Files
Uni-Lab-OS/unilabos/compile/recrystallize_protocol.py
Xuwznln 280d83db57 Version 0.10.1 (#66)
* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类,添加资源创建功能,优化协议创建方法,修复部分代码格式问题,更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本,运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* 37-biomek-i5i7 (#40)

* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类,添加资源创建功能,优化协议创建方法,修复部分代码格式问题,更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本,运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* Refine biomek

* Refine copy issue

* Refine

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Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>

* Device visualization (#39)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* 提取lh的joint发布

* unify liquid_handler definition

* 修改物料跟随与物料添加逻辑

修改物料跟随与物料添加逻辑
将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写

* Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 498c997ad7.

* Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 3a60d2ae81.

* Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization"

This reverts commit fa727220af, reversing
changes made to 498c997ad7.

* 修改物料放下时的方法,如果选择

修改物料放下时的方法,
如果选择drop_trash,则删除物料显示
如果选择drop,则让其解除连接

* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类,添加资源创建功能,优化协议创建方法,修复部分代码格式问题,更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* unilab添加moveit启动

1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活
2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动
3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本,运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,

* Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 56d45b94f5.

* Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 07d9db20c3.

* 添加缺少物料:"plate_well_G12",

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* add

* fix tip resource data

* liquid states

* change to debug level

* Revert "change to debug level"

This reverts commit 5d9953c3e5.

* Reapply "change to debug level"

This reverts commit 2487bb6ffc.

* fix tip resource data

* add full device

* add moveit yaml

* 修复moveit
增加post_init阶段,给予ros_node反向

* remove necessary node

* fix moveit action client

* remove necessary imports

* Update moveit_interface.py

* fix handler_key uppercase

* json add liquids

* fix setup

* add

* change to "sources" and "targets" for lh

* bump version

* remove parent's parent link

---------

Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>

* Device visualization (#41)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* 提取lh的joint发布

* unify liquid_handler definition

* 修改物料跟随与物料添加逻辑

修改物料跟随与物料添加逻辑
将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写

* Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 498c997ad7.

* Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 3a60d2ae81.

* Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization"

This reverts commit fa727220af, reversing
changes made to 498c997ad7.

* 修改物料放下时的方法,如果选择

修改物料放下时的方法,
如果选择drop_trash,则删除物料显示
如果选择drop,则让其解除连接

* add biomek.py demo implementation

* 更新LiquidHandlerBiomek类,添加资源创建功能,优化协议创建方法,修复部分代码格式问题,更新YAML配置以支持新功能。

* Test

* fix biomek success type

* Convert LH action to biomek.

* Update biomek.py

* 注册表上报handle和schema (param input)

* 修复biomek缺少的字段

* delete 's'

* Remove warnings

* Update biomek.py

* Biomek test

* Update biomek.py

* 新增transfer_biomek的msg

* New transfer_biomek

* Updated transfer_biomek

* 更新transfer_biomek的msg

* 更新transfer_biomek的msg

* 支持Biomek创建

* new action

* fix key name typo

* New parameter for biomek to run.

* Refine

* Update

* new actions

* new actions

* 1

* registry

* fix biomek startup
add action handles

* fix handles not as default entry

* unilab添加moveit启动

1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活
2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动
3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动

* biomek_test.py

biomek_test.py是最新的版本,运行它会生成complete_biomek_protocol.json

* Update biomek.py

* biomek_test.py

* fix liquid_handler.biomek handles

* 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,

* Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 56d45b94f5.

* Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 07d9db20c3.

* 添加缺少物料:"plate_well_G12",

* host node新增resource add时间统计
create_resource新增handle
bump version to 0.9.2

* 修正物料上传时间
改用biomek_test
增加ResultInfoEncoder
支持返回结果上传

* 正确发送return_info结果

* 同步执行状态信息

* 取消raiseValueError提示

* Update biomek_test.py

* 0608 DONE

* 同步了Biomek.py 现在应可用

* biomek switch back to non-test

* temp disable initialize resource

* add

* fix tip resource data

* liquid states

* change to debug level

* Revert "change to debug level"

This reverts commit 5d9953c3e5.

* Reapply "change to debug level"

This reverts commit 2487bb6ffc.

* fix tip resource data

* add full device

* add moveit yaml

* 修复moveit
增加post_init阶段,给予ros_node反向

* remove necessary node

* fix moveit action client

* remove necessary imports

* Update moveit_interface.py

* fix handler_key uppercase

* json add liquids

* fix setup

* add

* change to "sources" and "targets" for lh

* bump version

* remove parent's parent link

* change arm's name

* change name

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Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>

* fix move it

* fix move it

* create_resource

* bump ver
modify slot type

* 增加modbus支持
调整protocol node以更好支持多种类型的read和write

* 调整protocol node以更好支持多种类型的read和write

* 补充日志

* Device visualization (#42)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* 提取lh的joint发布

* unify liquid_handler definition

* 修改物料跟随与物料添加逻辑

修改物料跟随与物料添加逻辑
将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写

* Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 498c997ad7.

* Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 3a60d2ae81.

* Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization"

This reverts commit fa727220af, reversing
changes made to 498c997ad7.

* 修改物料放下时的方法,如果选择

修改物料放下时的方法,
如果选择drop_trash,则删除物料显示
如果选择drop,则让其解除连接

* unilab添加moveit启动

1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活
2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动
3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动

* 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,

* Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 56d45b94f5.

* Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 07d9db20c3.

* 添加缺少物料:"plate_well_G12",

* add

* fix tip resource data

* liquid states

* change to debug level

* Revert "change to debug level"

This reverts commit 5d9953c3e5.

