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* add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类,添加资源创建功能,优化协议创建方法,修复部分代码格式问题,更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本,运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * 37-biomek-i5i7 (#40) * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类,添加资源创建功能,优化协议创建方法,修复部分代码格式问题,更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本,运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * Refine biomek * Refine copy issue * Refine --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * Device visualization (#39) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法,如果选择 修改物料放下时的方法, 如果选择drop_trash,则删除物料显示 如果选择drop,则让其解除连接 * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类,添加资源创建功能,优化协议创建方法,修复部分代码格式问题,更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动 * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本,运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题, * Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料:"plate_well_G12", * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段,给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * Device visualization (#41) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法,如果选择 修改物料放下时的方法, 如果选择drop_trash,则删除物料显示 如果选择drop,则让其解除连接 * add biomek.py demo implementation * 更新LiquidHandlerBiomek类,添加资源创建功能,优化协议创建方法,修复部分代码格式问题,更新YAML配置以支持新功能。 * Test * fix biomek success type * Convert LH action to biomek. * Update biomek.py * 注册表上报handle和schema (param input) * 修复biomek缺少的字段 * delete 's' * Remove warnings * Update biomek.py * Biomek test * Update biomek.py * 新增transfer_biomek的msg * New transfer_biomek * Updated transfer_biomek * 更新transfer_biomek的msg * 更新transfer_biomek的msg * 支持Biomek创建 * new action * fix key name typo * New parameter for biomek to run. * Refine * Update * new actions * new actions * 1 * registry * fix biomek startup add action handles * fix handles not as default entry * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动 * biomek_test.py biomek_test.py是最新的版本,运行它会生成complete_biomek_protocol.json * Update biomek.py * biomek_test.py * fix liquid_handler.biomek handles * 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题, * Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料:"plate_well_G12", * host node新增resource add时间统计 create_resource新增handle bump version to 0.9.2 * 修正物料上传时间 改用biomek_test 增加ResultInfoEncoder 支持返回结果上传 * 正确发送return_info结果 * 同步执行状态信息 * 取消raiseValueError提示 * Update biomek_test.py * 0608 DONE * 同步了Biomek.py 现在应可用 * biomek switch back to non-test * temp disable initialize resource * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段,给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> * fix move it * fix move it * create_resource * bump ver modify slot type * 增加modbus支持 调整protocol node以更好支持多种类型的read和write * 调整protocol node以更好支持多种类型的read和write * 补充日志 * Device visualization (#42) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法,如果选择 修改物料放下时的方法, 如果选择drop_trash,则删除物料显示 如果选择drop,则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题, * Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料:"plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段,给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * Add Mock Device for Organic Synthesis\添加有机合成的虚拟仪器和Protocol (#43) * Add Device MockChiller Add device MockChiller * Add Device MockFilter * Add Device MockPump * Add Device MockRotavap * Add Device MockSeparator * Add Device MockStirrer * Add Device MockHeater * Add Device MockVacuum * Add Device MockSolenoidValve * Add Device Mock \_init_.py * 规范模拟设备代码与注册表信息 * 更改Mock大写文件夹名 * 删除大写目录 * Edited Mock device json * Match mock device with action * Edit mock device yaml * Add new action * Add Virtual Device, Action, YAML, Protocol for Organic Syn * 单独分类测试的protocol文件夹 * 更名Action --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * bump version & protocol fix * hotfix: Add macos_sdk_config (#46) Co-authored-by: quehh <scienceol@outlook.com> * include device_mesh when pip install * 测试自动构建 * try build fix * try build * test artifacts * hotfix: Add .certs in .gitignore * create container * container 添加和更新完成 * Device registry port (#49) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * unify liquid_handler definition * Update virtual_device.yaml * 更正了stir和heater的连接方式 * 区分了虚拟仪器中的八通阀和电磁阀,添加了两个阀门的驱动 * 修改了add protocol * 修复了阀门更新版的bug * 修复了添加protocol前缀导致的不能启动的bug * Fix handles * bump version to 0.9.6 * add resource edge upload * update container registry and handles * add virtual_separator virtual_rotavap fix transfer_pump * fix container value add parent_name to edge device id * 大图的问题都修复好了,添加了gassource和vacuum pump的驱动以及注册表 * default resource upload mode is false * 添加了icon的文件名在注册表里面 * 修改了json图中link的格式 * fix resource and edge upload * fix device ports * Fix edge id * 移除device的父节点关联 * separate registry sync and resource_add * 默认不进行注册表报送,通过命令unilabos-register或者增加启动参数 * 完善tip * protocol node不再嵌套显示 * bump version to 0.9.7 新增一个测试PumpTransferProtocol的teststation,亲测可以运行,将八通阀们和转移泵与pump_protocol适配 * protocol node 执行action不应携带自身device id * 添加了一套简易双八通阀工作站JSON,亲测能跑 * 修复了很多protocol,亲测能跑 * 添加了run column和filter through的protocol,亲测能跑 * fix mock_reactor * 修改了大图和小图的json,但是在前端上没看到改变 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新workstation注册表 * 添加了两个protocol的检索功能 (#51) * 添加了两个protocol的检索liquid type功能 * fix workstation registry * 修复了没连接的几个仪器的link,添加了container的icon * 修改了json和注册表,现在大图全部的device都链接上了 * 修复了小图的json图,线全部连上了 * add work_station protocol handles (ports) * fix workstation action handle --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> * 新增注册表补全功能,修复Protocol执行失败 * 支持通过导入方式补全注册表,新增工作流unilabos_device_id字段 * 修复不启用注册表补充就无法启动的bug * 修复部分识别error * 修复静态方法识别get status,注册表支持python类型 * status types对于嵌套类型返回的对象,暂时处理成字符串,无法直接进行转换 * 支持通过list[int],list[float]进行Int64MultiArray,Float64MultiArray的替换 * 成功动态导入的不再需要使用静态导入 * Fix handle names (#55) * fix handle names * improve evacuateAndRefill gas source finding * add camera and dependency (#56) * 修复auto-的Action在protocol node下错误注册 * 匹配init param schema格式 * Add channel_sources config in conda_build_config.yaml (#58) * 修复任务执行传参 * Create 5 new protocols & bump version 0.9.8 (#59) * 添加了5个缺失的protocol,验证了可以运行 * bump version to 0.9.8 * 修复新增的Action的字段缺失 --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * 转换到ros消息时,要进行基础类型转换 * Update work_station.yaml (#60) * Update work_station.yaml * Checklist里面有XDL跟protocol之间没对齐的问题,工作量有点大找时间写完 * Create prcxi.py * Update prcxi.py * Update Prcxi * 更新中析仪器,以及启动示例 * 修改moveit_interface,并在mqtt上报时发送一个时间戳,方便网页端对数据的筛选 (#62) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法,如果选择 修改物料放下时的方法, 如果选择drop_trash,则删除物料显示 如果选择drop,则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题, * Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料:"plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段,给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error * 修改moveit_interface,并在mqtt上报时发送一个时间戳 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新实例 * 更新实例 * 更新实例 * 修正prcxi启动 * 更新PRCXI配置,修改主机地址和设置状态,并添加示例用法 * add pickup tips for prcxi * 任意执行错误都应该返回failed * 任意执行错误都应该返回failed * Add plateT6 to PRCXI configuration and enhance error handling in liquid handling * prcxi blending * assert blending_times > 0 * update prcxi * update prcxi registry * Update prcxi.py to fit the function in unilabos. * 不生成已配置action的动作,增加prcxi的debug模式 * 增加注册表版本参数,支持将auto-指令人工检查后非auto,不生成人工已检查的指令,取消不必要的description生成 * 增加注册表版本参数,支持将auto-指令人工检查后非auto,不生成人工已检查的指令,取消不必要的description生成 * Update prcxi.py * 修复了部分的protocol因为XDL更新导致的问题 (#61) * 修复了部分的protocol因为XDL更新导致的问题 但是pumptransfer,add,dissolve,separate还没修,后续还需要写virtual固体加料器 * 补充了四个action * 添加了固体加样器,丰富了json,修改了add protocol * bump version to 0.9.9 * fix bugs from new actions * protocol完整修复版本& bump version to 0.9.10 * 修补了一些单位处理,bump version to 0.9.11 * 优化了全protocol的运行时间,除了pumptransfer相关的还没 * 补充了剩下的几个protocol --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * 修复action移除时的报错,更新注册表 * Update prcxi.py * Update prcxi.py * 新增simulator * Update prcxi.py * Update trash * Update prcxi.py * Update prcxi.py * Update for discard tips * Update prcxi.py * Update PRCXI * 更新axis等参数 * Update 9320 * get_well_container&get_tip_rack * update * Update 9320 * update * deck * 更新注册表&增加资源,parent应为resources字段 * Update 9320 * update * 新增set liquid方法 * 新增set liquid方法 * action to resource & 0.9.12 (#64) * action to resource & 0.9.12 * stir和adjustph的中的bug修不好 * modify prcxi * 0.9.12 update registry * update * update * registry upadte * Update * update * container_for_nothing * mix * registry fix * registry fix * registry fix * Update * Update prcxi.py * SET TIP RACK * bump version * update registry version & category * update set tip rack * yaml dump支持ordered dict,支持config_info * fix devices * fix resource check serialize * fix: Protocol node resource run (#65) * stir和adjustph的中的bug修不好 * fix sub-resource query in protocol node compiling * add resource placeholder to vessels * add the rest yaml * Update work_station.yaml --------- Co-authored-by: KCFeng425 <2100011801@stu.pku.edu.cn> * 采用http报送resource * 采用http报送resource * update * Update .gitignore * bump version to 0.10.0 * default param simulator * slim * Update * Update for prcxi * Update * Update * Refactor PRCXI9300Deck initialization and update plate configurations - Changed deck name from "PRCXI_Deck" to "PRCXI_Deck_9300". - Updated plate4 initialization to use get_well_container instead of get_tip_rack. - Modified plate4 material details with new UUID, code, and name. - Renamed output JSON file to "deck_9300_new.json". - Uncommented and adjusted liquid handling operations for clarity and future use. * test * update * Update prcxi_9300.json This one is good * update * fix protocol_node communication transfer * 修复注册表handles类型错误的问题 * 物料添加失败应该直接raise ValueError,不要等待 * 更正注册表中的数字类型 * Delete unnecessary files. * 新增lab_id直接传入 * fix vessel_id param passing