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Merge branch '37-biomek-i5i7' of https://github.com/dptech-corp/Uni-Lab-OS into 37-biomek-i5i7
This commit is contained in:
Guangxin Zhang
@@ -1,7 +1,8 @@
|
|||||||
import requests
|
import requests
|
||||||
from typing import List, Sequence, Optional, Union, Literal
|
from typing import List, Sequence, Optional, Union, Literal
|
||||||
from geometry_msgs.msg import Point
|
from geometry_msgs.msg import Point
|
||||||
#from unilabos_msgs.msg import Resource
|
from pylabrobot.liquid_handling import LiquidHandler
|
||||||
|
from unilabos_msgs.msg import Resource
|
||||||
|
|
||||||
from pylabrobot.resources import (
|
from pylabrobot.resources import (
|
||||||
TipRack,
|
TipRack,
|
||||||
@@ -22,8 +23,8 @@ class LiquidHandlerBiomek(LiquidHandlerAbstract):
|
|||||||
该类用于处理Biomek液体处理器的特定操作。
|
该类用于处理Biomek液体处理器的特定操作。
|
||||||
"""
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
def __init__(self, *args, **kwargs):
|
def __init__(self, backend=None, deck=None, *args, **kwargs):
|
||||||
super().__init__(*args, **kwargs)
|
super().__init__(backend, deck, *args, **kwargs)
|
||||||
self._status = "Idle" # 初始状态为 Idle
|
self._status = "Idle" # 初始状态为 Idle
|
||||||
self._success = False # 初始成功状态为 False
|
self._success = False # 初始成功状态为 False
|
||||||
self._status_queue = kwargs.get("status_queue", None) # 状态队列
|
self._status_queue = kwargs.get("status_queue", None) # 状态队列
|
||||||
@@ -71,6 +72,10 @@ class LiquidHandlerBiomek(LiquidHandlerAbstract):
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@classmethod
|
||||||
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def deserialize(cls, data: dict, allow_marshal: bool = False) -> LiquidHandler:
|
||||||
|
return LiquidHandler.deserialize(data, allow_marshal)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def create_protocol(
|
def create_protocol(
|
||||||
self,
|
self,
|
||||||
@@ -259,7 +264,7 @@ class LiquidHandlerBiomek(LiquidHandlerAbstract):
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
transfer_params["items"] = items
|
transfer_params["items"] = items
|
||||||
|
|
||||||
transfer_params["Solvent"] = solvent if solvent else "Water"
|
transfer_params["Solvent"] = "Water"
|
||||||
TipLocation = tip_racks[0].name
|
TipLocation = tip_racks[0].name
|
||||||
transfer_params["TipLocation"] = TipLocation
|
transfer_params["TipLocation"] = TipLocation
|
||||||
|
|
||||||
@@ -343,268 +348,270 @@ class LiquidHandlerBiomek(LiquidHandlerAbstract):
|
|||||||
return
|
return
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
steps_info = '''
|
if __name__ == "__main__":
|
||||||
{
|
|
||||||
"steps": [
|
steps_info = '''
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"step_number": 1,
|
"steps": [
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "转移PCR产物或酶促反应液至0.05ml 96孔板中",
|
"step_number": 1,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P1",
|
"description": "转移PCR产物或酶促反应液至0.05ml 96孔板中",
|
||||||
"target": "P11",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P1",
|
||||||
"volume": 50
|
"target": "P11",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
},
|
"volume": 50
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 2,
|
},
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "加入2倍体积Bind Beads BC至产物中",
|
"step_number": 2,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P2",
|
"description": "加入2倍体积Bind Beads BC至产物中",
|
||||||
"target": "P11",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P2",
|
||||||
"volume": 100
|
"target": "P11",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
},
|
"volume": 100
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 3,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "移动P11至Orbital1用于振荡混匀",
|
"step_number": 3,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "P11",
|
"description": "移动P11至Orbital1用于振荡混匀",
|
||||||
"target": "Orbital1"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "P11",
|
||||||
},
|
"target": "Orbital1"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 4,
|
},
|
||||||
"operation": "oscillation",
|
{
|
||||||
"description": "在Orbital1上振荡混匀Bind Beads BC与PCR产物（700-900rpm，300秒）",
|
"step_number": 4,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "oscillation",
|
||||||
"rpm": 800,
|
"description": "在Orbital1上振荡混匀Bind Beads BC与PCR产物（700-900rpm，300秒）",
|
||||||
"time": 300
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"rpm": 800,
|
||||||
},
|
"time": 300
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 5,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "移动混匀后的板回P11",
|
"step_number": 5,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "Orbital1",
|
"description": "移动混匀后的板回P11",
|
||||||
"target": "P11"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "Orbital1",
|
||||||
},
|
"target": "P11"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 6,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "将P11移动到磁力架（P12）吸附3分钟",
|
"step_number": 6,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "P11",
|
"description": "将P11移动到磁力架（P12）吸附3分钟",
|
||||||
"target": "P12"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "P11",
|