* Reapply "change to debug level"

This reverts commit 2487bb6ffc.

* fix tip resource data

* add full device

* add moveit yaml

* 修复moveit
增加post_init阶段,给予ros_node反向

* remove necessary node

* fix moveit action client

* remove necessary imports

* Update moveit_interface.py

* fix handler_key uppercase

* json add liquids

* fix setup

* add

* change to "sources" and "targets" for lh

* bump version

* remove parent's parent link

* change arm's name

* change name

* fix ik error

---------

Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>

* Add Mock Device for Organic Synthesis\添加有机合成的虚拟仪器和Protocol (#43)

* Add Device MockChiller

Add device MockChiller

* Add Device MockFilter

* Add Device MockPump

* Add Device MockRotavap

* Add Device MockSeparator

* Add Device MockStirrer

* Add Device MockHeater

* Add Device MockVacuum

* Add Device MockSolenoidValve

* Add Device Mock \_init_.py

* 规范模拟设备代码与注册表信息

* 更改Mock大写文件夹名

* 删除大写目录

* Edited Mock device json

* Match mock device with action

* Edit mock device yaml

* Add new action

* Add Virtual Device, Action, YAML, Protocol for Organic Syn

* 单独分类测试的protocol文件夹

* 更名Action

---------

Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* bump version & protocol fix

* hotfix: Add macos_sdk_config (#46)

Co-authored-by: quehh <scienceol@outlook.com>

* include device_mesh when pip install

* 测试自动构建

* try build fix

* try build

* test artifacts

* hotfix: Add .certs in .gitignore

* create container

* container 添加和更新完成

* Device registry port (#49)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* unify liquid_handler definition

* Update virtual_device.yaml

* 更正了stir和heater的连接方式

* 区分了虚拟仪器中的八通阀和电磁阀,添加了两个阀门的驱动

* 修改了add protocol

* 修复了阀门更新版的bug

* 修复了添加protocol前缀导致的不能启动的bug

* Fix handles

* bump version to 0.9.6

* add resource edge upload

* update container registry and handles

* add virtual_separator virtual_rotavap
fix transfer_pump

* fix container value
add parent_name to edge device id

* 大图的问题都修复好了,添加了gassource和vacuum pump的驱动以及注册表

* default resource upload mode is false

* 添加了icon的文件名在注册表里面

* 修改了json图中link的格式

* fix resource and edge upload

* fix device ports

* Fix edge id

* 移除device的父节点关联

* separate registry sync and resource_add

* 默认不进行注册表报送,通过命令unilabos-register或者增加启动参数

* 完善tip

* protocol node不再嵌套显示

* bump version to 0.9.7  新增一个测试PumpTransferProtocol的teststation,亲测可以运行,将八通阀们和转移泵与pump_protocol适配

* protocol node 执行action不应携带自身device id

* 添加了一套简易双八通阀工作站JSON,亲测能跑

* 修复了很多protocol,亲测能跑

* 添加了run column和filter through的protocol,亲测能跑

* fix mock_reactor

* 修改了大图和小图的json,但是在前端上没看到改变

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Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>

* 更新workstation注册表

* 添加了两个protocol的检索功能 (#51)

* 添加了两个protocol的检索liquid type功能

* fix workstation registry

* 修复了没连接的几个仪器的link,添加了container的icon

* 修改了json和注册表,现在大图全部的device都链接上了

* 修复了小图的json图,线全部连上了

* add work_station protocol handles (ports)

* fix workstation action handle

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Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech>

* 新增注册表补全功能,修复Protocol执行失败

* 支持通过导入方式补全注册表,新增工作流unilabos_device_id字段

* 修复不启用注册表补充就无法启动的bug

* 修复部分识别error

* 修复静态方法识别get status,注册表支持python类型

* status types对于嵌套类型返回的对象,暂时处理成字符串,无法直接进行转换

* 支持通过list[int],list[float]进行Int64MultiArray,Float64MultiArray的替换

* 成功动态导入的不再需要使用静态导入

* Fix handle names (#55)

* fix handle names

* improve evacuateAndRefill gas source finding

* add camera and dependency (#56)

* 修复auto-的Action在protocol node下错误注册

* 匹配init param schema格式

* Add channel_sources config in conda_build_config.yaml (#58)

* 修复任务执行传参

* Create 5 new protocols & bump version 0.9.8 (#59)

* 添加了5个缺失的protocol,验证了可以运行

* bump version to 0.9.8

* 修复新增的Action的字段缺失

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Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* 转换到ros消息时,要进行基础类型转换

* Update work_station.yaml (#60)

* Update work_station.yaml

* Checklist里面有XDL跟protocol之间没对齐的问题,工作量有点大找时间写完

* Create prcxi.py

* Update prcxi.py

* Update Prcxi

* 更新中析仪器,以及启动示例

* 修改moveit_interface,并在mqtt上报时发送一个时间戳,方便网页端对数据的筛选 (#62)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* 提取lh的joint发布

* unify liquid_handler definition

* 修改物料跟随与物料添加逻辑

修改物料跟随与物料添加逻辑
将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写

* Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 498c997ad7.

* Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 3a60d2ae81.

* Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization"

This reverts commit fa727220af, reversing
changes made to 498c997ad7.

* 修改物料放下时的方法,如果选择

修改物料放下时的方法,
如果选择drop_trash,则删除物料显示
如果选择drop,则让其解除连接

* unilab添加moveit启动

1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活
2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动
3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动

* 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,

* Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 56d45b94f5.

* Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 07d9db20c3.