in protocols * 新增dll预载,保证部分设备可正常使用unilabos_msgs * 修复可能的web template找不到的问题 新增联网获取json启动 删除非-g传入启动json的方式 兼容传参参数名短横线与下划线 * 修复可能的web template找不到的问题 新增联网获取json启动 删除非-g传入启动json的方式 兼容传参参数名短横线与下划线 更新版本到0.10.1 修复Upload Registry镜像不匹配 * 新增用户引导 * Device visualization (#67) * Update README and MQTTClient for installation instructions and code improvements * feat: 支持local_config启动 add: 增加对crt path的说明,为传入config.py的相对路径 move: web component * add: registry description * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * feat: node_info_update srv fix: OTDeck cant create * close #12 feat: slave node registry * feat: show machine name fix: host node registry not uploaded * feat: add hplc registry * feat: add hplc registry * fix: hplc status typo * fix: devices/ * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * fix: device.class possible null * fix: HPLC additions with online service * fix: slave mode spin not working * fix: slave mode spin not working * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * feat: 多ProtocolNode 允许子设备ID相同 feat: 上报发现的ActionClient feat: Host重启动,通过discover机制要求slaveNode重新注册,实现信息及时上报 * feat: 支持env设置config * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * Device visualization (#14) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: missing hostname in devices_names fix: upload_file for model file * fix: missing paho-mqtt package bump version to 0.9.0 * fix startup add ResourceCreateFromOuter.action * fix type hint * update actions * update actions * host node add_resource_from_outer fix cmake list * pass device config to device class * add: bind_parent_ids to resource create action fix: message convert string * fix: host node should not be re_discovered * feat: resource tracker support dict * feat: add more necessary params * feat: fix boolean null in registry action data * feat: add outer resource * 编写mesh添加action * feat: append resource * add action * feat: vis 2d for plr * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate * Device visualization (#22) * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * add 3d visualization * 完成在main中启动设备可视化 完成在main中启动设备可视化,并输出物料ID:mesh的对应关系resource_model 添加物料模型管理类,遍历物料与resource_model,完成TF数据收集 * 完成TF发布 * 修改模型方向,在yaml中添加变换属性 * 添加物料tf变化时,发送topic到前端 另外修改了物料初始化的方法,防止在tf还未发布时提前建立物料模型与发布话题 * 添加关节发布节点与物料可视化节点进入unilab * 使用json启动plr与3D模型仿真 * 完成启动OT并联动rviz * 修复rviz位置问题, 修复rviz位置问题, 在无tf变动时减缓发送频率 在backend中添加物料跟随方法 * fix: running logic * fix: running logic * fix: missing ot * 在main中直接初始化republisher和物料的mesh节点 * 将joint_republisher和resource_mesh_manager添加进 main_slave_run.py中 * 编写mesh添加action * add action * fix * fix: browser on rviz * fix: cloud bridge error fallback to local * fix: salve auto run rviz * 初始化两个plate --------- Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: multi channel * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * fix: aspirate * 提交 * fix: jobadd * fix: jobadd * fix: msg converter * tijiao * add resource creat easy action * identify debug msg * mq client id * 提取lh的joint发布 * unify liquid_handler definition * 修改物料跟随与物料添加逻辑 修改物料跟随与物料添加逻辑 将joint_publisher类移出lh的backends,但仍需要对lh的backends进行一些改写 * Revert "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit498c997ad7. * Reapply "修改物料跟随与物料添加逻辑" This reverts commit3a60d2ae81. * Revert "Merge remote-tracking branch 'upstream/dev' into device_visualization" This reverts commitfa727220af, reversing changes made to498c997ad7. * 修改物料放下时的方法,如果选择 修改物料放下时的方法, 如果选择drop_trash,则删除物料显示 如果选择drop,则让其解除连接 * unilab添加moveit启动 1,整合所有moveit节点到一个move_group中,并整合所有的controller依次激活 2,添加pymoveit2的节点,使用json可直接启动 3,修改机械臂规划方式,添加约束,让冗余关节不会进行过多移动 * 修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题, * Revert "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit56d45b94f5. * Reapply "修改物体attach时,多次赋值当前时间导致卡顿问题," This reverts commit07d9db20c3. * 添加缺少物料:"plate_well_G12", * add * fix tip resource data * liquid states * change to debug level * Revert "change to debug level" This reverts commit5d9953c3e5. * Reapply "change to debug level" This reverts commit2487bb6ffc. * fix tip resource data * add full device * add moveit yaml * 修复moveit 增加post_init阶段,给予ros_node反向 * remove necessary node * fix moveit action client * remove necessary imports * Update moveit_interface.py * fix handler_key uppercase * json add liquids * fix setup * add * change to "sources" and "targets" for lh * bump version * remove parent's parent link * change arm's name * change name * fix ik error * 修改moveit_interface,并在mqtt上报时发送一个时间戳 * 添加机械臂和移液站 * 添加 * 添加硬件 * update * 添加 --------- Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> Co-authored-by: zhangshixiang <@zhangshixiang> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> * 更新注册表 --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: qxw138 <qxw@stu.pku.edu.cn> Co-authored-by: q434343 <73513873+q434343@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Harvey Que <Q-Query@outlook.com> Co-authored-by: Kongchang Feng <2100011801@stu.pku.edu.cn> Co-authored-by: hh. <103566763+Mile-Away@users.noreply.github.com> Co-authored-by: quehh <scienceol@outlook.com> Co-authored-by: Harvey Que <quehaohui@dp.tech> Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> Co-authored-by: ZiWei <131428629+ZiWei09@users.noreply.github.com>
