Device Visualization & Mock Devices (#44) [37-biomek-i5i7 (#40), Device visualization (#39), Add Mock Device for Organic Synthesis\添加有机合成的虚拟仪器和Protocol (#43)]

* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* 37-biomek-i5i7 (#40)

* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* Refine biomek

* Refine copy issue

* Refine

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Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>

* Device visualization (#39)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* 提取lh的joint发布

* unify liquid_handler definition

* 修改物料跟随与物料添加逻辑

修改物料跟随与物料添加逻辑
将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写

* Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 498c997ad7.

* Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 3a60d2ae81.

* Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization"

This reverts commit fa727220af, reversing
changes made to 498c997ad7.

* 修改物料放下时的方法，如果选择

修改物料放下时的方法，
如果选择drop_trash，则删除物料显示
如果选择drop，则让其解除连接

* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* unilab添加moveit启动

1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活
2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动
3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，

* Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，"

This reverts commit 56d45b94f5.

* Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，"

This reverts commit 07d9db20c3.

* 添加缺少物料："plate_well_G12",

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* add

* fix tip resource data

* liquid states

* change to debug level

* Revert "change to debug level"

This reverts commit 5d9953c3e5.

* Reapply "change to debug level"

This reverts commit 2487bb6ffc.

* fix tip resource data

* add full device

* add moveit yaml

* 修复moveit
增加post_init阶段，给予ros_node反向

* remove necessary node

* fix moveit action client

* remove necessary imports

* Update moveit_interface.py

* fix handler_key uppercase

* json add liquids

* fix setup

* add

* change to "sources" and "targets" for lh

* bump version

* remove parent's parent link

---------

Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>

* Device visualization (#41)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* 提取lh的joint发布

* unify liquid_handler definition

* 修改物料跟随与物料添加逻辑

修改物料跟随与物料添加逻辑
将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写

* Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 498c997ad7.

* Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 3a60d2ae81.

* Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization"

This reverts commit fa727220af, reversing
changes made to 498c997ad7.

* 修改物料放下时的方法，如果选择

修改物料放下时的方法，
如果选择drop_trash，则删除物料显示
如果选择drop，则让其解除连接

* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类，添加资源创建功能，优化协议创建方法，修复部分代码格式问题，更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* unilab添加moveit启动

1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活
2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动
3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本，运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，

* Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，"

This reverts commit 56d45b94f5.

* Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，"

This reverts commit 07d9db20c3.

* 添加缺少物料："plate_well_G12",

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* add

* fix tip resource data

* liquid states

* change to debug level

* Revert "change to debug level"

This reverts commit 5d9953c3e5.

* Reapply "change to debug level"

This reverts commit 2487bb6ffc.

* fix tip resource data

* add full device

* add moveit yaml

* 修复moveit
增加post_init阶段，给予ros_node反向

* remove necessary node

* fix moveit action client

* remove necessary imports

* Update moveit_interface.py

* fix handler_key uppercase

* json add liquids

* fix setup

* add

* change to "sources" and "targets" for lh

* bump version

* remove parent's parent link

* change arm's name

* change name

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Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>

* fix move it

* fix move it

* create_resource

* bump ver
modify slot type

* 增加modbus支持
调整protocol node以更好支持多种类型的read和write

* 调整protocol node以更好支持多种类型的read和write

* 补充日志

* Device visualization (#42)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明，为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动，通过discover机制要求slaveNode重新注册，实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

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Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化，并输出物料ID：mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类，遍历物料与resource_model，完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向，在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时，发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法，防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

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Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* 提取lh的joint发布

* unify liquid_handler definition

* 修改物料跟随与物料添加逻辑

修改物料跟随与物料添加逻辑
将joint_publisher类移出lh的backends，但仍需要对lh的backends进行一些改写

* Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 498c997ad7.

* Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 3a60d2ae81.

* Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization"

This reverts commit fa727220af, reversing
changes made to 498c997ad7.