* 添加缺少物料:"plate_well_G12",

* add

* fix tip resource data

* liquid states

* change to debug level

* Revert "change to debug level"

This reverts commit 5d9953c3e5.

* Reapply "change to debug level"

This reverts commit 2487bb6ffc.

* fix tip resource data

* add full device

* add moveit yaml

* 修复moveit
增加post_init阶段,给予ros_node反向

* remove necessary node

* fix moveit action client

* remove necessary imports

* Update moveit_interface.py

* fix handler_key uppercase

* json add liquids

* fix setup

* add

* change to "sources" and "targets" for lh

* bump version

* remove parent's parent link

* change arm's name

* change name

* fix ik error

* 修改moveit_interface,并在mqtt上报时发送一个时间戳

---------

Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>

* 更新实例

* 更新实例

* 更新实例

* 修正prcxi启动

* 更新PRCXI配置,修改主机地址和设置状态,并添加示例用法

* add pickup tips for prcxi

* 任意执行错误都应该返回failed

* 任意执行错误都应该返回failed

* Add plateT6 to PRCXI configuration and enhance error handling in liquid handling

* prcxi blending

* assert blending_times > 0

* update prcxi

* update prcxi registry

* Update prcxi.py to fit the function in unilabos.

* 不生成已配置action的动作,增加prcxi的debug模式

* 增加注册表版本参数,支持将auto-指令人工检查后非auto,不生成人工已检查的指令,取消不必要的description生成

* 增加注册表版本参数,支持将auto-指令人工检查后非auto,不生成人工已检查的指令,取消不必要的description生成

* Update prcxi.py

* 修复了部分的protocol因为XDL更新导致的问题 (#61)

* 修复了部分的protocol因为XDL更新导致的问题

但是pumptransfer,add,dissolve,separate还没修,后续还需要写virtual固体加料器

* 补充了四个action

* 添加了固体加样器,丰富了json,修改了add protocol

* bump version to 0.9.9

* fix bugs from new actions

* protocol完整修复版本& bump version to 0.9.10

* 修补了一些单位处理,bump version to 0.9.11

* 优化了全protocol的运行时间,除了pumptransfer相关的还没

* 补充了剩下的几个protocol

---------

Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech>
Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* 修复action移除时的报错,更新注册表

* Update prcxi.py

* Update prcxi.py

* 新增simulator

* Update prcxi.py

* Update trash

* Update prcxi.py

* Update prcxi.py

* Update for discard tips

* Update prcxi.py

* Update PRCXI

* 更新axis等参数

* Update 9320

* get_well_container&get_tip_rack

* update

* Update 9320

* update

* deck

* 更新注册表&增加资源,parent应为resources字段

* Update 9320

* update

* 新增set liquid方法

* 新增set liquid方法

* action to resource & 0.9.12 (#64)

* action to resource & 0.9.12

* stir和adjustph的中的bug修不好

* modify prcxi

* 0.9.12 update registry

* update

* update

* registry upadte

* Update

* update

* container_for_nothing

* mix

* registry fix

* registry fix

* registry fix

* Update

* Update prcxi.py

* SET TIP RACK

* bump version

* update registry version & category

* update set tip rack

* yaml dump支持ordered dict,支持config_info

* fix devices

* fix resource check serialize

* fix: Protocol node resource run (#65)

* stir和adjustph的中的bug修不好

* fix sub-resource query in protocol node compiling

* add resource placeholder to vessels

* add the rest yaml

* Update work_station.yaml

---------

Co-authored-by: KCFeng425 <2100011801@stu.pku.edu.cn>

* 采用http报送resource

* 采用http报送resource

* update

* Update .gitignore

* bump version to 0.10.0

* default param simulator

* slim

* Update

* Update for prcxi

* Update

* Update

* Refactor PRCXI9300Deck initialization and update plate configurations

- Changed deck name from "PRCXI_Deck" to "PRCXI_Deck_9300".
- Updated plate4 initialization to use get_well_container instead of get_tip_rack.
- Modified plate4 material details with new UUID, code, and name.
- Renamed output JSON file to "deck_9300_new.json".
- Uncommented and adjusted liquid handling operations for clarity and future use.

* test

* update

* Update prcxi_9300.json

This one is good

* update

* fix protocol_node communication transfer

* 修复注册表handles类型错误的问题

* 物料添加失败应该直接raise ValueError,不要等待

* 更正注册表中的数字类型

* Delete unnecessary files.

* 新增lab_id直接传入

* fix vessel_id param passing in protocols

* 新增dll预载,保证部分设备可正常使用unilabos_msgs

* 修复可能的web template找不到的问题
新增联网获取json启动
删除非-g传入启动json的方式
兼容传参参数名短横线与下划线

* 修复可能的web template找不到的问题
新增联网获取json启动
删除非-g传入启动json的方式
兼容传参参数名短横线与下划线
更新版本到0.10.1
修复Upload Registry镜像不匹配

* 新增用户引导

* Device visualization (#67)

* Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements

* feat: 支持local_config启动
add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径
move: web component

* add: registry description

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* feat: node_info_update srv
fix: OTDeck cant create

* close #12
feat: slave node registry

* feat: show machine name
fix: host node registry not uploaded

* feat: add hplc registry

* feat: add hplc registry

* fix: hplc status typo

* fix: devices/

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* fix: device.class possible null

* fix: HPLC additions with online service

* fix: slave mode spin not working

* fix: slave mode spin not working

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同
feat: 上报发现的ActionClient
feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报

* feat: 支持env设置config

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* Device visualization (#14)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

