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Merge branch '37-biomek-i5i7' of https://github.com/dptech-corp/Uni-Lab-OS into 37-biomek-i5i7
This commit is contained in:
Guangxin Zhang
@@ -1,7 +1,8 @@
|
||||
import requests
|
||||
from typing import List, Sequence, Optional, Union, Literal
|
||||
from geometry_msgs.msg import Point
|
||||
#from unilabos_msgs.msg import Resource
|
||||
from pylabrobot.liquid_handling import LiquidHandler
|
||||
from unilabos_msgs.msg import Resource
|
||||
|
||||
from pylabrobot.resources import (
|
||||
TipRack,
|
||||
@@ -22,8 +23,8 @@ class LiquidHandlerBiomek(LiquidHandlerAbstract):
|
||||
该类用于处理Biomek液体处理器的特定操作。
|
||||
"""
|
||||
|
||||
def __init__(self, *args, **kwargs):
|
||||
super().__init__(*args, **kwargs)
|
||||
def __init__(self, backend=None, deck=None, *args, **kwargs):
|
||||
super().__init__(backend, deck, *args, **kwargs)
|
||||
self._status = "Idle" # 初始状态为 Idle
|
||||
self._success = False # 初始成功状态为 False
|
||||
self._status_queue = kwargs.get("status_queue", None) # 状态队列
|
||||
@@ -71,6 +72,10 @@ class LiquidHandlerBiomek(LiquidHandlerAbstract):
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@classmethod
|
||||
def deserialize(cls, data: dict, allow_marshal: bool = False) -> LiquidHandler:
|
||||
return LiquidHandler.deserialize(data, allow_marshal)
|
||||
|
||||
|
||||
def create_protocol(
|
||||
self,
|
||||
@@ -259,7 +264,7 @@ class LiquidHandlerBiomek(LiquidHandlerAbstract):
|
||||
}
|
||||
transfer_params["items"] = items
|
||||
|
||||
transfer_params["Solvent"] = solvent if solvent else "Water"
|
||||
transfer_params["Solvent"] = "Water"
|
||||
TipLocation = tip_racks[0].name
|
||||
transfer_params["TipLocation"] = TipLocation
|
||||
|
||||
@@ -343,268 +348,270 @@ class LiquidHandlerBiomek(LiquidHandlerAbstract):
|
||||
return
|
||||
|
||||
|
||||
steps_info = '''
|
||||
{
|
||||
"steps": [
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
|
||||
steps_info = '''
|
||||
{
|
||||
"step_number": 1,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "转移PCR产物或酶促反应液至0.05ml 96孔板中",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P1",
|
||||
"target": "P11",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 50
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 2,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "加入2倍体积Bind Beads BC至产物中",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P2",
|
||||
"target": "P11",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 100
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 3,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "移动P11至Orbital1用于振荡混匀",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P11",
|
||||
"target": "Orbital1"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 4,
|
||||
"operation": "oscillation",
|
||||
"description": "在Orbital1上振荡混匀Bind Beads BC与PCR产物（700-900rpm，300秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"rpm": 800,
|
||||
"time": 300
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 5,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "移动混匀后的板回P11",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "Orbital1",
|
||||
"target": "P11"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 6,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "将P11移动到磁力架（P12）吸附3分钟",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P11",
|
||||
"target": "P12"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 7,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "磁力架上室温静置3分钟完成吸附",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 180
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 8,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "去除上清液至废液槽",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "P22",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 150
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 9,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "加入300-500μl 75%乙醇清洗",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P3",
|
||||
"target": "P12",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 400
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 10,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "移动清洗板到Orbital1进行振荡",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "Orbital1"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 11,
|
||||
"operation": "oscillation",
|
||||
"description": "乙醇清洗液振荡混匀（700-900rpm, 45秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"rpm": 800,
|
||||
"time": 45
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 12,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "振荡后将板移回磁力架P12吸附",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "Orbital1",
|
||||
"target": "P12"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 13,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "吸附3分钟",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 180
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 14,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "去除乙醇上清液至废液槽",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "P22",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 400
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 15,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "第二次加入300-500μl 75%乙醇清洗",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P3",
|
||||
"target": "P12",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 400
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 16,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "再次移动清洗板到Orbital1振荡",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "Orbital1"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 17,
|
||||
"operation": "oscillation",
|
||||
"description": "再次乙醇清洗液振荡混匀（700-900rpm, 45秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"rpm": 800,
|
||||
"time": 45
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 18,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "振荡后板送回磁力架P12吸附",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "Orbital1",
|
||||
"target": "P12"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 19,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "再次吸附3分钟",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 180
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 20,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "去除乙醇上清液至废液槽",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "P22",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 400
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 21,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "空气干燥15分钟",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 900
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 22,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "加30-50μl Elution Buffer洗脱",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P4",
|
||||
"target": "P12",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 40
