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synced 2025-12-17 21:11:12 +00:00
修正物料上传时间
改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传
This commit is contained in:
Xuwznln
@@ -693,224 +693,220 @@ if __name__ == "__main__":
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}
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'''
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|
||||
|
||||
|
||||
labware_with_liquid = '''
|
||||
[
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL1",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL1",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL2",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL2",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL3",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL3",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL4",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL4",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL5",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL5",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P5",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P5",
|
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"class_name": "BC230",
|
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|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
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{
|
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"id": "Tip Rack BC230 on P6",
|
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"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P6",
|
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"class_name": "BC230",
|
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"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P15",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P15",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P16",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P16",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P1",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P1",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"master_mix"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P2",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P2",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"bind beads"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P3",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P3",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"ethyl alcohol"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "elution buffer on P4",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P4",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"elution buffer"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [5000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "oscillation",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "Orbital1",
|
||||
"class_name": "Orbital",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "working plate on P11",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P11",
|
||||
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "magnetics module on P12",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P12",
|
||||
"class_name": "magnetics module",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "working plate on P13",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P13",
|
||||
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "waste on P22",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P22",
|
||||
"class_name": "nest_1_reservoir_195ml",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
'''
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
handler = LiquidHandlerBiomek()
|
||||
|
||||
handler.temp_protocol = {
|
||||
"meta": {},
|
||||
"labwares": [],
|
||||
"steps": []
|
||||
}
|
||||
|
||||
input_steps = json.loads(steps_info)
|
||||
labwares = json.loads(labware_with_liquid)
|
||||
|
||||
for step in input_steps['steps']:
|
||||
operation = step['operation']
|
||||
parameters = step['parameters']
|
||||
|
||||
if operation == 'transfer':
|
||||
handler.transfer_biomek(source=parameters['source'],
|
||||
target=parameters['target'],
|
||||
volume=parameters['volume'],
|
||||
tip_rack=parameters['tip_rack'],
|
||||
aspirate_techniques='MC P300 high',
|
||||
dispense_techniques='MC P300 high')
|
||||
elif operation == 'move_labware':
|
||||
handler.move_biomek(source=parameters['source'],
|
||||
target=parameters['target'])
|
||||
elif operation == 'oscillation':
|
||||
handler.oscillation_biomek(rpm=parameters['rpm'],
|
||||
time=parameters['time'])
|
||||
elif operation == 'incubation':
|
||||
handler.incubation_biomek(time=parameters['time'])
|
||||
|
||||
print(json.dumps(handler.temp_protocol, indent=4))
|
||||
labware_with_liquid = '''
|
||||
[
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL1",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL1",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL2",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL2",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL3",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL3",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL4",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL4",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL5",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL5",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P5",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P5",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P6",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P6",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P15",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P15",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P16",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P16",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P1",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P1",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"master_mix"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P2",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P2",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"bind beads"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P3",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P3",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"ethyl alcohol"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "elution buffer on P4",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P4",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"elution buffer"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [5000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "oscillation",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "Orbital1",
|
||||
"class_name": "Orbital",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "working plate on P11",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P11",
|
||||
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "magnetics module on P12",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P12",
|
||||
"class_name": "magnetics module",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "working plate on P13",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P13",
|
||||
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "waste on P22",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P22",
|
||||
"class_name": "nest_1_reservoir_195ml",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": []
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
'''
|
||||
# 创建Biomek液体处理器实例
|
||||
handler = LiquidHandlerBiomek()
|
||||
|
||||
handler.temp_protocol = {
|
||||
"meta": {},
|
||||
"labwares": [],
|
||||
"steps": []
|
||||
}
|
||||
|
||||
input_steps = json.loads(steps_info)
|
||||
labwares = json.loads(labware_with_liquid)
|
||||
|
||||
for step in input_steps['steps']:
|
||||
operation = step['operation']
|
||||
parameters = step['parameters']
|
||||
|
||||
if operation == 'transfer':
|
||||
handler.transfer_biomek(source=parameters['source'],
|
||||
target=parameters['target'],
|
||||
volume=parameters['volume'],
|
||||
tip_rack=parameters['tip_rack'],
|
||||
aspirate_techniques='MC P300 high',
|
||||
dispense_techniques='MC P300 high')
|
||||
elif operation == 'move_labware':
|
||||
handler.move_biomek(source=parameters['source'],
|
||||
target=parameters['target'])
|
||||
elif operation == 'oscillation':
|
||||
handler.oscillation_biomek(rpm=parameters['rpm'],
|
||||
time=parameters['time'])
|
||||
elif operation == 'incubation':
|
||||
handler.incubation_biomek(time=parameters['time'])
|
||||
|
||||
print(json.dumps(handler.temp_protocol, indent=4))
|
||||
|
||||
|
||||
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