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Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: missing hostname in devices_names
fix: upload_file for model file

* fix: missing paho-mqtt package
bump version to 0.9.0

* fix startup
add ResourceCreateFromOuter.action

* fix type hint

* update actions

* update actions

* host node add_resource_from_outer
fix cmake list

* pass device config to device class

* add: bind_parent_ids to resource create action
fix: message convert string

* fix: host node should not be re_discovered

* feat: resource tracker support dict

* feat: add more necessary params

* feat: fix boolean null in registry action data

* feat: add outer resource

* 编写mesh添加action

* feat: append resource

* add action

* feat: vis 2d for plr

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

* Device visualization (#22)

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* add 3d visualization

* 完成在main中启动设备可视化

完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model

添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集

* 完成TF发布

* 修改模型方向,在yaml中添加变换属性

* 添加物料tf变化时,发送topic到前端

另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题

* 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab

* 使用json启动plr与3D模型仿真

* 完成启动OT并联动rviz

* 修复rviz位置问题,

修复rviz位置问题,
在无tf变动时减缓发送频率
在backend中添加物料跟随方法

* fix: running logic

* fix: running logic

* fix: missing ot

* 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点

* 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中

* 编写mesh添加action

* add action

* fix

* fix: browser on rviz

* fix: cloud bridge error fallback to local

* fix: salve auto run rviz

* 初始化两个plate

---------

Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>

* fix: multi channel

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* fix: aspirate

* 提交

* fix: jobadd

* fix: jobadd

* fix: msg converter

* tijiao

* add resource creat easy action

* identify debug msg

* mq client id

* 提取lh的joint发布

* unify liquid_handler definition

* 修改物料跟随与物料添加逻辑

修改物料跟随与物料添加逻辑
将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写

* Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 498c997ad7.

* Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑"

This reverts commit 3a60d2ae81.

* Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization"

This reverts commit fa727220af, reversing
changes made to 498c997ad7.

* 修改物料放下时的方法,如果选择

修改物料放下时的方法,
如果选择drop_trash,则删除物料显示
如果选择drop,则让其解除连接

* unilab添加moveit启动

1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活
2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动
3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动

* 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,

* Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 56d45b94f5.

* Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题,"

This reverts commit 07d9db20c3.

* 添加缺少物料:"plate_well_G12",

* add

* fix tip resource data

* liquid states

* change to debug level

* Revert "change to debug level"

This reverts commit 5d9953c3e5.

* Reapply "change to debug level"

This reverts commit 2487bb6ffc.

* fix tip resource data

* add full device

* add moveit yaml

* 修复moveit
增加post_init阶段,给予ros_node反向

* remove necessary node

* fix moveit action client

* remove necessary imports

* Update moveit_interface.py

* fix handler_key uppercase

* json add liquids

* fix setup

* add

* change to "sources" and "targets" for lh

* bump version

* remove parent's parent link

* change arm's name

* change name

* fix ik error

* 修改moveit_interface,并在mqtt上报时发送一个时间戳

* 添加机械臂和移液站

* 添加

* 添加硬件

* update

* 添加

---------

Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>

* 更新注册表

---------

Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn>
Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com>
Co-authored-by: Kongchang Feng <2100011801@stu.pku.edu.cn>
Co-authored-by: hh. <103566763+Mile-Away@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: quehh <scienceol@outlook.com>
Co-authored-by: Harvey Que <quehaohui@dp.tech>
Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech>
Co-authored-by: ZiWei <131428629+ZiWei09@users.noreply.github.com>
2025-08-01 01:25:58 +08:00