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 23,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "移动到Orbital1振荡混匀（60秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "Orbital1"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 24,
|
||||
"operation": "oscillation",
|
||||
"description": "Elution Buffer振荡混匀（700-900rpm, 60秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"rpm": 800,
|
||||
"time": 60
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 25,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "振荡后送回磁力架P12",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "Orbital1",
|
||||
"target": "P12"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 26,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "室温静置3分钟（洗脱反应）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 180
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 27,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "将上清液（DNA）转移到新板（P13）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "P13",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 40
|
||||
}
|
||||
"steps": [
|
||||
{
|
||||
"step_number": 1,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "转移PCR产物或酶促反应液至0.05ml 96孔板中",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P1",
|
||||
"target": "P11",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 50
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 2,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "加入2倍体积Bind Beads BC至产物中",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P2",
|
||||
"target": "P11",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 100
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 3,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "移动P11至Orbital1用于振荡混匀",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P11",
|
||||
"target": "Orbital1"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 4,
|
||||
"operation": "oscillation",
|
||||
"description": "在Orbital1上振荡混匀Bind Beads BC与PCR产物（700-900rpm，300秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"rpm": 800,
|
||||
"time": 300
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 5,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "移动混匀后的板回P11",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "Orbital1",
|
||||
"target": "P11"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 6,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "将P11移动到磁力架（P12）吸附3分钟",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P11",
|
||||
"target": "P12"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 7,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "磁力架上室温静置3分钟完成吸附",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 180
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 8,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "去除上清液至废液槽",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "P22",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 150
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 9,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "加入300-500μl 75%乙醇清洗",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P3",
|
||||
"target": "P12",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 400
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 10,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "移动清洗板到Orbital1进行振荡",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "Orbital1"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 11,
|
||||
"operation": "oscillation",
|
||||
"description": "乙醇清洗液振荡混匀（700-900rpm, 45秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"rpm": 800,
|
||||
"time": 45
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 12,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "振荡后将板移回磁力架P12吸附",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "Orbital1",
|
||||
"target": "P12"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 13,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "吸附3分钟",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 180
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 14,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "去除乙醇上清液至废液槽",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "P22",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 400
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 15,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "第二次加入300-500μl 75%乙醇清洗",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P3",
|
||||
"target": "P12",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 400
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 16,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "再次移动清洗板到Orbital1振荡",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "Orbital1"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 17,
|
||||
"operation": "oscillation",
|
||||
"description": "再次乙醇清洗液振荡混匀（700-900rpm, 45秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"rpm": 800,
|
||||
"time": 45
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 18,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "振荡后板送回磁力架P12吸附",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "Orbital1",
|
||||
"target": "P12"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 19,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "再次吸附3分钟",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 180
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 20,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "去除乙醇上清液至废液槽",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "P22",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 400
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 21,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "空气干燥15分钟",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 900
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 22,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "加30-50μl Elution Buffer洗脱",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P4",
|
||||
"target": "P12",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 40
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 23,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "移动到Orbital1振荡混匀（60秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "Orbital1"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 24,
|
||||
"operation": "oscillation",
|
||||
"description": "Elution Buffer振荡混匀（700-900rpm, 60秒）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"rpm": 800,
|
||||
"time": 60
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 25,
|
||||
"operation": "move_labware",
|
||||
"description": "振荡后送回磁力架P12",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "Orbital1",
|
||||
"target": "P12"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 26,
|
||||
"operation": "incubation",
|
||||
"description": "室温静置3分钟（洗脱反应）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"time": 180
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"step_number": 27,
|
||||
"operation": "transfer",
|
||||