||||||
},
|
"target": "P12"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 7,
|
},
|
||||||
"operation": "incubation",
|
{
|
||||||
"description": "磁力架上室温静置3分钟完成吸附",
|
"step_number": 7,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "incubation",
|
||||||
"time": 180
|
"description": "磁力架上室温静置3分钟完成吸附",
|
||||||
}
|
"parameters": {
|
||||||
},
|
"time": 180
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 8,
|
},
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "去除上清液至废液槽",
|
"step_number": 8,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P12",
|
"description": "去除上清液至废液槽",
|
||||||
"target": "P22",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P12",
|
||||||
"volume": 150
|
"target": "P22",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
},
|
"volume": 150
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 9,
|
},
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "加入300-500μl 75%乙醇清洗",
|
"step_number": 9,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P3",
|
"description": "加入300-500μl 75%乙醇清洗",
|
||||||
"target": "P12",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P3",
|
||||||
"volume": 400
|
"target": "P12",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
},
|
"volume": 400
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 10,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "移动清洗板到Orbital1进行振荡",
|
"step_number": 10,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "P12",
|
"description": "移动清洗板到Orbital1进行振荡",
|
||||||
"target": "Orbital1"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "P12",
|
||||||
},
|
"target": "Orbital1"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 11,
|
},
|
||||||
"operation": "oscillation",
|
{
|
||||||
"description": "乙醇清洗液振荡混匀（700-900rpm, 45秒）",
|
"step_number": 11,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "oscillation",
|
||||||
"rpm": 800,
|
"description": "乙醇清洗液振荡混匀（700-900rpm, 45秒）",
|
||||||
"time": 45
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"rpm": 800,
|
||||||
},
|
"time": 45
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 12,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "振荡后将板移回磁力架P12吸附",
|
"step_number": 12,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "Orbital1",
|
"description": "振荡后将板移回磁力架P12吸附",
|
||||||
"target": "P12"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "Orbital1",
|
||||||
},
|
"target": "P12"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 13,
|
},
|
||||||
"operation": "incubation",
|
{
|
||||||
"description": "吸附3分钟",
|
"step_number": 13,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "incubation",
|
||||||
"time": 180
|
"description": "吸附3分钟",
|
||||||
}
|
"parameters": {
|
||||||
},
|
"time": 180
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 14,
|
},
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "去除乙醇上清液至废液槽",
|
"step_number": 14,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P12",
|
"description": "去除乙醇上清液至废液槽",
|
||||||
"target": "P22",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P12",
|
||||||
"volume": 400
|
"target": "P22",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
},
|
"volume": 400
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 15,
|
},
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "第二次加入300-500μl 75%乙醇清洗",
|
"step_number": 15,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P3",
|
"description": "第二次加入300-500μl 75%乙醇清洗",
|
||||||
"target": "P12",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P3",
|
||||||
"volume": 400
|
"target": "P12",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
},
|
"volume": 400
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 16,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "再次移动清洗板到Orbital1振荡",
|
"step_number": 16,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "P12",
|
"description": "再次移动清洗板到Orbital1振荡",
|
||||||
"target": "Orbital1"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "P12",
|
||||||
},
|
"target": "Orbital1"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 17,
|
},
|
||||||
"operation": "oscillation",
|
{
|
||||||
"description": "再次乙醇清洗液振荡混匀（700-900rpm, 45秒）",
|
"step_number": 17,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "oscillation",
|
||||||
"rpm": 800,
|
"description": "再次乙醇清洗液振荡混匀（700-900rpm, 45秒）",
|
||||||
"time": 45
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"rpm": 800,
|
||||||
},
|
"time": 45
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 18,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "振荡后板送回磁力架P12吸附",
|
"step_number": 18,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "Orbital1",
|
"description": "振荡后板送回磁力架P12吸附",
|
||||||
"target": "P12"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "Orbital1",
|
||||||
},
|
"target": "P12"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 19,
|
},
|
||||||
"operation": "incubation",
|
{
|
||||||
"description": "再次吸附3分钟",
|
"step_number": 19,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "incubation",
|
||||||
"time": 180
|
"description": "再次吸附3分钟",
|
||||||
}
|
"parameters": {
|
||||||
},
|
"time": 180