598 lines
24 KiB
Python
Raw Blame History

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import networkx as nx
import re
import logging
from typing import List, Dict, Any, Tuple, Union
from .pump_protocol import generate_pump_protocol_with_rinsing
logger = logging.getLogger(__name__)
def debug_print(message):
"""调试输出"""
print(f"💎 [RECRYSTALLIZE] {message}", flush=True)
logger.info(f"[RECRYSTALLIZE] {message}")
def parse_volume_with_units(volume_input: Union[str, float, int], default_unit: str = "mL") -> float:
"""
解析带单位的体积输入
Args:
volume_input: 体积输入(如 "100 mL", "2.5 L", "500", "?", 100.0
default_unit: 默认单位(默认为毫升)
Returns:
float: 体积(毫升)
"""
if not volume_input:
debug_print("⚠️ 体积输入为空,返回 0.0mL 📦")
return 0.0
# 处理数值输入
if isinstance(volume_input, (int, float)):
result = float(volume_input)
debug_print(f"🔢 数值体积输入: {volume_input}{result}mL默认单位💧")
return result
# 处理字符串输入
volume_str = str(volume_input).lower().strip()
debug_print(f"🔍 解析体积字符串: '{volume_str}' 📝")
# 处理特殊值
if volume_str in ['?', 'unknown', 'tbd', 'to be determined']:
default_volume = 50.0 # 50mL默认值
debug_print(f"❓ 检测到未知体积,使用默认值: {default_volume}mL 🎯")
return default_volume
# 如果是纯数字,使用默认单位
try:
value = float(volume_str)
if default_unit.lower() in ["ml", "milliliter"]:
result = value
elif default_unit.lower() in ["l", "liter"]:
result = value * 1000.0
elif default_unit.lower() in ["μl", "ul", "microliter"]:
result = value / 1000.0
else:
result = value # 默认mL
debug_print(f"🔢 纯数字输入: {volume_str}{result}mL单位: {default_unit})📏")
return result
except ValueError:
pass
# 移除空格并提取数字和单位
volume_clean = re.sub(r'\s+', '', volume_str)
# 匹配数字和单位的正则表达式
match = re.match(r'([0-9]*\.?[0-9]+)\s*(ml|l|μl|ul|microliter|milliliter|liter)?', volume_clean)
if not match:
debug_print(f"⚠️ 无法解析体积: '{volume_str}',使用默认值: 50mL 🎯")
return 50.0
value = float(match.group(1))
unit = match.group(2) or default_unit.lower()
# 转换为毫升
if unit in ['l', 'liter']:
volume = value * 1000.0 # L -> mL
debug_print(f"📏 升转毫升: {value}L → {volume}mL 💧")
elif unit in ['μl', 'ul', 'microliter']:
volume = value / 1000.0 # μL -> mL
debug_print(f"📏 微升转毫升: {value}μL → {volume}mL 💧")
else: # ml, milliliter 或默认
volume = value # 已经是mL
debug_print(f"📏 毫升单位: {value}mL → {volume}mL 💧")
debug_print(f"✅ 体积解析完成: '{volume_str}'{volume}mL ✨")
return volume
def parse_ratio(ratio_str: str) -> Tuple[float, float]:
"""
解析比例字符串,支持多种格式
Args:
ratio_str: 比例字符串(如 "1:1", "3:7", "50:50"
Returns:
Tuple[float, float]: 比例元组 (ratio1, ratio2)
"""
debug_print(f"⚖️ 开始解析比例: '{ratio_str}' 📊")
try:
# 处理 "1:1", "3:7", "50:50" 等格式
if ":" in ratio_str:
parts = ratio_str.split(":")
if len(parts) == 2:
ratio1 = float(parts[0])
ratio2 = float(parts[1])
debug_print(f"✅ 冒号格式解析成功: {ratio1}:{ratio2} 🎯")
return ratio1, ratio2
# 处理 "1-1", "3-7" 等格式
if "-" in ratio_str:
parts = ratio_str.split("-")
if len(parts) == 2:
ratio1 = float(parts[0])
ratio2 = float(parts[1])
debug_print(f"✅ 横线格式解析成功: {ratio1}:{ratio2} 🎯")
return ratio1, ratio2
# 处理 "1,1", "3,7" 等格式
if "," in ratio_str:
parts = ratio_str.split(",")
if len(parts) == 2:
ratio1 = float(parts[0])
ratio2 = float(parts[1])
debug_print(f"✅ 逗号格式解析成功: {ratio1}:{ratio2} 🎯")
return ratio1, ratio2
# 默认 1:1
debug_print(f"⚠️ 无法解析比例 '{ratio_str}',使用默认比例 1:1 🎭")
return 1.0, 1.0
except ValueError:
debug_print(f"❌ 比例解析错误 '{ratio_str}',使用默认比例 1:1 🎭")
return 1.0, 1.0
def find_solvent_vessel(G: nx.DiGraph, solvent: str) -> str:
"""
查找溶剂容器
Args:
G: 网络图
solvent: 溶剂名称
Returns:
str: 溶剂容器ID
"""
debug_print(f"🔍 正在查找溶剂 '{solvent}' 的容器... 🧪")
# 构建可能的容器名称
possible_names = [
f"flask_{solvent}",
f"bottle_{solvent}",
f"reagent_{solvent}",
f"reagent_bottle_{solvent}",
f"{solvent}_flask",
f"{solvent}_bottle",
f"{solvent}",
f"vessel_{solvent}",
]
debug_print(f"📋 候选容器名称: {possible_names[:3]}... (共{len(possible_names)}个) 📝")
# 第一步:通过容器名称匹配
debug_print(" 🎯 步骤1: 精确名称匹配...")
for vessel_name in possible_names:
if vessel_name in G.nodes():
debug_print(f" 🎉 通过名称匹配找到容器: {vessel_name}")
return vessel_name
# 第二步通过模糊匹配节点ID和名称
debug_print(" 🔍 步骤2: 模糊名称匹配...")
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
if solvent.lower() in node_id.lower() or solvent.lower() in node_name:
