fix all protocol_compilers and remove deprecated devices

unilabos/compile/utils/vessel_parser.py

@@ -1,3 +1,8 @@
+import networkx as nx
+
+from .logger_util import debug_print
+
+
 def get_vessel(vessel):
     """
     统一处理vessel参数，返回vessel_id和vessel_data。
@@ -18,3 +23,258 @@ def get_vessel(vessel):
         vessel_id = str(vessel)
         vessel_data = {}
     return vessel_id, vessel_data
+
+
+def find_reagent_vessel(G: nx.DiGraph, reagent: str) -> str:
+    """增强版试剂容器查找，支持固体和液体"""
+    debug_print(f"🔍 开始查找试剂 '{reagent}' 的容器...")
+
+    # 🔧 方法1：直接搜索 data.reagent_name 和 config.reagent
+    debug_print(f"📋 方法1: 搜索reagent字段...")
+    for node in G.nodes():
+        node_data = G.nodes[node].get('data', {})
+        node_type = G.nodes[node].get('type', '')
+        config_data = G.nodes[node].get('config', {})
+
+        # 只搜索容器类型的节点
+        if node_type == 'container':
+            reagent_name = node_data.get('reagent_name', '').lower()
+            config_reagent = config_data.get('reagent', '').lower()
+
+            # 精确匹配
+            if reagent_name == reagent.lower() or config_reagent == reagent.lower():
+                debug_print(f"✅ 通过reagent字段精确匹配到容器: {node} 🎯")
+                return node
+
+            # 模糊匹配
+            if (reagent.lower() in reagent_name and reagent_name) or \
+                    (reagent.lower() in config_reagent and config_reagent):
+                debug_print(f"✅ 通过reagent字段模糊匹配到容器: {node} 🔍")
+                return node
+
+    # 🔧 方法2：常见的容器命名规则
+    debug_print(f"📋 方法2: 使用命名规则查找...")
+    reagent_clean = reagent.lower().replace(' ', '_').replace('-', '_')
+    possible_names = [
+        reagent_clean,
+        f"flask_{reagent_clean}",
+        f"bottle_{reagent_clean}",
+        f"vessel_{reagent_clean}",
+        f"{reagent_clean}_flask",
+        f"{reagent_clean}_bottle",
+        f"reagent_{reagent_clean}",
+        f"reagent_bottle_{reagent_clean}",
+        f"solid_reagent_bottle_{reagent_clean}",
+        f"reagent_bottle_1",  # 通用试剂瓶
+        f"reagent_bottle_2",
+        f"reagent_bottle_3"
+    ]
+
+    debug_print(f"🔍 尝试的容器名称: {possible_names[:5]}... (共{len(possible_names)}个)")
+
+    for name in possible_names:
+        if name in G.nodes():
+            node_type = G.nodes[name].get('type', '')
+            if node_type == 'container':
+                debug_print(f"✅ 通过命名规则找到容器: {name} 📝")
+                return name
+
+    # 🔧 方法3：节点名称模糊匹配
+    debug_print(f"📋 方法3: 节点名称模糊匹配...")
+    for node_id in G.nodes():
+        node_data = G.nodes[node_id]
+        if node_data.get('type') == 'container':
+            # 检查节点名称是否包含试剂名称
+            if reagent_clean in node_id.lower():
+                debug_print(f"✅ 通过节点名称模糊匹配到容器: {node_id} 🔍")
+                return node_id
+
+            # 检查液体类型匹配
+            vessel_data = node_data.get('data', {})
+            liquids = vessel_data.get('liquid', [])
+            for liquid in liquids:
+                if isinstance(liquid, dict):
+                    liquid_type = liquid.get('liquid_type') or liquid.get('name', '')
+                    if liquid_type.lower() == reagent.lower():
+                        debug_print(f"✅ 通过液体类型匹配到容器: {node_id} 💧")
+                        return node_id
+
+    # 🔧 方法4：使用第一个试剂瓶作为备选
+    debug_print(f"📋 方法4: 查找备选试剂瓶...")
+    for node_id in G.nodes():
+        node_data = G.nodes[node_id]
+        if (node_data.get('type') == 'container' and
+                ('reagent' in node_id.lower() or 'bottle' in node_id.lower())):
+            debug_print(f"⚠️ 未找到专用容器，使用备选试剂瓶: {node_id} 🔄")
+            return node_id
+
+    debug_print(f"❌ 所有方法都失败了，无法找到容器!")
+    raise ValueError(f"找不到试剂 '{reagent}' 对应的容器")
+
+
+def find_solvent_vessel(G: nx.DiGraph, solvent: str) -> str:
+    """
+    查找溶剂容器
+
+    Args:
+        G: 网络图
+        solvent: 溶剂名称
+
+    Returns:
+        str: 溶剂容器ID
+    """
+    debug_print(f"🔍 正在查找溶剂 '{solvent}' 的容器... 🧪")
+
+    # 构建可能的容器名称
+    possible_names = [
+        f"flask_{solvent}",
+        f"bottle_{solvent}",
+        f"reagent_{solvent}",
+        f"reagent_bottle_{solvent}",
+        f"{solvent}_flask",
+        f"{solvent}_bottle",
+        f"{solvent}",
+        f"vessel_{solvent}",
+    ]
+
+    debug_print(f"📋 候选容器名称: {possible_names[:3]}... (共{len(possible_names)}个) 📝")
+
+    # 第一步：通过容器名称匹配
+    debug_print("  🎯 步骤1: 精确名称匹配...")
+    for vessel_name in possible_names:
+        if vessel_name in G.nodes():
+            debug_print(f"  🎉 通过名称匹配找到容器: {vessel_name} ✨")
+            return vessel_name
+
+    # 第二步：通过模糊匹配（节点ID和名称）
+    debug_print("  🔍 步骤2: 模糊名称匹配...")