598 lines
24 KiB
Python
598 lines
24 KiB
Python
import networkx as nx
|
||
import re
|
||
import logging
|
||
from typing import List, Dict, Any, Tuple, Union
|
||
from .pump_protocol import generate_pump_protocol_with_rinsing
|
||
|
||
logger = logging.getLogger(__name__)
|
||
|
||
def debug_print(message):
|
||
"""调试输出"""
|
||
print(f"💎 [RECRYSTALLIZE] {message}", flush=True)
|
||
logger.info(f"[RECRYSTALLIZE] {message}")
|
||
|
||
|
||
def parse_volume_with_units(volume_input: Union[str, float, int], default_unit: str = "mL") -> float:
|
||
"""
|
||
解析带单位的体积输入
|
||
|
||
Args:
|
||
volume_input: 体积输入(如 "100 mL", "2.5 L", "500", "?", 100.0)
|
||
default_unit: 默认单位(默认为毫升)
|
||
|
||
Returns:
|
||
float: 体积(毫升)
|
||
"""
|
||
if not volume_input:
|
||
debug_print("⚠️ 体积输入为空,返回 0.0mL 📦")
|
||
return 0.0
|
||
|
||
# 处理数值输入
|
||
if isinstance(volume_input, (int, float)):
|
||
result = float(volume_input)
|
||
debug_print(f"🔢 数值体积输入: {volume_input} → {result}mL(默认单位)💧")
|
||
return result
|
||
|
||
# 处理字符串输入
|
||
volume_str = str(volume_input).lower().strip()
|
||
debug_print(f"🔍 解析体积字符串: '{volume_str}' 📝")
|
||
|
||
# 处理特殊值
|
||
if volume_str in ['?', 'unknown', 'tbd', 'to be determined']:
|
||
default_volume = 50.0 # 50mL默认值
|
||
debug_print(f"❓ 检测到未知体积,使用默认值: {default_volume}mL 🎯")
|
||
return default_volume
|
||
|
||
# 如果是纯数字,使用默认单位
|
||
try:
|
||
value = float(volume_str)
|
||
if default_unit.lower() in ["ml", "milliliter"]:
|
||
result = value
|
||
elif default_unit.lower() in ["l", "liter"]:
|
||
result = value * 1000.0
|
||
elif default_unit.lower() in ["μl", "ul", "microliter"]:
|
||
result = value / 1000.0
|
||
else:
|
||
result = value # 默认mL
|
||
debug_print(f"🔢 纯数字输入: {volume_str} → {result}mL(单位: {default_unit})📏")
|
||
return result
|
||
except ValueError:
|
||
pass
|
||
|
||
# 移除空格并提取数字和单位
|
||
volume_clean = re.sub(r'\s+', '', volume_str)
|
||
|
||
# 匹配数字和单位的正则表达式
|
||
match = re.match(r'([0-9]*\.?[0-9]+)\s*(ml|l|μl|ul|microliter|milliliter|liter)?', volume_clean)
|
||
|
||
if not match:
|
||
debug_print(f"⚠️ 无法解析体积: '{volume_str}',使用默认值: 50mL 🎯")
|
||
return 50.0
|
||
|
||
value = float(match.group(1))
|
||
unit = match.group(2) or default_unit.lower()
|
||
|
||
# 转换为毫升
|
||
if unit in ['l', 'liter']:
|
||
volume = value * 1000.0 # L -> mL
|
||
debug_print(f"📏 升转毫升: {value}L → {volume}mL 💧")
|
||
elif unit in ['μl', 'ul', 'microliter']:
|
||
volume = value / 1000.0 # μL -> mL
|
||
debug_print(f"📏 微升转毫升: {value}μL → {volume}mL 💧")
|
||
else: # ml, milliliter 或默认
|
||
volume = value # 已经是mL
|
||
debug_print(f"📏 毫升单位: {value}mL → {volume}mL 💧")
|
||
|
||
debug_print(f"✅ 体积解析完成: '{volume_str}' → {volume}mL ✨")
|
||
return volume
|
||
|
||
|
||
def parse_ratio(ratio_str: str) -> Tuple[float, float]:
|
||
"""
|
||
解析比例字符串,支持多种格式
|
||
|
||
Args:
|
||
ratio_str: 比例字符串(如 "1:1", "3:7", "50:50")
|
||
|
||
Returns:
|
||
Tuple[float, float]: 比例元组 (ratio1, ratio2)
|
||
"""
|
||
debug_print(f"⚖️ 开始解析比例: '{ratio_str}' 📊")
|
||
|
||
try:
|
||
# 处理 "1:1", "3:7", "50:50" 等格式
|
||
if ":" in ratio_str:
|
||
parts = ratio_str.split(":")
|
||
if len(parts) == 2:
|
||
ratio1 = float(parts[0])
|
||
ratio2 = float(parts[1])
|
||
debug_print(f"✅ 冒号格式解析成功: {ratio1}:{ratio2} 🎯")
|
||
return ratio1, ratio2
|
||
|
||
# 处理 "1-1", "3-7" 等格式
|
||
if "-" in ratio_str:
|
||
parts = ratio_str.split("-")
|
||
if len(parts) == 2:
|
||
ratio1 = float(parts[0])
|
||
ratio2 = float(parts[1])
|
||
debug_print(f"✅ 横线格式解析成功: {ratio1}:{ratio2} 🎯")
|
||
return ratio1, ratio2
|
||
|
||
# 处理 "1,1", "3,7" 等格式
|
||
if "," in ratio_str:
|
||
parts = ratio_str.split(",")
|
||
if len(parts) == 2:
|
||
ratio1 = float(parts[0])
|
||
ratio2 = float(parts[1])
|
||
debug_print(f"✅ 逗号格式解析成功: {ratio1}:{ratio2} 🎯")
|
||
return ratio1, ratio2
|
||
|
||
# 默认 1:1
|
||
debug_print(f"⚠️ 无法解析比例 '{ratio_str}',使用默认比例 1:1 🎭")
|
||
return 1.0, 1.0
|
||
|
||
except ValueError:
|
||
debug_print(f"❌ 比例解析错误 '{ratio_str}',使用默认比例 1:1 🎭")
|
||
return 1.0, 1.0
|
||
|
||
|
||
def find_solvent_vessel(G: nx.DiGraph, solvent: str) -> str:
|
||
"""
|
||
查找溶剂容器
|
||
|
||
Args:
|
||
G: 网络图
|
||
solvent: 溶剂名称
|
||
|
||
Returns:
|
||
str: 溶剂容器ID
|
||
"""
|
||
debug_print(f"🔍 正在查找溶剂 '{solvent}' 的容器... 🧪")
|
||
|
||
# 构建可能的容器名称
|
||
possible_names = [
|
||
f"flask_{solvent}",
|
||
f"bottle_{solvent}",
|
||
f"reagent_{solvent}",
|
||
f"reagent_bottle_{solvent}",
|
||
f"{solvent}_flask",
|
||
f"{solvent}_bottle",
|
||
f"{solvent}",
|
||
f"vessel_{solvent}",
|
||
]
|
||
|
||
debug_print(f"📋 候选容器名称: {possible_names[:3]}... (共{len(possible_names)}个) 📝")
|
||
|
||
# 第一步:通过容器名称匹配
|
||
debug_print(" 🎯 步骤1: 精确名称匹配...")