debug_print(f" 🎉 通过模糊匹配找到容器: {node_id} (名称: {node_name}) ✨")
return node_id
# 第三步:通过配置中的试剂信息匹配
debug_print(" 🧪 步骤3: 配置试剂信息匹配...")
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
# 检查 config 中的 reagent 字段
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
config_reagent = node_config.get('reagent', '').lower()
if config_reagent and solvent.lower() == config_reagent:
debug_print(f" 🎉 通过config.reagent匹配找到容器: {node_id} (试剂: {config_reagent}) ✨")
return node_id
# 第四步:通过数据中的试剂信息匹配
debug_print(" 🧪 步骤4: 数据试剂信息匹配...")
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
vessel_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
# 检查 data 中的 reagent_name 字段
reagent_name = vessel_data.get('reagent_name', '').lower()
if reagent_name and solvent.lower() == reagent_name:
debug_print(f" 🎉 通过data.reagent_name匹配找到容器: {node_id} (试剂: {reagent_name}) ✨")
return node_id
# 检查 data 中的液体信息
liquids = vessel_data.get('liquid', [])
for liquid in liquids:
if isinstance(liquid, dict):
liquid_type = (liquid.get('liquid_type') or liquid.get('name', '')).lower()
if solvent.lower() in liquid_type:
debug_print(f" 🎉 通过液体类型匹配找到容器: {node_id} (液体类型: {liquid_type}) ✨")
return node_id
# 第五步:部分匹配(如果前面都没找到)
debug_print(" 🔍 步骤5: 部分匹配...")
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
node_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
config_reagent = node_config.get('reagent', '').lower()
data_reagent = node_data.get('reagent_name', '').lower()
# 检查是否包含溶剂名称
if (solvent.lower() in config_reagent or
solvent.lower() in data_reagent or
solvent.lower() in node_name or
solvent.lower() in node_id.lower()):
debug_print(f" 🎉 通过部分匹配找到容器: {node_id}")
debug_print(f" - 节点名称: {node_name}")
debug_print(f" - 配置试剂: {config_reagent}")
debug_print(f" - 数据试剂: {data_reagent}")
return node_id
# 调试信息:列出所有容器
debug_print(" 🔎 调试信息:列出所有容器...")
container_list = []
for node_id in G.nodes():
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
node_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '')
container_info = {
'id': node_id,
'name': node_name,
'config_reagent': node_config.get('reagent', ''),
'data_reagent': node_data.get('reagent_name', '')
}
container_list.append(container_info)
debug_print(f" - 容器: {node_id}, 名称: {node_name}, config试剂: {node_config.get('reagent', '')}, data试剂: {node_data.get('reagent_name', '')}")
debug_print(f"❌ 找不到溶剂 '{solvent}' 对应的容器 😭")
debug_print(f"🔍 查找的溶剂: '{solvent}' (小写: '{solvent.lower()}')")
debug_print(f"📊 总共发现 {len(container_list)} 个容器")
raise ValueError(f"找不到溶剂 '{solvent}' 对应的容器")
def generate_recrystallize_protocol(
G: nx.DiGraph,
vessel: dict, # 🔧 修改:从字符串改为字典类型
ratio: str,
solvent1: str,
solvent2: str,
volume: Union[str, float], # 支持字符串和数值
**kwargs
) -> List[Dict[str, Any]]:
"""
生成重结晶协议序列 - 支持vessel字典和体积运算
Args:
G: 有向图,节点为容器和设备
vessel: 目标容器字典从XDL传入
ratio: 溶剂比例(如 "1:1", "3:7"
solvent1: 第一种溶剂名称
solvent2: 第二种溶剂名称
volume: 总体积(支持 "100 mL", "50", "2.5 L" 等)
**kwargs: 其他可选参数
Returns:
List[Dict[str, Any]]: 动作序列
"""
# 🔧 核心修改从字典中提取容器ID
# 统一处理vessel参数
if isinstance(vessel, dict):
if "id" not in vessel:
vessel_id = list(vessel.values())[0].get("id", "")
else:
vessel_id = vessel.get("id", "")
vessel_data = vessel.get("data", {})
else:
vessel_id = str(vessel)
vessel_data = G.nodes[vessel_id].get("data", {}) if vessel_id in G.nodes() else {}
action_sequence = []
debug_print("💎" * 20)
debug_print("🚀 开始生成重结晶协议支持vessel字典和体积运算")
debug_print(f"📝 输入参数:")
debug_print(f" 🥽 vessel: {vessel} (ID: {vessel_id})")
debug_print(f" ⚖️ 比例: {ratio}")
debug_print(f" 🧪 溶剂1: {solvent1}")
debug_print(f" 🧪 溶剂2: {solvent2}")
debug_print(f" 💧 总体积: {volume} (类型: {type(volume)})")
debug_print("💎" * 20)
# 🔧 新增:记录重结晶前的容器状态
debug_print("🔍 记录重结晶前容器状态...")
original_liquid_volume = 0.0
if "data" in vessel and "liquid_volume" in vessel["data"]:
current_volume = vessel["data"]["liquid_volume"]
if isinstance(current_volume, list) and len(current_volume) > 0:
original_liquid_volume = current_volume[0]
elif isinstance(current_volume, (int, float)):
original_liquid_volume = current_volume
debug_print(f"📊 重结晶前液体体积: {original_liquid_volume:.2f}mL")
# 1. 验证目标容器存在
debug_print("📍 步骤1: 验证目标容器... 🔧")
if vessel_id not in G.nodes(): # 🔧 使用 vessel_id