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 20,
|
},
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "去除乙醇上清液至废液槽",
|
"step_number": 20,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P12",
|
"description": "去除乙醇上清液至废液槽",
|
||||||
"target": "P22",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P12",
|
||||||
"volume": 400
|
"target": "P22",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
},
|
"volume": 400
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 21,
|
},
|
||||||
"operation": "incubation",
|
{
|
||||||
"description": "空气干燥15分钟",
|
"step_number": 21,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "incubation",
|
||||||
"time": 900
|
"description": "空气干燥15分钟",
|
||||||
}
|
"parameters": {
|
||||||
},
|
"time": 900
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 22,
|
},
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "加30-50μl Elution Buffer洗脱",
|
"step_number": 22,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P4",
|
"description": "加30-50μl Elution Buffer洗脱",
|
||||||
"target": "P12",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P4",
|
||||||
"volume": 40
|
"target": "P12",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
},
|
"volume": 40
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 23,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "移动到Orbital1振荡混匀（60秒）",
|
"step_number": 23,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "P12",
|
"description": "移动到Orbital1振荡混匀（60秒）",
|
||||||
"target": "Orbital1"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "P12",
|
||||||
},
|
"target": "Orbital1"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 24,
|
},
|
||||||
"operation": "oscillation",
|
{
|
||||||
"description": "Elution Buffer振荡混匀（700-900rpm, 60秒）",
|
"step_number": 24,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "oscillation",
|
||||||
"rpm": 800,
|
"description": "Elution Buffer振荡混匀（700-900rpm, 60秒）",
|
||||||
"time": 60
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"rpm": 800,
|
||||||
},
|
"time": 60
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 25,
|
},
|
||||||
"operation": "move_labware",
|
{
|
||||||
"description": "振荡后送回磁力架P12",
|
"step_number": 25,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "move_labware",
|
||||||
"source": "Orbital1",
|
"description": "振荡后送回磁力架P12",
|
||||||
"target": "P12"
|
"parameters": {
|
||||||
}
|
"source": "Orbital1",
|
||||||
},
|
"target": "P12"
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 26,
|
},
|
||||||
"operation": "incubation",
|
{
|
||||||
"description": "室温静置3分钟（洗脱反应）",
|
"step_number": 26,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "incubation",
|
||||||
"time": 180
|
"description": "室温静置3分钟（洗脱反应）",
|
||||||
}
|
"parameters": {
|
||||||
},
|
"time": 180
|
||||||
{
|
}
|
||||||
"step_number": 27,
|
},
|
||||||
"operation": "transfer",
|
{
|
||||||
"description": "将上清液（DNA）转移到新板（P13）",
|
"step_number": 27,
|
||||||
"parameters": {
|
"operation": "transfer",
|
||||||
"source": "P12",
|
"description": "将上清液（DNA）转移到新板（P13）",
|
||||||
"target": "P13",
|
"parameters": {
|
||||||
"tip_rack": "BC230",
|
"source": "P12",
|
||||||
"volume": 40
|
"target": "P13",
|
||||||
}
|
"tip_rack": "BC230",
|
||||||
|
"volume": 40
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
]
|
||||||
}
|
}
|
||||||
]
|
'''
|
||||||
}
|
|
||||||
'''
|
|
||||||
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@@ -633,181 +640,193 @@ labware_with_liquid = '''
|
|||||||
]
|
]
|
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|
},
|
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{
|
{
|
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"id": "Tip Rack BC230 on TL3",
|
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|
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|
"parent": "deck",
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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{
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|
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|
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|
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|
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|
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|
"parent": "deck",
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|
"liquid_type": [],
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|
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|
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|
|
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|
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{
|
{
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|
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|
"liquid_type": [],
|
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"liquid_volume": [],
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|
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|
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]
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
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"A1"
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|
