37-biomek-i5i7 (#40)

* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* Refine biomek

* Refine copy issue

* Refine

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Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>

unilabos/utils/async_util.py

@@ -5,7 +5,7 @@ from asyncio import get_event_loop
 from unilabos.utils.log import error
 
 
-def run_async_func(func, *, loop=None, **kwargs):
+def run_async_func(func, *, loop=None, trace_error=True, **kwargs):
     if loop is None:
         loop = get_event_loop()
 
@@ -17,5 +17,6 @@ def run_async_func(func, *, loop=None, **kwargs):
             error(traceback.format_exc())
 
     future = asyncio.run_coroutine_threadsafe(func(**kwargs), loop)
-    future.add_done_callback(_handle_future_exception)
-    return future
+    if trace_error:
+        future.add_done_callback(_handle_future_exception)
+    return future

unilabos/utils/type_check.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-import collections
+import collections.abc
 import json
 from typing import get_origin, get_args
 
@@ -21,3 +21,46 @@ class TypeEncoder(json.JSONEncoder):
             return str(obj)[8:-2]
         return super().default(obj)
 
+
+class ResultInfoEncoder(json.JSONEncoder):
+    """专门用于处理任务执行结果信息的JSON编码器"""
+
+    def default(self, obj):
+        # 优先处理类型对象
+        if isinstance(obj, type):
+            return str(obj)[8:-2]
+
+        # 对于无法序列化的对象，统一转换为字符串
+        try:
+            # 尝试调用 __dict__ 或者其他序列化方法
+            if hasattr(obj, "__dict__"):
+                return obj.__dict__
+            elif hasattr(obj, "_asdict"):  # namedtuple
+                return obj._asdict()
+            elif hasattr(obj, "to_dict"):
+                return obj.to_dict()
+            elif hasattr(obj, "dict"):
+                return obj.dict()
+            else:
+                # 如果都不行，转换为字符串
+                return str(obj)
+        except Exception:
+            # 如果转换失败，直接返回字符串表示
+            return str(obj)
+
+
+def serialize_result_info(error: str, suc: bool, return_value=None) -> str:
+    """
+    序列化任务执行结果信息
+
+    Args:
+        error: 错误信息字符串
+        suc: 是否成功的布尔值
+        return_value: 返回值，可以是任何类型
+
+    Returns:
+        JSON字符串格式的结果信息
+    """
+    result_info = {"error": error, "suc": suc, "return_value": return_value}
+
+    return json.dumps(result_info, ensure_ascii=False, cls=ResultInfoEncoder)