debug_print(f"❌ 目标容器 '{vessel_id}' 不存在于系统中! 😱")
raise ValueError(f"目标容器 '{vessel_id}' 不存在于系统中")
debug_print(f"✅ 目标容器 '{vessel_id}' 验证通过 🎯")
# 2. 解析体积(支持单位)
debug_print("📍 步骤2: 解析体积(支持单位)... 💧")
final_volume = parse_volume_with_units(volume, "mL")
debug_print(f"🎯 体积解析完成: {volume}{final_volume}mL ✨")
# 3. 解析比例
debug_print("📍 步骤3: 解析比例... ⚖️")
ratio1, ratio2 = parse_ratio(ratio)
total_ratio = ratio1 + ratio2
debug_print(f"🎯 比例解析完成: {ratio1}:{ratio2} (总比例: {total_ratio}) ✨")
# 4. 计算各溶剂体积
debug_print("📍 步骤4: 计算各溶剂体积... 🧮")
volume1 = final_volume * (ratio1 / total_ratio)
volume2 = final_volume * (ratio2 / total_ratio)
debug_print(f"🧪 {solvent1} 体积: {volume1:.2f} mL ({ratio1}/{total_ratio} × {final_volume})")
debug_print(f"🧪 {solvent2} 体积: {volume2:.2f} mL ({ratio2}/{total_ratio} × {final_volume})")
debug_print(f"✅ 体积计算完成: 总计 {volume1 + volume2:.2f} mL 🎯")
# 5. 查找溶剂容器
debug_print("📍 步骤5: 查找溶剂容器... 🔍")
try:
debug_print(f" 🔍 查找溶剂1容器...")
solvent1_vessel = find_solvent_vessel(G, solvent1)
debug_print(f" 🎉 找到溶剂1容器: {solvent1_vessel}")
except ValueError as e:
debug_print(f" ❌ 溶剂1容器查找失败: {str(e)} 😭")
raise ValueError(f"无法找到溶剂1 '{solvent1}': {str(e)}")
try:
debug_print(f" 🔍 查找溶剂2容器...")
solvent2_vessel = find_solvent_vessel(G, solvent2)
debug_print(f" 🎉 找到溶剂2容器: {solvent2_vessel}")
except ValueError as e:
debug_print(f" ❌ 溶剂2容器查找失败: {str(e)} 😭")
raise ValueError(f"无法找到溶剂2 '{solvent2}': {str(e)}")
# 6. 验证路径存在
debug_print("📍 步骤6: 验证传输路径... 🛤️")
try:
path1 = nx.shortest_path(G, source=solvent1_vessel, target=vessel_id) # 🔧 使用 vessel_id
debug_print(f" 🛤️ 溶剂1路径: {''.join(path1)}")
except nx.NetworkXNoPath:
debug_print(f" ❌ 溶剂1路径不可达: {solvent1_vessel}{vessel_id} 😞")
raise ValueError(f"从溶剂1容器 '{solvent1_vessel}' 到目标容器 '{vessel_id}' 没有可用路径")
try:
path2 = nx.shortest_path(G, source=solvent2_vessel, target=vessel_id) # 🔧 使用 vessel_id
debug_print(f" 🛤️ 溶剂2路径: {''.join(path2)}")
except nx.NetworkXNoPath:
debug_print(f" ❌ 溶剂2路径不可达: {solvent2_vessel}{vessel_id} 😞")
raise ValueError(f"从溶剂2容器 '{solvent2_vessel}' 到目标容器 '{vessel_id}' 没有可用路径")
# 7. 添加第一种溶剂
debug_print("📍 步骤7: 添加第一种溶剂... 🧪")
debug_print(f" 🚰 开始添加溶剂1: {solvent1} ({volume1:.2f} mL)")
try:
pump_actions1 = generate_pump_protocol_with_rinsing(
G=G,
from_vessel=solvent1_vessel,
to_vessel=vessel_id, # 🔧 使用 vessel_id
volume=volume1, # 使用解析后的体积
amount="",
time=0.0,
viscous=False,
rinsing_solvent="", # 重结晶不需要清洗
rinsing_volume=0.0,
rinsing_repeats=0,
solid=False,
flowrate=2.0, # 正常流速
transfer_flowrate=0.5
)
action_sequence.extend(pump_actions1)
debug_print(f" ✅ 溶剂1泵送动作已添加: {len(pump_actions1)} 个动作 🚰✨")
except Exception as e:
debug_print(f" ❌ 溶剂1泵协议生成失败: {str(e)} 😭")
raise ValueError(f"生成溶剂1泵协议时出错: {str(e)}")
# 🔧 新增:更新容器体积 - 添加溶剂1后
debug_print(" 🔧 更新容器体积 - 添加溶剂1后...")
new_volume_after_solvent1 = original_liquid_volume + volume1
# 更新vessel字典中的体积
if "data" in vessel and "liquid_volume" in vessel["data"]:
current_volume = vessel["data"]["liquid_volume"]
if isinstance(current_volume, list):
if len(current_volume) > 0:
vessel["data"]["liquid_volume"][0] = new_volume_after_solvent1
else:
vessel["data"]["liquid_volume"] = [new_volume_after_solvent1]
else:
vessel["data"]["liquid_volume"] = new_volume_after_solvent1
# 同时更新图中的容器数据
if vessel_id in G.nodes():
if 'data' not in G.nodes[vessel_id]:
G.nodes[vessel_id]['data'] = {}
vessel_node_data = G.nodes[vessel_id]['data']
current_node_volume = vessel_node_data.get('liquid_volume', 0.0)
if isinstance(current_node_volume, list):
if len(current_node_volume) > 0:
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'][0] = new_volume_after_solvent1
else:
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = [new_volume_after_solvent1]
else:
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = new_volume_after_solvent1
debug_print(f" 📊 体积更新: {original_liquid_volume:.2f}mL + {volume1:.2f}mL = {new_volume_after_solvent1:.2f}mL")
# 8. 等待溶剂1稳定
debug_print(" ⏳ 添加溶剂1稳定等待...")
action_sequence.append({
"action_name": "wait",
"action_kwargs": {
"time": 5.0, # 缩短等待时间
"description": f"等待溶剂1 {solvent1} 稳定"
}
})
debug_print(" ✅ 溶剂1稳定等待已添加 ⏰✨")
# 9. 添加第二种溶剂
debug_print("📍 步骤8: 添加第二种溶剂... 🧪")
debug_print(f" 🚰 开始添加溶剂2: {solvent2} ({volume2:.2f} mL)")