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|
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|
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|
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|
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|
"ethyl alcohol"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
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|
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"liquid_input_wells": [
|
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|
"A1"
|
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|
]
|
||||||
|
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|
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|
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|
{
|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
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|
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{
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|
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|
]
|
||||||
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|
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|
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|
||||||
|
"parent": "deck",
|
||||||
|
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|
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"liquid_volume": [],
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|
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|
]
|
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|
},
|
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{
|
||||||
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|
||||||
|
"parent": "deck",
|
||||||
|
"slot_on_deck": "P13",
|
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|
"class_name": "NEST 2ml Deep Well Plate",
|
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|
],
|
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|
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{
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|
||||||
|
"parent": "deck",
|
||||||
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|
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|
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|
],
|
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"liquid_volume": [],
|
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]
|
||||||
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||||||
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]
|
||||||
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|
'''
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||||||
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'''
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handler = LiquidHandlerBiomek()
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handler = LiquidHandlerBiomek()
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||||||
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@@ -340,6 +340,17 @@ liquid_handler.biomek:
|
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none_keys: none_keys
|
none_keys: none_keys
|
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feedback: {}
|
feedback: {}
|
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result: {}
|
result: {}
|
||||||
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transfer_biomek:
|
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|
type: LiquidHandlerTransferBiomek
|
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goal:
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source: source
|
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target: target
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|
||||||
|
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|
||||||
|
feedback: {}
|
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|
result: {}
|
||||||
schema:
|
schema:
|
||||||
type: object
|
type: object
|
||||||
properties: {}
|
properties: {}
|
||||||
|
|||||||
@@ -805,7 +805,9 @@ class ROS2DeviceNode:
|
|||||||
self.resource_tracker = DeviceNodeResourceTracker()
|
self.resource_tracker = DeviceNodeResourceTracker()
|
||||||
|
|
||||||
# use_pylabrobot_creator 使用 cls的包路径检测
|
# use_pylabrobot_creator 使用 cls的包路径检测
|
||||||
use_pylabrobot_creator = driver_class.__module__.startswith("pylabrobot") or driver_class.__name__ == "LiquidHandlerAbstract"
|
use_pylabrobot_creator = (driver_class.__module__.startswith("pylabrobot")
|
||||||
|
or driver_class.__name__ == "LiquidHandlerAbstract"
|
||||||
|
or driver_class.__name__ == "LiquidHandlerBiomek")
|
||||||
|
|
||||||
# TODO: 要在创建之前预先请求服务器是否有当前id的物料，放到resource_tracker中，让pylabrobot进行创建
|
# TODO: 要在创建之前预先请求服务器是否有当前id的物料，放到resource_tracker中，让pylabrobot进行创建
|
||||||
# 创建设备类实例
|
# 创建设备类实例
|
||||||
|
|||||||
@@ -1,6 +1,7 @@
|
|||||||
Resource source
|
string source
|
||||||
Resource target
|
string target
|
||||||
Resource tip_rack
|
string tip_rack
|
||||||
|
float64 volume
|
||||||
string aspirate_technique
|
string aspirate_technique
|
||||||
string dispense_technique
|
string dispense_technique
|
||||||
|
|
||||||
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