* 修改物料放下时的方法，如果选择

修改物料放下时的方法，
如果选择drop_trash，则删除物料显示
如果选择drop，则让其解除连接

* unilab添加moveit启动

1,整合所有moveit节点到一个move_group中，并整合所有的controller依次激活
2,添加pymoveit2的节点，使用json可直接启动
3,修改机械臂规划方式，添加约束，让冗余关节不会进行过多移动

* 修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，

* Revert "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，"

This reverts commit 56d45b94f5.

* Reapply "修改物体attach时，多次赋值当前时间导致卡顿问题，"

This reverts commit 07d9db20c3.

* 添加缺少物料："plate_well_G12",

* add

* fix tip resource data

* liquid states

* change to debug level

* Revert "change to debug level"

This reverts commit 5d9953c3e5.

* Reapply "change to debug level"

This reverts commit 2487bb6ffc.

* fix tip resource data

* add full device

* add moveit yaml

* 修复moveit
增加post_init阶段，给予ros_node反向

* remove necessary node

* fix moveit action client

* remove necessary imports

* Update moveit_interface.py

* fix handler_key uppercase

* json add liquids

* fix setup

* add

* change to "sources" and "targets" for lh

* bump version

* remove parent's parent link

* change arm's name

* change name

* fix ik error

---------

Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>

* Add Mock Device for Organic Synthesis\添加有机合成的虚拟仪器和Protocol (#43)

* Add Device MockChiller

Add device MockChiller

* Add Device MockFilter

* Add Device MockPump

* Add Device MockRotavap

* Add Device MockSeparator

* Add Device MockStirrer

* Add Device MockHeater

* Add Device MockVacuum

* Add Device MockSolenoidValve

* Add Device Mock \_init_.py

* 规范模拟设备代码与注册表信息

* 更改Mock大写文件夹名

* 删除大写目录

* Edited Mock device json

* Match mock device with action

* Edit mock device yaml

* Add new action

* Add Virtual Device, Action, YAML, Protocol for Organic Syn

* 单独分类测试的protocol文件夹

* 更名Action

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Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

---------

Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>
Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: Kongchang Feng <2100011801@stu.pku.edu.cn>

unilabos/ros/nodes/presets/resource_mesh_manager.py

@@ -91,8 +91,11 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
         self.__collision_object_publisher = self.create_publisher(
             CollisionObject, "/collision_object", 10
         )
+        self.__planning_scene_publisher = self.create_publisher(
+            PlanningScene, "/planning_scene", 10
+        )
         self.__attached_collision_object_publisher = self.create_publisher(
-            AttachedCollisionObject, "/attached_collision_object", 10
+            AttachedCollisionObject, "/attached_collision_object", 0
         )
 
         # 创建一个Action Server用于修改resource_tf_dict
@@ -121,7 +124,8 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
         """检查move_group节点是否已初始化完成"""
 
         # 获取当前可用的节点列表
-
+        if len(self.resource_tf_dict) == 0:
+            return
         tf_ready = self.tf_buffer.can_transform("world", next(iter(self.resource_tf_dict.keys())), rclpy.time.Time(),rclpy.duration.Duration(seconds=2))
         
         # if tf_ready:
@@ -129,8 +133,7 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
             self.move_group_ready = True
             self.publish_resource_tf()
             self.add_resource_collision_meshes(self.resource_tf_dict)
-            
-        # time.sleep(1)
+
        
     def add_resource_mesh_callback(self, goal_handle : ServerGoalHandle):
         tf_update_msg = goal_handle.request
@@ -147,7 +150,7 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
         """刷新资源配置"""
 
         registry = lab_registry
-        resource_config = json.loads(resource_config_str)
+        resource_config = json.loads(resource_config_str.replace("'",'"'))
         