try:
pump_actions2 = generate_pump_protocol_with_rinsing(
G=G,
from_vessel=solvent2_vessel,
to_vessel=vessel_id, # 🔧 使用 vessel_id
volume=volume2, # 使用解析后的体积
amount="",
time=0.0,
viscous=False,
rinsing_solvent="", # 重结晶不需要清洗
rinsing_volume=0.0,
rinsing_repeats=0,
solid=False,
flowrate=2.0, # 正常流速
transfer_flowrate=0.5
)
action_sequence.extend(pump_actions2)
debug_print(f" ✅ 溶剂2泵送动作已添加: {len(pump_actions2)} 个动作 🚰✨")
except Exception as e:
debug_print(f" ❌ 溶剂2泵协议生成失败: {str(e)} 😭")
raise ValueError(f"生成溶剂2泵协议时出错: {str(e)}")
# 🔧 新增:更新容器体积 - 添加溶剂2后
debug_print(" 🔧 更新容器体积 - 添加溶剂2后...")
final_liquid_volume = new_volume_after_solvent1 + volume2
# 更新vessel字典中的体积
if "data" in vessel and "liquid_volume" in vessel["data"]:
current_volume = vessel["data"]["liquid_volume"]
if isinstance(current_volume, list):
if len(current_volume) > 0:
vessel["data"]["liquid_volume"][0] = final_liquid_volume
else:
vessel["data"]["liquid_volume"] = [final_liquid_volume]
else:
vessel["data"]["liquid_volume"] = final_liquid_volume
# 同时更新图中的容器数据
if vessel_id in G.nodes():
if 'data' not in G.nodes[vessel_id]:
G.nodes[vessel_id]['data'] = {}
vessel_node_data = G.nodes[vessel_id]['data']
current_node_volume = vessel_node_data.get('liquid_volume', 0.0)
if isinstance(current_node_volume, list):
if len(current_node_volume) > 0:
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'][0] = final_liquid_volume
else:
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = [final_liquid_volume]
else:
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = final_liquid_volume
debug_print(f" 📊 最终体积: {new_volume_after_solvent1:.2f}mL + {volume2:.2f}mL = {final_liquid_volume:.2f}mL")
# 10. 等待溶剂2稳定
debug_print(" ⏳ 添加溶剂2稳定等待...")
action_sequence.append({
"action_name": "wait",
"action_kwargs": {
"time": 5.0, # 缩短等待时间
"description": f"等待溶剂2 {solvent2} 稳定"
}
})
debug_print(" ✅ 溶剂2稳定等待已添加 ⏰✨")
# 11. 等待重结晶完成
debug_print("📍 步骤9: 等待重结晶完成... 💎")
# 模拟运行时间优化
debug_print(" ⏱️ 检查模拟运行时间限制...")
original_crystallize_time = 600.0 # 原始重结晶时间
simulation_time_limit = 60.0 # 模拟运行时间限制60秒
final_crystallize_time = min(original_crystallize_time, simulation_time_limit)
if original_crystallize_time > simulation_time_limit:
debug_print(f" 🎮 模拟运行优化: {original_crystallize_time}s → {final_crystallize_time}s ⚡")
debug_print(f" 📊 时间缩短: {original_crystallize_time/60:.1f}分钟 → {final_crystallize_time/60:.1f}分钟 🚀")
else:
debug_print(f" ✅ 时间在限制内: {final_crystallize_time}s 保持不变 🎯")
action_sequence.append({
"action_name": "wait",
"action_kwargs": {
"time": final_crystallize_time,
"description": f"等待重结晶完成({solvent1}:{solvent2} = {ratio},总体积 {final_volume}mL" + (f" (模拟时间)" if original_crystallize_time != final_crystallize_time else "")
}
})
debug_print(f" ✅ 重结晶等待已添加: {final_crystallize_time}s 💎✨")
# 显示时间调整信息
if original_crystallize_time != final_crystallize_time:
debug_print(f" 🎭 模拟优化说明: 原计划 {original_crystallize_time/60:.1f}分钟,实际模拟 {final_crystallize_time/60:.1f}分钟 ⚡")
# 总结
debug_print("💎" * 20)
debug_print(f"🎉 重结晶协议生成完成! ✨")
debug_print(f"📊 总动作数: {len(action_sequence)}")
debug_print(f"🥽 目标容器: {vessel_id}")
debug_print(f"💧 总体积变化:")
debug_print(f" - 原始体积: {original_liquid_volume:.2f}mL")
debug_print(f" - 添加溶剂: {final_volume:.2f}mL")
debug_print(f" - 最终体积: {final_liquid_volume:.2f}mL")
debug_print(f"⚖️ 溶剂比例: {solvent1}:{solvent2} = {ratio1}:{ratio2}")
debug_print(f"🧪 溶剂1: {solvent1} ({volume1:.2f}mL)")
debug_print(f"🧪 溶剂2: {solvent2} ({volume2:.2f}mL)")
debug_print(f"⏱️ 预计总时间: {(final_crystallize_time + 10)/60:.1f} 分钟 ⌛")
debug_print("💎" * 20)
return action_sequence
# 测试函数
def test_recrystallize_protocol():
"""测试重结晶协议"""
debug_print("🧪 === RECRYSTALLIZE PROTOCOL 测试 === ✨")
# 测试体积解析
debug_print("💧 测试体积解析...")
test_volumes = ["100 mL", "2.5 L", "500", "50.5", "?", "invalid"]
for vol in test_volumes:
parsed = parse_volume_with_units(vol)
debug_print(f" 📊 体积 '{vol}' -> {parsed}mL")
# 测试比例解析
debug_print("⚖️ 测试比例解析...")
test_ratios = ["1:1", "3:7", "50:50", "1-1", "2,8", "invalid"]
for ratio in test_ratios:
r1, r2 = parse_ratio(ratio)
debug_print(f" 📊 比例 '{ratio}' -> {r1}:{r2}")
debug_print("✅ 测试完成 🎉")
if __name__ == "__main__":
test_recrystallize_protocol()