open_pub/Uni-Lab-OS
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fix: Protocol node resource run (#65)

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* stir和adjustph的中的bug修不好

* fix sub-resource query in protocol node compiling

* add resource placeholder to vessels

* add the rest yaml

* Update work_station.yaml

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Co-authored-by: KCFeng425 <2100011801@stu.pku.edu.cn>
This commit is contained in:
Junhan Chang
2025-07-19 04:19:57 +08:00
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commit c2dfe689aa
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77
unilabos/compile/recrystallize_protocol.py
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@@ -170,33 +170,94 @@ def find_solvent_vessel(G: nx.DiGraph, solvent: str) -> str:
debug_print(f" 🎉 通过名称匹配找到容器: {vessel_name} ✨")
return vessel_name
# 第二步：通过模糊匹配
# 第二步：通过模糊匹配（节点ID和名称）
debug_print(" 🔍 步骤2: 模糊名称匹配...")
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
if solvent.lower() in node_id.lower() or solvent.lower() in node_name:
debug_print(f" 🎉 通过模糊匹配找到容器: {node_id} ✨")
debug_print(f" 🎉 通过模糊匹配找到容器: {node_id} (名称: {node_name}) ✨")
return node_id
# 第三步：通过液体类型匹配
debug_print(" 🧪 步骤3: 液体类型匹配...")
# 第三步：通过配置中的试剂信息匹配
debug_print(" 🧪 步骤3: 配置试剂信息匹配...")
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
# 检查 config 中的 reagent 字段
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
config_reagent = node_config.get('reagent', '').lower()
if config_reagent and solvent.lower() == config_reagent:
debug_print(f" 🎉 通过config.reagent匹配找到容器: {node_id} (试剂: {config_reagent}) ✨")
return node_id
# 第四步：通过数据中的试剂信息匹配
debug_print(" 🧪 步骤4: 数据试剂信息匹配...")
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
vessel_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
liquids = vessel_data.get('liquid', [])
# 检查 data 中的 reagent_name 字段
reagent_name = vessel_data.get('reagent_name', '').lower()
if reagent_name and solvent.lower() == reagent_name:
debug_print(f" 🎉 通过data.reagent_name匹配找到容器: {node_id} (试剂: {reagent_name}) ✨")
return node_id
# 检查 data 中的液体信息
liquids = vessel_data.get('liquid', [])
for liquid in liquids:
if isinstance(liquid, dict):
liquid_type = (liquid.get('liquid_type') or liquid.get('name', '')).lower()
reagent_name = vessel_data.get('reagent_name', '').lower()
if solvent.lower() in liquid_type or solvent.lower() in reagent_name:
debug_print(f" 🎉 通过液体类型匹配找到容器: {node_id} ✨")
if solvent.lower() in liquid_type:
debug_print(f" 🎉 通过液体类型匹配找到容器: {node_id} (液体类型: {liquid_type}) ✨")
return node_id
# 第五步：部分匹配（如果前面都没找到）
debug_print(" 🔍 步骤5: 部分匹配...")
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
node_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
config_reagent = node_config.get('reagent', '').lower()
data_reagent = node_data.get('reagent_name', '').lower()
# 检查是否包含溶剂名称
if (solvent.lower() in config_reagent or
solvent.lower() in data_reagent or
solvent.lower() in node_name or
solvent.lower() in node_id.lower()):
debug_print(f" 🎉 通过部分匹配找到容器: {node_id} ✨")
debug_print(f" - 节点名称: {node_name}")
debug_print(f" - 配置试剂: {config_reagent}")
debug_print(f" - 数据试剂: {data_reagent}")
return node_id
# 调试信息：列出所有容器
debug_print(" 🔎 调试信息：列出所有容器...")
container_list = []
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
node_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '')
container_info = {
'id': node_id,
'name': node_name,
'config_reagent': node_config.get('reagent', ''),
'data_reagent': node_data.get('reagent_name', '')
}
container_list.append(container_info)
debug_print(f" - 容器: {node_id}, 名称: {node_name}, config试剂: {node_config.get('reagent', '')}, data试剂: {node_data.get('reagent_name', '')}")
debug_print(f"❌ 找不到溶剂 '{solvent}' 对应的容器 😭")
debug_print(f"🔍 查找的溶剂: '{solvent}' (小写: '{solvent.lower()}')")
debug_print(f"📊 总共发现 {len(container_list)} 个容器")
raise ValueError(f"找不到溶剂 '{solvent}' 对应的容器")