* Cleanup registry to be easy-understanding (#76) * delete deprecated mock devices * rename categories * combine chromatographic devices * rename rviz simulation nodes * organic virtual devices * parse vessel_id * run registry completion before merge --------- Co-authored-by: Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com> * fix: workstation handlers and vessel_id parsing * fix: working dir error when input config path feat: report publish topic when error * modify default discovery_interval to 15s * feat: add trace log level * feat: 添加ChinWe设备控制类,支持串口通信和电机控制功能 (#79) * fix: drop_tips not using auto resource select * fix: discard_tips error * fix: discard_tips * fix: prcxi_res * add: prcxi res fix: startup slow * feat: workstation example * fix pumps and liquid_handler handle * feat: 优化protocol node节点运行日志 * fix all protocol_compilers and remove deprecated devices * feat: 新增use_remote_resource参数 * fix and remove redundant info * bugfixes on organic protocols * fix filter protocol * fix protocol node * 临时兼容错误的driver写法 * fix: prcxi import error * use call_async in all service to avoid deadlock * fix: figure_resource * Update recipe.yaml * add workstation template and battery example * feat: add sk & ak * update workstation base * Create workstation_architecture.md * refactor: workstation_base 重构为仅含业务逻辑,通信和子设备管理交给 ProtocolNode * refactor: ProtocolNode→WorkstationNode * Add:msgs.action (#83) * update: Workstation dev 将版本号从 0.10.3 更新为 0.10.4 (#84) * Add:msgs.action * update: 将版本号从 0.10.3 更新为 0.10.4 * simplify resource system * uncompleted refactor * example for use WorkstationBase * feat: websocket * feat: websocket test * feat: workstation example * feat: action status * fix: station自己的方法注册错误 * fix: 还原protocol node处理方法 * fix: build * fix: missing job_id key * ws test version 1 * ws test version 2 * ws protocol * 增加物料关系上传日志 * 增加物料关系上传日志 * 修正物料关系上传 * 修复工站的tracker实例追踪失效问题 * 增加handle检测,增加material edge关系上传 * 修复event loop错误 * 修复edge上报错误 * 修复async错误 * 更新schema的title字段 * 主机节点信息等支持自动刷新 * 注册表编辑器 * 修复status密集发送时,消息出错 * 增加addr参数 * fix: addr param * fix: addr param * 取消labid 和 强制config输入 * Add action definitions for LiquidHandlerSetGroup and LiquidHandlerTransferGroup - Created LiquidHandlerSetGroup.action with fields for group name, wells, and volumes. - Created LiquidHandlerTransferGroup.action with fields for source and target group names and unit volume. - Both actions include response fields for return information and success status. * Add LiquidHandlerSetGroup and LiquidHandlerTransferGroup actions to CMakeLists * Add set_group and transfer_group methods to PRCXI9300Handler and update liquid_handler.yaml * result_info改为字典类型 * 新增uat的地址替换 * runze multiple pump support (cherry picked from commit49354fcf39) * remove runze multiple software obtainer (cherry picked from commit8bcc92a394) * support multiple backbone (cherry picked from commit4771ff2347) * Update runze pump format * Correct runze multiple backbone * Update runze_multiple_backbone * Correct runze pump multiple receive method. * Correct runze pump multiple receive method. * 对于PRCXI9320的transfer_group,一对多和多对多 * 移除MQTT,更新launch文档,提供注册表示例文件,更新到0.10.5 * fix import error * fix dupe upload registry * refactor ws client * add server timeout * Fix: run-column with correct vessel id (#86) * fix run_column * Update run_column_protocol.py (cherry picked from commite5aa4d940a) * resource_update use resource_add * 新增版位推荐功能 * 重新规定了版位推荐的入参 * update registry with nested obj * fix protocol node log_message, added create_resource return value * fix protocol node log_message, added create_resource return value * try fix add protocol * fix resource_add * 修复移液站错误的aspirate注册表 * Feature/xprbalance-zhida (#80) * feat(devices): add Zhida GC/MS pretreatment automation workstation * feat(devices): add mettler_toledo xpr balance * balance * 重新补全zhida注册表 * PRCXI9320 json * PRCXI9320 json * PRCXI9320 json * fix resource download * remove class for resource * bump version to 0.10.6 * 更新所有注册表 * 修复protocolnode的兼容性 * 修复protocolnode的兼容性 * Update install md * Add Defaultlayout * 更新物料接口 * fix dict to tree/nested-dict converter * coin_cell_station draft * refactor: rename "station_resource" to "deck" * add standardized BIOYOND resources: bottle_carrier, bottle * refactor and add BIOYOND resources tests * add BIOYOND deck assignment and pass all tests * fix: update resource with correct structure; remove deprecated liquid_handler set_group action * feat: 将新威电池测试系统驱动与配置文件并入 workstation_dev_YB2 (#92) * feat: 新威电池测试系统驱动与注册文件 * feat: bring neware driver & battery.json into workstation_dev_YB2 * add bioyond studio draft * bioyond station with communication init and resource sync * fix bioyond station and registry * fix: update resource with correct structure; remove deprecated liquid_handler set_group action * frontend_docs * create/update resources with POST/PUT for big amount/ small amount data * create/update resources with POST/PUT for big amount/ small amount data * refactor: add itemized_carrier instead of carrier consists of ResourceHolder * create warehouse by factory func * update bioyond launch json * add child_size for itemized_carrier * fix bioyond resource io * Workstation templates: Resources and its CRUD, and workstation tasks (#95) * coin_cell_station draft * refactor: rename "station_resource" to "deck" * add standardized BIOYOND resources: bottle_carrier, bottle * refactor and add BIOYOND resources tests * add BIOYOND deck assignment and pass all tests * fix: update resource with correct structure; remove deprecated liquid_handler set_group action * feat: 将新威电池测试系统驱动与配置文件并入 workstation_dev_YB2 (#92) * feat: 新威电池测试系统驱动与注册文件 * feat: bring neware driver & battery.json into workstation_dev_YB2 * add bioyond studio draft * bioyond station with communication init and resource sync * fix bioyond station and registry * create/update resources with POST/PUT for big amount/ small amount data * refactor: add itemized_carrier instead of carrier consists of ResourceHolder * create warehouse by factory func * update bioyond launch json * add child_size for itemized_carrier * fix bioyond resource io --------- Co-authored-by: h840473807 <47357934+h840473807@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Xie Qiming <97236197+Andy6M@users.noreply.github.com> * 更新物料接口 * Workstation dev yb2 (#100) * Refactor and extend