"description": "将上清液（DNA）转移到新板（P13）",
|
||||
"parameters": {
|
||||
"source": "P12",
|
||||
"target": "P13",
|
||||
"tip_rack": "BC230",
|
||||
"volume": 40
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
'''
|
||||
'''
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -633,181 +640,193 @@ labware_with_liquid = '''
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL3",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL3",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL4",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL4",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL5",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL5",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 TL2",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL2",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P5",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P5",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL3",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL3",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL4",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL4",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on TL5",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "TL5",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P6",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P6",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P5",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P5",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P7",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P7",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P8",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P8",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P6",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P6",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P7",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P7",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 P16",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P16",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on 4",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P2",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"bind beads"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P2",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P2",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"bind beads"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P3",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P3",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"ethyl alcohol"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
|
||||
{
|
||||
"id": "oscillation",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "Orbital1",
|
||||
"class_name": "Orbital",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "working plate on P11",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P11",
|
||||
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 on P8",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P8",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "magnetics module on P12",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P12",
|
||||
"class_name": "magnetics module",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "working plate on P13",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P13",
|
||||
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"id": "Tip Rack BC230 P16",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P16",
|
||||
"class_name": "BC230",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "waste on P22",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P22",
|
||||
"class_name": "nest_1_reservoir_195ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
"id": "stock plate on 4",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P2",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"bind beads"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P2",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P2",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"bind beads"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "stock plate on P3",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P3",
|
||||
"class_name": "nest_12_reservoir_15ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
"ethyl alcohol"
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [10000],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
"A1"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
|
||||
{
|
||||
"id": "oscillation",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "Orbital1",
|
||||
"class_name": "Orbital",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "working plate on P11",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P11",
|
||||
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "magnetics module on P12",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P12",
|
||||
"class_name": "magnetics module",
|
||||
"liquid_type": [],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "working plate on P13",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P13",
|
||||
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "waste on P22",
|
||||
"parent": "deck",
|
||||
"slot_on_deck": "P22",
|
||||
"class_name": "nest_1_reservoir_195ml",
|
||||
"liquid_type": [
|
||||
],
|
||||
"liquid_volume": [],
|
||||
"liquid_input_wells": [
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
|
||||
'''
|
||||
|
||||
|
||||
'''
|
||||
|
||||
handler = LiquidHandlerBiomek()
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -340,6 +340,17 @@ liquid_handler.biomek:
|
||||
none_keys: none_keys
|
||||
feedback: {}
|
||||
result: {}
|
||||
transfer_biomek:
|
||||
type: LiquidHandlerTransferBiomek
|
||||
goal:
|
||||
source: source
|
||||
target: target
|
||||
tip_rack: tip_rack
|
||||
volume: volume
|
||||
aspirate_techniques: aspirate_techniques
|
||||
dispense_techniques: dispense_techniques
|
||||
feedback: {}
|
||||
result: {}
|
||||
schema:
|
||||
type: object
|
||||
properties: {}
|
||||
|
||||
@@ -805,7 +805,9 @@ class ROS2DeviceNode:
|
||||
self.resource_tracker = DeviceNodeResourceTracker()
|
||||
|
||||
# use_pylabrobot_creator 使用 cls的包路径检测
|
||||
use_pylabrobot_creator = driver_class.__module__.startswith("pylabrobot") or driver_class.__name__ == "LiquidHandlerAbstract"
|
||||
use_pylabrobot_creator = (driver_class.__module__.startswith("pylabrobot")
|
||||
or driver_class.__name__ == "LiquidHandlerAbstract"
|
||||
or driver_class.__name__ == "LiquidHandlerBiomek")
|
||||
|
||||
# TODO: 要在创建之前预先请求服务器是否有当前id的物料，放到resource_tracker中，让pylabrobot进行创建
|
||||
# 创建设备类实例
|
||||
|
||||
@@ -1,6 +1,7 @@
|
||||
Resource source
|
||||
Resource target
|
||||
Resource tip_rack
|
||||
string source
|
||||
string target
|
||||
string tip_rack
|
||||
float64 volume
|
||||
string aspirate_technique
|
||||
string dispense_technique
|
||||
|
||||
|
||||
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