+    for node_id in G.nodes():
+        if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
+            node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
+
+            if solvent.lower() in node_id.lower() or solvent.lower() in node_name:
+                debug_print(f"  🎉 通过模糊匹配找到容器: {node_id} (名称: {node_name}) ✨")
+                return node_id
+
+    # 第三步：通过配置中的试剂信息匹配
+    debug_print("  🧪 步骤3: 配置试剂信息匹配...")
+    for node_id in G.nodes():
+        if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
+            # 检查 config 中的 reagent 字段
+            node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
+            config_reagent = node_config.get('reagent', '').lower()
+
+            if config_reagent and solvent.lower() == config_reagent:
+                debug_print(f"  🎉 通过config.reagent匹配找到容器: {node_id} (试剂: {config_reagent}) ✨")
+                return node_id
+
+    # 第四步：通过数据中的试剂信息匹配
+    debug_print("  🧪 步骤4: 数据试剂信息匹配...")
+    for node_id in G.nodes():
+        if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
+            vessel_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
+
+            # 检查 data 中的 reagent_name 字段
+            reagent_name = vessel_data.get('reagent_name', '').lower()
+            if reagent_name and solvent.lower() == reagent_name:
+                debug_print(f"  🎉 通过data.reagent_name匹配找到容器: {node_id} (试剂: {reagent_name}) ✨")
+                return node_id
+
+            # 检查 data 中的液体信息
+            liquids = vessel_data.get('liquid', [])
+            for liquid in liquids:
+                if isinstance(liquid, dict):
+                    liquid_type = (liquid.get('liquid_type') or liquid.get('name', '')).lower()
+
+                    if solvent.lower() in liquid_type:
+                        debug_print(f"  🎉 通过液体类型匹配找到容器: {node_id} (液体类型: {liquid_type}) ✨")
+                        return node_id
+
+    # 第五步：部分匹配（如果前面都没找到）
+    debug_print("  🔍 步骤5: 部分匹配...")
+    for node_id in G.nodes():
+        if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
+            node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
+            node_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
+            node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
+
+            config_reagent = node_config.get('reagent', '').lower()
+            data_reagent = node_data.get('reagent_name', '').lower()
+
+            # 检查是否包含溶剂名称
+            if (solvent.lower() in config_reagent or
+                    solvent.lower() in data_reagent or
+                    solvent.lower() in node_name or
+                    solvent.lower() in node_id.lower()):
+                debug_print(f"  🎉 通过部分匹配找到容器: {node_id} ✨")
+                debug_print(f"    - 节点名称: {node_name}")
+                debug_print(f"    - 配置试剂: {config_reagent}")
+                debug_print(f"    - 数据试剂: {data_reagent}")
+                return node_id
+
+    # 调试信息：列出所有容器
+    debug_print("  🔎 调试信息：列出所有容器...")
+    container_list = []
+    for node_id in G.nodes():
+        if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
+            node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
+            node_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
+            node_name = G.nodes[node_id].get('name', '')
+
+            container_info = {
+                'id': node_id,
+                'name': node_name,
+                'config_reagent': node_config.get('reagent', ''),
+                'data_reagent': node_data.get('reagent_name', '')
+            }
+            container_list.append(container_info)
+            debug_print(
+                f"    - 容器: {node_id}, 名称: {node_name}, config试剂: {node_config.get('reagent', '')}, data试剂: {node_data.get('reagent_name', '')}")
+
+    debug_print(f"❌ 找不到溶剂 '{solvent}' 对应的容器 😭")
+    debug_print(f"🔍 查找的溶剂: '{solvent}' (小写: '{solvent.lower()}')")
+    debug_print(f"📊 总共发现 {len(container_list)} 个容器")
+
+    raise ValueError(f"找不到溶剂 '{solvent}' 对应的容器")
+
+
+def find_connected_stirrer(G: nx.DiGraph, vessel: str) -> str:
+    """查找连接到指定容器的搅拌器"""
+    debug_print(f"🔍 查找连接到容器 '{vessel}' 的搅拌器...")
+
+    stirrer_nodes = []
+    for node in G.nodes():
+        node_class = G.nodes[node].get('class', '').lower()
+        if 'stirrer' in node_class:
+            stirrer_nodes.append(node)
+            debug_print(f"📋 发现搅拌器: {node}")
+
+    debug_print(f"📊 共找到 {len(stirrer_nodes)} 个搅拌器")
+
+    # 查找连接到容器的搅拌器
+    for stirrer in stirrer_nodes:
+        if G.has_edge(stirrer, vessel) or G.has_edge(vessel, stirrer):
+            debug_print(f"✅ 找到连接的搅拌器: {stirrer} 🔗")
+            return stirrer
+
+    # 返回第一个搅拌器
+    if stirrer_nodes:
+        debug_print(f"⚠️ 未找到直接连接的搅拌器，使用第一个: {stirrer_nodes[0]} 🔄")
+        return stirrer_nodes[0]
+
+    debug_print(f"❌ 未找到任何搅拌器")
+    return ""
+
+
+def find_solid_dispenser(G: nx.DiGraph) -> str:
+    """查找固体加样器"""
+    debug_print(f"🔍 查找固体加样器...")
+
+    for node in G.nodes():
+        node_class = G.nodes[node].get('class', '').lower()
+        if 'solid_dispenser' in node_class or 'dispenser' in node_class:
+            debug_print(f"✅ 找到固体加样器: {node} 🥄")
+            return node
+
+    debug_print(f"❌ 未找到固体加样器")
+    return ""