|
||
for vessel_name in possible_names:
|
||
if vessel_name in G.nodes():
|
||
debug_print(f" 🎉 通过名称匹配找到容器: {vessel_name} ✨")
|
||
return vessel_name
|
||
|
||
# 第二步:通过模糊匹配(节点ID和名称)
|
||
debug_print(" 🔍 步骤2: 模糊名称匹配...")
|
||
for node_id in G.nodes():
|
||
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
|
||
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
|
||
|
||
if solvent.lower() in node_id.lower() or solvent.lower() in node_name:
|
||
debug_print(f" 🎉 通过模糊匹配找到容器: {node_id} (名称: {node_name}) ✨")
|
||
return node_id
|
||
|
||
# 第三步:通过配置中的试剂信息匹配
|
||
debug_print(" 🧪 步骤3: 配置试剂信息匹配...")
|
||
for node_id in G.nodes():
|
||
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
|
||
# 检查 config 中的 reagent 字段
|
||
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
|
||
config_reagent = node_config.get('reagent', '').lower()
|
||
|
||
if config_reagent and solvent.lower() == config_reagent:
|
||
debug_print(f" 🎉 通过config.reagent匹配找到容器: {node_id} (试剂: {config_reagent}) ✨")
|
||
return node_id
|
||
|
||
# 第四步:通过数据中的试剂信息匹配
|
||
debug_print(" 🧪 步骤4: 数据试剂信息匹配...")
|
||
for node_id in G.nodes():
|
||
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
|
||
vessel_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
|
||
|
||
# 检查 data 中的 reagent_name 字段
|
||
reagent_name = vessel_data.get('reagent_name', '').lower()
|
||
if reagent_name and solvent.lower() == reagent_name:
|
||
debug_print(f" 🎉 通过data.reagent_name匹配找到容器: {node_id} (试剂: {reagent_name}) ✨")
|
||
return node_id
|
||
|
||
# 检查 data 中的液体信息
|
||
liquids = vessel_data.get('liquid', [])
|
||
for liquid in liquids:
|
||
if isinstance(liquid, dict):
|
||
liquid_type = (liquid.get('liquid_type') or liquid.get('name', '')).lower()
|
||
|
||
if solvent.lower() in liquid_type:
|
||
debug_print(f" 🎉 通过液体类型匹配找到容器: {node_id} (液体类型: {liquid_type}) ✨")
|
||
return node_id
|
||
|
||
# 第五步:部分匹配(如果前面都没找到)
|
||
debug_print(" 🔍 步骤5: 部分匹配...")
|
||
for node_id in G.nodes():
|
||
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
|
||
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
|
||
node_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
|
||
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '').lower()
|
||
|
||
config_reagent = node_config.get('reagent', '').lower()
|
||
data_reagent = node_data.get('reagent_name', '').lower()
|
||
|
||
# 检查是否包含溶剂名称
|
||
if (solvent.lower() in config_reagent or
|
||
solvent.lower() in data_reagent or
|
||
solvent.lower() in node_name or
|
||
solvent.lower() in node_id.lower()):
|
||
debug_print(f" 🎉 通过部分匹配找到容器: {node_id} ✨")
|
||
debug_print(f" - 节点名称: {node_name}")
|
||
debug_print(f" - 配置试剂: {config_reagent}")
|
||
debug_print(f" - 数据试剂: {data_reagent}")
|
||
return node_id
|
||
|
||
# 调试信息:列出所有容器
|
||
debug_print(" 🔎 调试信息:列出所有容器...")
|
||
container_list = []
|
||
for node_id in G.nodes():
|
||
if G.nodes[node_id].get('type') == 'container':
|
||
node_config = G.nodes[node_id].get('config', {})
|
||
node_data = G.nodes[node_id].get('data', {})
|
||
node_name = G.nodes[node_id].get('name', '')
|
||
|
||
container_info = {
|
||
'id': node_id,
|
||
'name': node_name,
|
||
'config_reagent': node_config.get('reagent', ''),
|
||
'data_reagent': node_data.get('reagent_name', '')
|
||
}
|
||
container_list.append(container_info)
|
||
debug_print(f" - 容器: {node_id}, 名称: {node_name}, config试剂: {node_config.get('reagent', '')}, data试剂: {node_data.get('reagent_name', '')}")
|
||
|
||
debug_print(f"❌ 找不到溶剂 '{solvent}' 对应的容器 😭")
|
||
debug_print(f"🔍 查找的溶剂: '{solvent}' (小写: '{solvent.lower()}')")
|
||
debug_print(f"📊 总共发现 {len(container_list)} 个容器")
|
||
|
||
raise ValueError(f"找不到溶剂 '{solvent}' 对应的容器")
|
||
|
||
|
||
def generate_recrystallize_protocol(
|
||
G: nx.DiGraph,
|
||
vessel: dict, # 🔧 修改:从字符串改为字典类型
|
||
ratio: str,
|
||
solvent1: str,
|
||
solvent2: str,
|
||
volume: Union[str, float], # 支持字符串和数值
|
||
**kwargs
|
||
) -> List[Dict[str, Any]]:
|
||
"""
|
||
生成重结晶协议序列 - 支持vessel字典和体积运算
|
||
|
||
Args:
|
||
G: 有向图,节点为容器和设备
|
||
vessel: 目标容器字典(从XDL传入)
|
||
ratio: 溶剂比例(如 "1:1", "3:7")
|
||
solvent1: 第一种溶剂名称
|
||
solvent2: 第二种溶剂名称
|
||
volume: 总体积(支持 "100 mL", "50", "2.5 L" 等)
|
||
**kwargs: 其他可选参数
|
||
|
||
Returns:
|
||
List[Dict[str, Any]]: 动作序列
|
||
"""
|
||
|
||
# 🔧 核心修改:从字典中提取容器ID
|
||
# 统一处理vessel参数
|
||
if isinstance(vessel, dict):
|
||
if "id" not in vessel:
|
||
vessel_id = list(vessel.values())[0].get("id", "")
|
||
else:
|
||
vessel_id = vessel.get("id", "")
|
||
vessel_data = vessel.get("data", {})
|
||
else:
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||
vessel_id = str(vessel)
|
||
vessel_data = G.nodes[vessel_id].get("data", {}) if vessel_id in G.nodes() else {}
|
||
|
||
action_sequence = []
|
||
|
||
debug_print("💎" * 20)
|
||
debug_print("🚀 开始生成重结晶协议(支持vessel字典和体积运算)✨")
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||
debug_print(f"📝 输入参数:")
|
||
debug_print(f" 🥽 vessel: {vessel} (ID: {vessel_id})")
|
||
debug_print(f" ⚖️ 比例: {ratio}")
|
||
debug_print(f" 🧪 溶剂1: {solvent1}")
|
||
debug_print(f" 🧪 溶剂2: {solvent2}")
|
||
debug_print(f" 💧 总体积: {volume} (类型: {type(volume)})")
|
||
debug_print("💎" * 20)
|
||
|
||
# 🔧 新增:记录重结晶前的容器状态
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||
debug_print("🔍 记录重结晶前容器状态...")