reaction station action messages * Refactor dispensing station tasks to enhance parameter clarity and add batch processing capabilities - Updated `create_90_10_vial_feeding_task` to include detailed parameters for 90%/10% vial feeding, improving clarity and usability. - Introduced `create_batch_90_10_vial_feeding_task` for batch processing of 90%/10% vial feeding tasks with JSON formatted input. - Added `create_batch_diamine_solution_task` for batch preparation of diamine solution, also utilizing JSON formatted input. - Refined `create_diamine_solution_task` to include additional parameters for better task configuration. - Enhanced schema descriptions and default values for improved user guidance. * 修复to_plr_resources * add update remove * 支持选择器注册表自动生成 支持转运物料 * 修复资源添加 * 修复transfer_resource_to_another生成 * 更新transfer_resource_to_another参数,支持spot入参 * 新增test_resource动作 * fix host_node error * fix host_node test_resource error * fix host_node test_resource error * 过滤本地动作 * 移动内部action以兼容host node * 修复同步任务报错不显示的bug * feat: 允许返回非本节点物料,后面可以通过decoration进行区分,就不进行warning了 * update todo * modify bioyond/plr converter, bioyond resource registry, and tests * pass the tests * update todo * add conda-pack-build.yml * add auto install script for conda-pack-build.yml (cherry picked from commit172599adcf) * update conda-pack-build.yml * update conda-pack-build.yml * update conda-pack-build.yml * update conda-pack-build.yml * update conda-pack-build.yml * Add version in __init__.py Update conda-pack-build.yml Add create_zip_archive.py * Update conda-pack-build.yml * Update conda-pack-build.yml (with mamba) * Update conda-pack-build.yml * Fix FileNotFoundError * Try fix 'charmap' codec can't encode characters in position 16-23: character maps to <undefined> * Fix unilabos msgs search error * Fix environment_check.py * Update recipe.yaml * Update registry. Update uuid loop figure method. Update install docs. * Fix nested conda pack * Fix one-key installation path error * Bump version to 0.10.7 * Workshop bj (#99) * Add LaiYu Liquid device integration and tests Introduce LaiYu Liquid device implementation, including backend, controllers, drivers, configuration, and resource files. Add hardware connection, tip pickup, and simplified test scripts, as well as experiment and registry configuration for LaiYu Liquid. Documentation and .gitignore for the device are also included. * feat(LaiYu_Liquid): 重构设备模块结构并添加硬件文档 refactor: 重新组织LaiYu_Liquid模块目录结构 docs: 添加SOPA移液器和步进电机控制指令文档 fix: 修正设备配置中的最大体积默认值 test: 新增工作台配置测试用例 chore: 删除过时的测试脚本和配置文件 * add * 重构: 将 LaiYu_Liquid.py 重命名为 laiyu_liquid_main.py 并更新所有导入引用 - 使用 git mv 将 LaiYu_Liquid.py 重命名为 laiyu_liquid_main.py - 更新所有相关文件中的导入引用 - 保持代码功能不变,仅改善命名一致性 - 测试确认所有导入正常工作 * 修复: 在 core/__init__.py 中添加 LaiYuLiquidBackend 导出 - 添加 LaiYuLiquidBackend 到导入列表 - 添加 LaiYuLiquidBackend 到 __all__ 导出列表 - 确保所有主要类都可以正确导入 * 修复大小写文件夹名字 * 电池装配工站二次开发教程(带目录)上传至dev (#94) * 电池装配工站二次开发教程 * Update intro.md * 物料教程 * 更新物料教程,json格式注释 * Update prcxi driver & fix transfer_liquid mix_times (#90) * Update prcxi driver & fix transfer_liquid mix_times * fix: correct mix_times type * Update liquid_handler registry * test: prcxi.py * Update registry