如 'overnight', '2 h'）")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 - 其他XDL参数 ===
|
||||
pressure: str = Field("", description="压力规格（如 '1 mbar'），不做特殊处理")
|
||||
reflux_solvent: str = Field("", description="回流溶剂名称，不做特殊处理")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 - 搅拌相关 ===
|
||||
stir: bool = Field(False, description="是否搅拌")
|
||||
stir_speed: float = Field(300.0, description="搅拌速度 (RPM)")
|
||||
purpose: str = Field("", description="操作目的")
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：参数验证和解析"""
|
||||
|
||||
# 验证必需参数
|
||||
if not self.vessel.strip():
|
||||
raise ValueError("vessel 参数不能为空")
|
||||
|
||||
# 温度解析：优先使用 temp_spec，然后是 temp
|
||||
if self.temp_spec:
|
||||
self.temp = self._parse_temp_spec(self.temp_spec)
|
||||
|
||||
# 时间解析：优先使用 time_spec，然后是 time
|
||||
if self.time_spec:
|
||||
self.time = self._parse_time_spec(self.time_spec)
|
||||
|
||||
# 参数范围验证
|
||||
if self.temp < -50.0 or self.temp > 300.0:
|
||||
logger.warning(f"温度 {self.temp}°C 超出范围，修正为 25°C")
|
||||
self.temp = 25.0
|
||||
|
||||
if self.time < 0:
|
||||
logger.warning(f"时间 {self.time}s 无效，修正为 300s")
|
||||
self.time = 300.0
|
||||
|
||||
if self.stir_speed < 0 or self.stir_speed > 1500.0:
|
||||
logger.warning(f"搅拌速度 {self.stir_speed} RPM 超出范围，修正为 300 RPM")
|
||||
self.stir_speed = 300.0
|
||||
|
||||
def _parse_temp_spec(self, temp_spec: str) -> float:
|
||||
"""解析温度规格为具体温度"""
|
||||
|
||||
temp_spec = temp_spec.strip().lower()
|
||||
|
||||
# 特殊温度规格
|
||||
special_temps = {
|
||||
"room temperature": 25.0, # 室温
|
||||
"reflux": 78.0, # 默认回流温度（乙醇沸点）
|
||||
"ice bath": 0.0, # 冰浴
|
||||
"boiling": 100.0, # 沸腾
|
||||
"hot": 60.0, # 热
|
||||
"warm": 40.0, # 温热
|
||||
"cold": 10.0, # 冷
|
||||
}
|
||||
|
||||
if temp_spec in special_temps:
|
||||
return special_temps[temp_spec]
|
||||
|
||||
# 解析带单位的温度（如 "256 °C"）
|
||||
import re
|
||||
temp_pattern = r'(\d+(?:\.\d+)?)\s*°?[cf]?'
|
||||
match = re.search(temp_pattern, temp_spec)
|
||||
|
||||
if match:
|
||||
return float(match.group(1))
|
||||
|
||||
return 25.0 # 默认室温
|
||||
|
||||
def _parse_time_spec(self, time_spec: str) -> float:
|
||||
"""解析时间规格为秒数"""
|
||||
|
||||
time_spec = time_spec.strip().lower()
|
||||
|
||||
# 特殊时间规格
|
||||
special_times = {
|
||||
"overnight": 43200.0, # 12小时
|
||||
"several hours": 10800.0, # 3小时
|
||||
"few hours": 7200.0, # 2小时
|
||||
"long time": 3600.0, # 1小时
|
||||
"short time": 300.0, # 5分钟
|
||||
}
|
||||
|
||||
if time_spec in special_times:
|
||||
return special_times[time_spec]
|
||||
|
||||
# 解析带单位的时间（如 "2 h"）
|
||||
import re
|
||||
time_pattern = r'(\d+(?:\.\d+)?)\s*([a-zA-Z]+)'
|
||||
match = re.search(time_pattern, time_spec)
|
||||
|
||||
if match:
|
||||
value = float(match.group(1))
|
||||
unit = match.group(2).lower()
|
||||
|
||||
unit_multipliers = {
|
||||
's': 1.0,
|
||||
'sec': 1.0,
|
||||
'second': 1.0,
|
||||
'seconds': 1.0,
|
||||
'min': 60.0,
|
||||
'minute': 60.0,
|
||||
'minutes': 60.0,
|
||||
'h': 3600.0,
|
||||
'hr': 3600.0,
|
||||
'hour': 3600.0,
|
||||
'hours': 3600.0,
|
||||
}
|
||||
|
||||
multiplier = unit_multipliers.get(unit, 3600.0) # 默认按小时计算
|
||||
return value * multiplier
|
||||
|
||||
return 300.0 # 默认5分钟