         if resource_config['id'] in self.resource_config_dict:
             self.get_logger().info(f'资源 {resource_config["id"]} 已存在')
@@ -158,7 +161,7 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
                 self.resource_model[resource_config['id']] = {
                     'mesh': f"{str(self.mesh_path)}/device_mesh/resources/{model_config['mesh']}",
                     'mesh_tf': model_config['mesh_tf']}
-                if model_config['children_mesh'] is not None:
+                if 'children_mesh' in model_config.keys():
                     self.resource_model[f"{resource_config['id']}_"] = {
                         'mesh': f"{str(self.mesh_path)}/device_mesh/resources/{model_config['children_mesh']}",
                         'mesh_tf': model_config['children_mesh_tf']
@@ -187,7 +190,8 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
 
                 pass
             elif parent is not None and resource_id in self.resource_model:
-                parent_link = f"{self.resource_config_dict[parent]['parent']}_{parent}_device_link".replace("None","")
+                # parent_link = f"{self.resource_config_dict[parent]['parent']}_{parent}_device_link".replace("None_","")
+                parent_link = f"{parent}_device_link".replace("None_","")
 
             else:
 
@@ -297,7 +301,7 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
                     "world",
                     resource_id,
                     rclpy.time.Time(seconds=0),
-                    rclpy.duration.Duration(seconds=5)
+                    # rclpy.duration.Duration(seconds=5)
                 )
                 
                 # 提取当前位姿信息
@@ -344,9 +348,7 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
                 self.resource_pose_publisher.publish(changed_poses_msg)
             self.zero_count += 1
             
-        
-        
-    
+
     def _is_pose_equal(self, pose1, pose2, tolerance=1e-7):
         """
         比较两个位姿是否相等（考虑浮点数精度）
@@ -386,14 +388,24 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
             self.__planning_scene = self._get_planning_scene_service.call(
                 GetPlanningScene.Request()
                 ).scene
-            
-            for resource_id, target_parent in cmd_dict.items():
+            self.__planning_scene.is_diff = True
+            planning_scene = PlanningScene()
+            planning_scene.is_diff = True
+            planning_scene.robot_state.is_diff = True
+            # time_start = self.get_clock().now()
+            time_start = rclpy.time.Time(seconds=0)
+            count = 0
 
+            for resource_id, target_parent in cmd_dict.items():
+                parent_id = target_parent
+                if target_parent == '__trash':
+                    parent_id = 'world'
                 # 获取从resource_id到target_parent的转换
                 transform = self.tf_buffer.lookup_transform(
-                    target_parent,
+                    parent_id,
                     resource_id,
-                    rclpy.time.Time(seconds=0)
+                    time_start,
+                    timeout=rclpy.duration.Duration(seconds=10)
                 )
                 
                 # 提取转换中的位置和旋转信息
@@ -411,26 +423,62 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
                 }
                 
                 self.resource_tf_dict[resource_id] = {
-                    "parent": target_parent,
+                    "parent": parent_id,
                     "position": position,
                     "rotation": rotation
                 }
                 