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||
original_liquid_volume = 0.0
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||
if "data" in vessel and "liquid_volume" in vessel["data"]:
|
||
current_volume = vessel["data"]["liquid_volume"]
|
||
if isinstance(current_volume, list) and len(current_volume) > 0:
|
||
original_liquid_volume = current_volume[0]
|
||
elif isinstance(current_volume, (int, float)):
|
||
original_liquid_volume = current_volume
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||
debug_print(f"📊 重结晶前液体体积: {original_liquid_volume:.2f}mL")
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# 1. 验证目标容器存在
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debug_print("📍 步骤1: 验证目标容器... 🔧")
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if vessel_id not in G.nodes(): # 🔧 使用 vessel_id
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debug_print(f"❌ 目标容器 '{vessel_id}' 不存在于系统中! 😱")
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raise ValueError(f"目标容器 '{vessel_id}' 不存在于系统中")
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||
debug_print(f"✅ 目标容器 '{vessel_id}' 验证通过 🎯")
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# 2. 解析体积(支持单位)
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debug_print("📍 步骤2: 解析体积(支持单位)... 💧")
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final_volume = parse_volume_with_units(volume, "mL")
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debug_print(f"🎯 体积解析完成: {volume} → {final_volume}mL ✨")
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# 3. 解析比例
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debug_print("📍 步骤3: 解析比例... ⚖️")
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ratio1, ratio2 = parse_ratio(ratio)
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total_ratio = ratio1 + ratio2
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||
debug_print(f"🎯 比例解析完成: {ratio1}:{ratio2} (总比例: {total_ratio}) ✨")
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# 4. 计算各溶剂体积
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debug_print("📍 步骤4: 计算各溶剂体积... 🧮")
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volume1 = final_volume * (ratio1 / total_ratio)
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volume2 = final_volume * (ratio2 / total_ratio)
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debug_print(f"🧪 {solvent1} 体积: {volume1:.2f} mL ({ratio1}/{total_ratio} × {final_volume})")
|
||
debug_print(f"🧪 {solvent2} 体积: {volume2:.2f} mL ({ratio2}/{total_ratio} × {final_volume})")
|
||
debug_print(f"✅ 体积计算完成: 总计 {volume1 + volume2:.2f} mL 🎯")
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# 5. 查找溶剂容器
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debug_print("📍 步骤5: 查找溶剂容器... 🔍")
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try:
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debug_print(f" 🔍 查找溶剂1容器...")
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||
solvent1_vessel = find_solvent_vessel(G, solvent1)
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||
debug_print(f" 🎉 找到溶剂1容器: {solvent1_vessel} ✨")
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||
except ValueError as e:
|
||
debug_print(f" ❌ 溶剂1容器查找失败: {str(e)} 😭")
|
||
raise ValueError(f"无法找到溶剂1 '{solvent1}': {str(e)}")
|
||
|
||
try:
|
||
debug_print(f" 🔍 查找溶剂2容器...")