|
||||
|
||||
|
||||
class HeatChillStartProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
temp: float
|
||||
purpose: str
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="加热容器名称")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 - 温度相关 ===
|
||||
temp: float = Field(25.0, description="目标温度 (°C)")
|
||||
temp_spec: str = Field("", description="温度规格（如 'room temperature', 'reflux'）")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 - 其他XDL参数 ===
|
||||
pressure: str = Field("", description="压力规格（如 '1 mbar'），不做特殊处理")
|
||||
reflux_solvent: str = Field("", description="回流溶剂名称，不做特殊处理")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 - 搅拌相关 ===
|
||||
stir: bool = Field(False, description="是否搅拌")
|
||||
stir_speed: float = Field(300.0, description="搅拌速度 (RPM)")
|
||||
purpose: str = Field("", description="操作目的")
|
||||
|
||||
|
||||
class HeatChillStopProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="加热容器名称")
|
||||
|
||||
|
||||
class StirProtocol(BaseModel):
|
||||
stir_time: float
|
||||
stir_speed: float
|
||||
settling_time: float
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="搅拌容器名称")
|
||||
|
||||
# === 可选参数 ===
|
||||
time: str = Field("5 min", description="搅拌时间（如 '0.5 h', '30 min'）")
|
||||
event: str = Field("", description="事件标识（如 'A', 'B'）")
|
||||
time_spec: str = Field("", description="时间规格（如 'several minutes', 'overnight'）")
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：参数验证和时间解析"""
|
||||
|
||||
# 验证必需参数
|
||||
if not self.vessel.strip():
|
||||
raise ValueError("vessel 参数不能为空")
|
||||
|
||||
# 优先使用 time_spec，然后是 time
|
||||
if self.time_spec:
|
||||
self.time = self.time_spec
|
||||
|
||||
# 时间解析和验证
|
||||
if self.time:
|
||||
try:
|
||||
# 解析时间字符串为秒数
|
||||
parsed_time = self._parse_time_string(self.time)
|
||||
if parsed_time <= 0:
|
||||
logger.warning(f"时间 '{self.time}' 解析结果无效，使用默认值 300s")
|
||||
self.time = "5 min"
|
||||
except Exception as e:
|
||||
logger.warning(f"时间 '{self.time}' 解析失败: {e}，使用默认值 300s")
|
||||
self.time = "5 min"
|
||||
|
||||
def _parse_time_string(self, time_str: str) -> float:
|
||||
"""解析时间字符串为秒数"""
|
||||
import re
|
||||
|
||||
time_str = time_str.strip().lower()
|
||||
|
||||
# 特殊时间规格
|
||||
special_times = {
|
||||
"several minutes": 300.0, # 5分钟
|
||||
"few minutes": 180.0, # 3分钟
|
||||
"overnight": 43200.0, # 12小时
|
||||
"room temperature": 300.0, # 默认5分钟
|
||||
}
|
||||
|
||||
if time_str in special_times:
|
||||
return special_times[time_str]
|
||||
|
||||
# 正则表达式匹配数字和单位
|
||||
pattern = r'(\d+\.?\d*)\s*([a-zA-Z]+)'
|
||||
match = re.match(pattern, time_str)
|
||||
|
||||
if not match:
|
||||
return 300.0 # 默认5分钟
|
||||
|
||||
value = float(match.group(1))
|
||||
unit = match.group(2).lower()
|
||||
|
||||
# 时间单位转换
|
||||
unit_multipliers = {
|
||||
's': 1.0,
|
||||
'sec': 1.0,
|
||||
'second': 1.0,
|
||||
'seconds': 1.0,
|
||||
'min': 60.0,
|
||||
'minute': 60.0,
|
||||
'minutes': 60.0,
|
||||
'h': 3600.0,
|
||||
'hr': 3600.0,
|
||||
'hour': 3600.0,
|
||||
'hours': 3600.0,
|
||||
'd': 86400.0,
|
||||
'day': 86400.0,
|
||||
'days': 86400.0,
|
||||
}
|
||||
|
||||
multiplier = unit_multipliers.get(unit, 60.0) # 默认按分钟计算
|
||||