+                
                 # self.attach_collision_object(id=resource_id,link_name=target_parent)
-                collision_object = AttachedCollisionObject(
+                # time.sleep(0.02)
+                operation_attach = CollisionObject.ADD
+                operation_world = CollisionObject.REMOVE
+                if target_parent == 'world':
+                    operation_attach = CollisionObject.REMOVE
+                    operation_world = CollisionObject.ADD
+                elif target_parent == '__trash':
+                    operation_attach = CollisionObject.REMOVE
+
+                world_object = CollisionObject(
                     id=resource_id,
-                    link_name=target_parent,
+                    operation=operation_world
+                )
+                if target_parent != '__trash':
+                    planning_scene.world.collision_objects.append(world_object)
+
+
+                collision_object = AttachedCollisionObject(
                     object=CollisionObject(
                         id=resource_id,
-                        operation=CollisionObject.ADD   
+                        operation=operation_attach   
                     )
                 )
-                
-                self.__planning_scene.robot_state.attached_collision_objects.append(collision_object)
+                if target_parent != 'world' and target_parent != '__trash':
+                    collision_object.link_name = target_parent
+                planning_scene.robot_state.attached_collision_objects.append(collision_object)
+
+                count += 1
+
+                if count > 30:
+                    req = ApplyPlanningScene.Request()
+                    req.scene = planning_scene
+                    self.publish_resource_tf()
+                    self._apply_planning_scene_service.call(req)
+                    self.__planning_scene_publisher.publish(planning_scene)
+                    count = 0
+
+                    planning_scene = PlanningScene()
+                    planning_scene.is_diff = True
+                    planning_scene.robot_state.is_diff = True
+
             req = ApplyPlanningScene.Request()
-            req.scene = self.__planning_scene
-            self._apply_planning_scene_service.call_async(req)
+            req.scene = planning_scene
             self.publish_resource_tf()
+            self._apply_planning_scene_service.call(req)
+            self.__planning_scene_publisher.publish(planning_scene)
+
+            # self.__collision_object_publisher.publish(CollisionObject())
+
             
         except Exception as e:
             self.get_logger().error(f"更新资源TF字典失败: {e}")
@@ -440,18 +488,22 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
         return SendCmd.Result(success=True)
 
 
+
     def add_resource_collision_meshes(self,resource_tf_dict:dict):
         """
         遍历资源配置字典，为每个在resource_model中有对应模型的资源添加碰撞网格
         
         该方法检查每个资源ID是否在self.resource_model中有对应的3D模型文件路径，
-        如果有，则调用add_collision_mesh方法将其添加到碰撞环境中。
+        
         """
         self.get_logger().info('开始添加资源碰撞网格')
 
         self.__planning_scene = self._get_planning_scene_service.call(
             GetPlanningScene.Request()
         ).scene
+        planning_scene = PlanningScene()
+        planning_scene.is_diff = True
+        count = 0
         for resource_id, tf_info in resource_tf_dict.items():
             
             if resource_id in self.resource_model:
@@ -479,7 +531,8 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
                     quat_xyzw=q,
                     frame_id=resource_id
                 )
-                self.__planning_scene.world.collision_objects.append(collision_object)
+                count += 1
+                planning_scene.world.collision_objects.append(collision_object)
             elif f"{tf_info['parent']}_" in self.resource_model:
                 # 获取资源的父级框架ID
                 id_ = f"{tf_info['parent']}_"
@@ -507,14 +560,26 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
                     quat_xyzw=q,
                     frame_id=resource_id
                 )
+                count += 1
+                planning_scene.world.collision_objects.append(collision_object)
 
-                self.__planning_scene.world.collision_objects.append(collision_object)
+            if count > 30:
+                req = ApplyPlanningScene.Request()
+                req.scene = planning_scene
+                self.publish_resource_tf()
+                self._apply_planning_scene_service.call(req)
+                self.__planning_scene_publisher.publish(planning_scene)
+                count = 0
+                
+                planning_scene = PlanningScene()
+                planning_scene.is_diff = True
 
         req = ApplyPlanningScene.Request()
-        req.scene = self.__planning_scene
-        self._apply_planning_scene_service.call_async(req)
-            
-        
+        req.scene = planning_scene
+        self.publish_resource_tf()
+        self._apply_planning_scene_service.call(req)
+        self.__planning_scene_publisher.publish(planning_scene)
+
         self.get_logger().info('资源碰撞网格添加完成')
 
 
@@ -959,9 +1024,6 @@ class ResourceMeshManager(BaseROS2DeviceNode):
         Attach collision object to the robot.
         """
 
-        if link_name is None:
-            link_name = self.__end_effector_name
-
         msg = AttachedCollisionObject(
             object=CollisionObject(id=id, operation=CollisionObject.ADD)
         )