|
||
solvent2_vessel = find_solvent_vessel(G, solvent2)
|
||
debug_print(f" 🎉 找到溶剂2容器: {solvent2_vessel} ✨")
|
||
except ValueError as e:
|
||
debug_print(f" ❌ 溶剂2容器查找失败: {str(e)} 😭")
|
||
raise ValueError(f"无法找到溶剂2 '{solvent2}': {str(e)}")
|
||
|
||
# 6. 验证路径存在
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debug_print("📍 步骤6: 验证传输路径... 🛤️")
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try:
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||
path1 = nx.shortest_path(G, source=solvent1_vessel, target=vessel_id) # 🔧 使用 vessel_id
|
||
debug_print(f" 🛤️ 溶剂1路径: {' → '.join(path1)} ✅")
|
||
except nx.NetworkXNoPath:
|
||
debug_print(f" ❌ 溶剂1路径不可达: {solvent1_vessel} → {vessel_id} 😞")
|
||
raise ValueError(f"从溶剂1容器 '{solvent1_vessel}' 到目标容器 '{vessel_id}' 没有可用路径")
|
||
|
||
try:
|
||
path2 = nx.shortest_path(G, source=solvent2_vessel, target=vessel_id) # 🔧 使用 vessel_id
|
||
debug_print(f" 🛤️ 溶剂2路径: {' → '.join(path2)} ✅")
|
||
except nx.NetworkXNoPath:
|
||
debug_print(f" ❌ 溶剂2路径不可达: {solvent2_vessel} → {vessel_id} 😞")
|
||
raise ValueError(f"从溶剂2容器 '{solvent2_vessel}' 到目标容器 '{vessel_id}' 没有可用路径")
|
||
|
||
# 7. 添加第一种溶剂
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||
debug_print("📍 步骤7: 添加第一种溶剂... 🧪")
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||
debug_print(f" 🚰 开始添加溶剂1: {solvent1} ({volume1:.2f} mL)")
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||
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||
try:
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||
pump_actions1 = generate_pump_protocol_with_rinsing(
|
||
G=G,
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||
from_vessel=solvent1_vessel,
|
||
to_vessel=vessel_id, # 🔧 使用 vessel_id
|
||
volume=volume1, # 使用解析后的体积
|
||
amount="",
|
||
time=0.0,
|
||
viscous=False,
|
||
rinsing_solvent="", # 重结晶不需要清洗
|
||
rinsing_volume=0.0,
|
||
rinsing_repeats=0,
|
||
solid=False,
|
||
flowrate=2.0, # 正常流速
|
||
transfer_flowrate=0.5
|
||
)
|
||
|
||
action_sequence.extend(pump_actions1)
|
||
debug_print(f" ✅ 溶剂1泵送动作已添加: {len(pump_actions1)} 个动作 🚰✨")
|
||
|
||
except Exception as e:
|
||
debug_print(f" ❌ 溶剂1泵协议生成失败: {str(e)} 😭")
|
||
raise ValueError(f"生成溶剂1泵协议时出错: {str(e)}")
|
||
|
||
# 🔧 新增:更新容器体积 - 添加溶剂1后
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||
debug_print(" 🔧 更新容器体积 - 添加溶剂1后...")
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||
new_volume_after_solvent1 = original_liquid_volume + volume1
|
||
|
||
# 更新vessel字典中的体积
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||
if "data" in vessel and "liquid_volume" in vessel["data"]:
|
||
current_volume = vessel["data"]["liquid_volume"]
|
||
if isinstance(current_volume, list):
|
||
if len(current_volume) > 0:
|
||
vessel["data"]["liquid_volume"][0] = new_volume_after_solvent1
|
||
else:
|
||
vessel["data"]["liquid_volume"] = [new_volume_after_solvent1]
|
||
else:
|
||
vessel["data"]["liquid_volume"] = new_volume_after_solvent1
|
||
|
||
# 同时更新图中的容器数据
|
||
if vessel_id in G.nodes():
|
||
if 'data' not in G.nodes[vessel_id]:
|
||
G.nodes[vessel_id]['data'] = {}
|
||
|
||
vessel_node_data = G.nodes[vessel_id]['data']
|
||
current_node_volume = vessel_node_data.get('liquid_volume', 0.0)
|
||
|
||
if isinstance(current_node_volume, list):
|
||
if len(current_node_volume) > 0:
|
||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'][0] = new_volume_after_solvent1
|
||
else:
|
||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = [new_volume_after_solvent1]
|
||
else:
|
||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = new_volume_after_solvent1
|
||
|
||
debug_print(f" 📊 体积更新: {original_liquid_volume:.2f}mL + {volume1:.2f}mL = {new_volume_after_solvent1:.2f}mL")
|
||
|
||
# 8. 等待溶剂1稳定
|
||
debug_print(" ⏳ 添加溶剂1稳定等待...")
|
||
action_sequence.append({
|
||
"action_name": "wait",
|
||
"action_kwargs": {
|
||
"time": 5.0, # 缩短等待时间
|
||
"description": f"等待溶剂1 {solvent1} 稳定"
|
||
}
|
||
})
|
||
debug_print(" ✅ 溶剂1稳定等待已添加 ⏰✨")
|
||
|
||
# 9. 添加第二种溶剂
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||
debug_print("📍 步骤8: 添加第二种溶剂... 🧪")
|
||
debug_print(f" 🚰 开始添加溶剂2: {solvent2} ({volume2:.2f} mL)")
|
||
|
||
try:
|
||
pump_actions2 = generate_pump_protocol_with_rinsing(
|
||
G=G,
|
||
from_vessel=solvent2_vessel,
|
||
to_vessel=vessel_id, # 🔧 使用 vessel_id
|
||
volume=volume2, # 使用解析后的体积
|
||
amount="",
|
||
time=0.0,
|
||
viscous=False,
|
||
rinsing_solvent="", # 重结晶不需要清洗
|
||
rinsing_volume=0.0,
|
||
rinsing_repeats=0,
|
||
solid=False,
|
||
flowrate=2.0, # 正常流速
|
||
transfer_flowrate=0.5
|
||
)
|
||
|
||
action_sequence.extend(pump_actions2)
|
||
debug_print(f" ✅ 溶剂2泵送动作已添加: {len(pump_actions2)} 个动作 🚰✨")
|
||
|
||
except Exception as e:
|
||
debug_print(f" ❌ 溶剂2泵协议生成失败: {str(e)} 😭")
|
||
raise ValueError(f"生成溶剂2泵协议时出错: {str(e)}")
|
||
|
||
# 🔧 新增:更新容器体积 - 添加溶剂2后
|
||
debug_print(" 🔧 更新容器体积 - 添加溶剂2后...")