return value * multiplier
|
||||
|
||||
def get_time_in_seconds(self) -> float:
|
||||
"""获取时间（秒）"""
|
||||
return self._parse_time_string(self.time)
|
||||
|
||||
class StartStirProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
stir_speed: float
|
||||
purpose: str
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="搅拌容器名称")
|
||||
|
||||
# === 可选参数，添加默认值 ===
|
||||
stir_speed: float = Field(200.0, description="搅拌速度 (RPM)，默认200 RPM")
|
||||
purpose: str = Field("", description="搅拌目的（可选）")
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：参数验证和修正"""
|
||||
|
||||
# 验证必需参数
|
||||
if not self.vessel.strip():
|
||||
raise ValueError("vessel 参数不能为空")
|
||||
|
||||
# 修正参数范围
|
||||
if self.stir_speed < 10.0:
|
||||
logger.warning(f"搅拌速度 {self.stir_speed} RPM 过低，修正为 100 RPM")
|
||||
self.stir_speed = 100.0
|
||||
elif self.stir_speed > 1500.0:
|
||||
logger.warning(f"搅拌速度 {self.stir_speed} RPM 过高，修正为 1000 RPM")
|
||||
self.stir_speed = 1000.0
|
||||
|
||||
class StopStirProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="搅拌容器名称")
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：参数验证"""
|
||||
|
||||
# 验证必需参数
|
||||
if not self.vessel.strip():
|
||||
raise ValueError("vessel 参数不能为空")
|
||||
|
||||
class TransferProtocol(BaseModel):
|
||||
from_vessel: str
|
||||
to_vessel: str
|
||||
from_vessel: dict
|
||||
to_vessel: dict
|
||||
volume: float
|
||||
amount: str = ""
|
||||
time: float = 0
|
||||
@@ -138,14 +527,14 @@ class TransferProtocol(BaseModel):
|
||||
solid: bool = False
|
||||
|
||||
class CleanVesselProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
vessel: dict
|
||||
solvent: str
|
||||
volume: float
|
||||
temp: float
|
||||
repeats: int = 1
|
||||
|
||||
class DissolveProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
vessel: dict
|
||||
solvent: str
|
||||
volume: float
|
||||
amount: str = ""
|
||||
@@ -154,8 +543,8 @@ class DissolveProtocol(BaseModel):
|
||||
stir_speed: float = 0.0
|
||||
|
||||
class FilterThroughProtocol(BaseModel):
|
||||
from_vessel: str
|
||||
to_vessel: str
|
||||
from_vessel: dict
|
||||
to_vessel: dict
|
||||
filter_through: str
|
||||
eluting_solvent: str = ""
|
||||
eluting_volume: float = 0.0
|
||||
@@ -163,28 +552,92 @@ class FilterThroughProtocol(BaseModel):
|
||||
residence_time: float = 0.0
|
||||
|
||||
class RunColumnProtocol(BaseModel):
|
||||
from_vessel: str
|
||||
to_vessel: str
|
||||
from_vessel: dict
|
||||
to_vessel: dict
|
||||
column: str
|
||||
|
||||
class WashSolidProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: str
|
||||
solvent: str
|
||||
volume: float
|
||||
filtrate_vessel: str = ""
|
||||
temp: float = 25.0
|
||||
stir: bool = False
|
||||
stir_speed: float = 0.0
|
||||
time: float = 0.0
|
||||
repeats: int = 1
|
||||
# === 必需参数 ===
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="装有固体的容器名称")
|
||||
solvent: str = Field(..., description="清洗溶剂名称")
|
||||
volume: float = Field(..., description="清洗溶剂体积 (mL)")
|
||||
|
||||
# === 可选参数，添加默认值 ===
|
||||
filtrate_vessel: dict = Field("", description="滤液收集容器（可选，自动查找）")
|
||||
temp: float = Field(25.0, description="清洗温度 (°C)，默认25°C")
|
||||
stir: bool = Field(False, description="是否搅拌，默认False")
|
||||
stir_speed: float = Field(0.0, description="搅拌速度 (RPM)，默认0")
|
||||
time: float = Field(0.0, description="清洗时间 (秒)，默认0")
|
||||
repeats: int = Field(1, description="重复次数，默认1")
|
||||
|
||||
def model_post_init(self, __context):
|
||||
"""后处理：参数验证和修正"""
|
||||
|
||||
# 验证必需参数
|
||||
if not self.vessel.strip():
|
||||
raise ValueError("vessel 参数不能为空")
|
||||
|
||||
if not self.solvent.strip():
|
||||
raise ValueError("solvent 参数不能为空")
|
||||
|
||||
if self.volume <= 0:
|
||||
raise ValueError("volume 必须大于0")
|
||||
|
||||
# 修正参数范围
|
||||
if self.temp < 0 or self.temp > 200:
|
||||
logger.warning(f"温度 {self.temp}°C 超出范围，修正为 25°C")
|
||||
self.temp = 25.0
|
||||
|
||||
if self.stir_speed < 0 or self.stir_speed > 500:
|
||||
logger.warning(f"搅拌速度 {self.stir_speed} RPM 超出范围，修正为 0")
|
||||
self.stir_speed = 0.0
|
||||
|
||||
if self.time < 0:
|
||||
logger.warning(f"时间 {self.time}s 无效，修正为 0")
|
||||
self.time = 0.0
|
||||
|
||||
if self.repeats < 1:
|
||||
logger.warning(f"重复次数 {self.repeats} 无效，修正为 1")
|
||||
self.repeats = 1
|
||||
elif self.repeats > 10:
|
||||
logger.warning(f"重复次数 {self.repeats} 过多，修正为 10")
|
||||
self.repeats = 10
|
||||
|
||||
class AdjustPHProtocol(BaseModel):
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="目标容器")
|
||||
ph_value: float = Field(..., description="目标pH值") # 改为 ph_value
|
||||
reagent: str = Field(..., description="酸碱试剂名称")
|
||||
# 移除其他可选参数，使用默认值
|
||||
|
||||
class ResetHandlingProtocol(BaseModel):
|
||||
solvent: str = Field(..., description="溶剂名称")
|
||||
|
||||
class DryProtocol(BaseModel):
|
||||
compound: str = Field(..., description="化合物名称")
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="目标容器")
|
||||
|
||||
class RecrystallizeProtocol(BaseModel):
|
||||
ratio: str = Field(..., description="溶剂比例（如 '1:1', '3:7'）")
|
||||
solvent1: str = Field(..., description="第一种溶剂名称")
|
||||
solvent2: str = Field(..., description="第二种溶剂名称")
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="目标容器")
|
||||
volume: float = Field(..., description="总体积 (mL)")
|
||||
|
||||
class HydrogenateProtocol(BaseModel):
|
||||
temp: str = Field(..., description="反应温度（如 '45 °C'）")
|
||||
time: str = Field(..., description="反应时间（如 '2 h'）")
|
||||
vessel: dict = Field(..., description="反应容器")
|
||||
|
||||
__all__ = [
|
||||
"Point3D", "PumpTransferProtocol", "CleanProtocol", "SeparateProtocol",
|
||||
"EvaporateProtocol", "EvacuateAndRefillProtocol", "AGVTransferProtocol",
|
||||
"CentrifugeProtocol", "AddProtocol", "FilterProtocol",
|
||||
"HeatChillProtocol", "HeatChillStartProtocol", "HeatChillStopProtocol",
|
||||
"HeatChillProtocol",
|
||||
"HeatChillStartProtocol", "HeatChillStopProtocol",
|
||||
"StirProtocol", "StartStirProtocol", "StopStirProtocol",
|
||||
"TransferProtocol", "CleanVesselProtocol", "DissolveProtocol",
|
||||
"FilterThroughProtocol", "RunColumnProtocol", "WashSolidProtocol"
|
||||
"FilterThroughProtocol", "RunColumnProtocol", "WashSolidProtocol",
|
||||
"AdjustPHProtocol", "ResetHandlingProtocol", "DryProtocol",
|
||||
"RecrystallizeProtocol", "HydrogenateProtocol"
|
||||
]
|
||||
# End Protocols
|
||||
|
||||
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