|
||
final_liquid_volume = new_volume_after_solvent1 + volume2
|
||
|
||
# 更新vessel字典中的体积
|
||
if "data" in vessel and "liquid_volume" in vessel["data"]:
|
||
current_volume = vessel["data"]["liquid_volume"]
|
||
if isinstance(current_volume, list):
|
||
if len(current_volume) > 0:
|
||
vessel["data"]["liquid_volume"][0] = final_liquid_volume
|
||
else:
|
||
vessel["data"]["liquid_volume"] = [final_liquid_volume]
|
||
else:
|
||
vessel["data"]["liquid_volume"] = final_liquid_volume
|
||
|
||
# 同时更新图中的容器数据
|
||
if vessel_id in G.nodes():
|
||
if 'data' not in G.nodes[vessel_id]:
|
||
G.nodes[vessel_id]['data'] = {}
|
||
|
||
vessel_node_data = G.nodes[vessel_id]['data']
|
||
current_node_volume = vessel_node_data.get('liquid_volume', 0.0)
|
||
|
||
if isinstance(current_node_volume, list):
|
||
if len(current_node_volume) > 0:
|
||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'][0] = final_liquid_volume
|
||
else:
|
||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = [final_liquid_volume]
|
||
else:
|
||
G.nodes[vessel_id]['data']['liquid_volume'] = final_liquid_volume
|
||
|
||
debug_print(f" 📊 最终体积: {new_volume_after_solvent1:.2f}mL + {volume2:.2f}mL = {final_liquid_volume:.2f}mL")
|
||
|
||
# 10. 等待溶剂2稳定
|
||
debug_print(" ⏳ 添加溶剂2稳定等待...")
|
||
action_sequence.append({
|
||
"action_name": "wait",
|
||
"action_kwargs": {
|
||
"time": 5.0, # 缩短等待时间
|
||
"description": f"等待溶剂2 {solvent2} 稳定"
|
||
}
|
||
})
|
||
debug_print(" ✅ 溶剂2稳定等待已添加 ⏰✨")
|
||
|
||
# 11. 等待重结晶完成
|
||
debug_print("📍 步骤9: 等待重结晶完成... 💎")
|
||
|
||
# 模拟运行时间优化
|
||
debug_print(" ⏱️ 检查模拟运行时间限制...")
|
||
original_crystallize_time = 600.0 # 原始重结晶时间
|
||
simulation_time_limit = 60.0 # 模拟运行时间限制:60秒
|
||
|
||
final_crystallize_time = min(original_crystallize_time, simulation_time_limit)
|
||
|
||
if original_crystallize_time > simulation_time_limit:
|
||
debug_print(f" 🎮 模拟运行优化: {original_crystallize_time}s → {final_crystallize_time}s ⚡")
|
||
debug_print(f" 📊 时间缩短: {original_crystallize_time/60:.1f}分钟 → {final_crystallize_time/60:.1f}分钟 🚀")
|
||
else:
|
||
debug_print(f" ✅ 时间在限制内: {final_crystallize_time}s 保持不变 🎯")
|
||
|
||
action_sequence.append({
|
||
"action_name": "wait",
|
||
"action_kwargs": {
|
||
"time": final_crystallize_time,
|
||
"description": f"等待重结晶完成({solvent1}:{solvent2} = {ratio},总体积 {final_volume}mL)" + (f" (模拟时间)" if original_crystallize_time != final_crystallize_time else "")
|
||
}
|
||
})
|
||
debug_print(f" ✅ 重结晶等待已添加: {final_crystallize_time}s 💎✨")
|
||
|
||
# 显示时间调整信息
|
||
if original_crystallize_time != final_crystallize_time:
|
||
debug_print(f" 🎭 模拟优化说明: 原计划 {original_crystallize_time/60:.1f}分钟,实际模拟 {final_crystallize_time/60:.1f}分钟 ⚡")
|
||
|
||
# 总结
|
||
debug_print("💎" * 20)
|
||
debug_print(f"🎉 重结晶协议生成完成! ✨")
|
||
debug_print(f"📊 总动作数: {len(action_sequence)} 个")
|
||
debug_print(f"🥽 目标容器: {vessel_id}")
|
||
debug_print(f"💧 总体积变化:")
|
||
debug_print(f" - 原始体积: {original_liquid_volume:.2f}mL")
|
||
debug_print(f" - 添加溶剂: {final_volume:.2f}mL")
|
||
debug_print(f" - 最终体积: {final_liquid_volume:.2f}mL")
|
||
debug_print(f"⚖️ 溶剂比例: {solvent1}:{solvent2} = {ratio1}:{ratio2}")
|
||
debug_print(f"🧪 溶剂1: {solvent1} ({volume1:.2f}mL)")
|
||
debug_print(f"🧪 溶剂2: {solvent2} ({volume2:.2f}mL)")
|
||
debug_print(f"⏱️ 预计总时间: {(final_crystallize_time + 10)/60:.1f} 分钟 ⌛")
|
||
debug_print("💎" * 20)
|
||
|
||
return action_sequence
|
||
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||
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||
# 测试函数
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||
def test_recrystallize_protocol():
|
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"""测试重结晶协议"""
|
||
debug_print("🧪 === RECRYSTALLIZE PROTOCOL 测试 === ✨")
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||
|
||
# 测试体积解析
|
||
debug_print("💧 测试体积解析...")
|
||
test_volumes = ["100 mL", "2.5 L", "500", "50.5", "?", "invalid"]
|
||
for vol in test_volumes:
|
||
parsed = parse_volume_with_units(vol)
|
||
debug_print(f" 📊 体积 '{vol}' -> {parsed}mL")
|
||
|
||
# 测试比例解析
|
||
debug_print("⚖️ 测试比例解析...")
|
||
test_ratios = ["1:1", "3:7", "50:50", "1-1", "2,8", "invalid"]
|
||
for ratio in test_ratios:
|
||
r1, r2 = parse_ratio(ratio)
|
||
debug_print(f" 📊 比例 '{ratio}' -> {r1}:{r2}")
|
||
|
||
debug_print("✅ 测试完成 🎉")
|
||
|
||
if __name__ == "__main__":
|
||
test_recrystallize_protocol() |