from pr * fix ony-key script not exist * clean files --------- Co-authored-by: Junhan Chang <changjh@dp.tech> Co-authored-by: ZiWei <131428629+ZiWei09@users.noreply.github.com> Co-authored-by: Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com> Co-authored-by: Xie Qiming <97236197+Andy6M@users.noreply.github.com> Co-authored-by: h840473807 <47357934+h840473807@users.noreply.github.com> Co-authored-by: LccLink <1951855008@qq.com> Co-authored-by: lixinyu1011 <61094742+lixinyu1011@users.noreply.github.com> Co-authored-by: shiyubo0410 <shiyubo@dp.tech>
15 KiB
Uni-Lab 配置指南
Uni-Lab 支持通过 Python 配置文件进行灵活的系统配置。本指南将帮助您理解配置选项并设置您的 Uni-Lab 环境。
配置文件格式
Uni-Lab 支持 Python 格式的配置文件,它比 YAML 或 JSON 提供更多的灵活性,包括支持注释、条件逻辑和复杂数据结构。
默认配置示例
首次使用时,系统会自动创建一个基础配置文件 local_config.py:
# unilabos的配置文件
class BasicConfig:
ak = "" # 实验室网页给您提供的ak代码,您可以在配置文件中指定,也可以通过运行unilabos时以 --ak 传入,优先按照传入参数解析
sk = "" # 实验室网页给您提供的sk代码,您可以在配置文件中指定,也可以通过运行unilabos时以 --sk 传入,优先按照传入参数解析
# WebSocket配置,一般无需调整
class WSConfig:
reconnect_interval = 5 # 重连间隔(秒)
max_reconnect_attempts = 999 # 最大重连次数
ping_interval = 30 # ping间隔(秒)
您可以进入实验室,点击左下角的头像在实验室详情中获取所在实验室的ak sk

完整配置示例
您可以根据需要添加更多配置选项:
#!/usr/bin/env python
# coding=utf-8
"""Uni-Lab 配置文件"""
# 基础配置
class BasicConfig:
ak = "your_access_key" # 实验室访问密钥
sk = "your_secret_key" # 实验室私钥
working_dir = "" # 工作目录(通常自动设置)
config_path = "" # 配置文件路径(自动设置)
is_host_mode = True # 是否为主站模式
slave_no_host = False # 从站模式下是否跳过等待主机服务
upload_registry = False # 是否上传注册表
machine_name = "undefined" # 机器名称(自动获取)
vis_2d_enable = False # 是否启用2D可视化
enable_resource_load = True # 是否启用资源加载
communication_protocol = "websocket" # 通信协议
# WebSocket配置
class WSConfig:
reconnect_interval = 5 # 重连间隔(秒)
max_reconnect_attempts = 999 # 最大重连次数
ping_interval = 30 # ping间隔(秒)
# OSS上传配置
class OSSUploadConfig:
api_host = "" # API主机地址
authorization = "" # 授权信息
init_endpoint = "" # 初始化端点
complete_endpoint = "" # 完成端点
max_retries = 3 # 最大重试次数
# HTTP配置
class HTTPConfig:
remote_addr = "http://127.0.0.1:48197/api/v1" # 远程地址
# ROS配置
class ROSConfig:
modules = [
"std_msgs.msg",
"geometry_msgs.msg",
"control_msgs.msg",
"control_msgs.action",
"nav2_msgs.action",
"unilabos_msgs.msg",
"unilabos_msgs.action",
] # 需要加载的ROS模块
命令行参数覆盖配置
Uni-Lab 允许通过命令行参数覆盖配置文件中的设置,提供更灵活的配置方式。命令行参数的优先级高于配置文件。
支持命令行覆盖的配置项
以下配置项可以通过命令行参数进行覆盖:
| 配置类 | 配置字段 | 命令行参数 | 说明 |
|---|---|---|---|
BasicConfig |
ak |
--ak |
实验室访问密钥 |
BasicConfig |
sk |
--sk |
实验室私钥 |
BasicConfig |
working_dir |
--working_dir |
工作目录路径 |
BasicConfig |
is_host_mode |
--is_slave |
主站模式(参数为从站模式,取反) |
BasicConfig |
slave_no_host |
--slave_no_host |
从站模式下跳过等待主机服务 |
BasicConfig |
upload_registry |
--upload_registry |
启动时上传注册表信息 |
BasicConfig |
vis_2d_enable |
--2d_vis |
启用 2D 可视化 |
HTTPConfig |
remote_addr |
--addr |
远程服务地址 |
特殊命令行参数
除了直接覆盖配置项的参数外,还有一些特殊的命令行参数:
| 参数 | 说明 |
|---|---|
--config |
指定配置文件路径 |
--port |
Web 服务端口(不影响配置文件) |
--disable_browser |
禁用自动打开浏览器(不影响配置文件) |
--visual |
可视化工具选择(不影响配置文件) |
--skip_env_check |
跳过环境检查(不影响配置文件) |
配置优先级
配置项的生效优先级从高到低为:
- 命令行参数:最高优先级
- 环境变量:中等优先级
- 配置文件:基础优先级
使用示例
# 通过命令行覆盖认证信息
unilab --ak "new_access_key" --sk "new_secret_key"
# 覆盖服务器地址
unilab --addr "https://custom.server.com/api/v1"
# 启用从站模式并跳过等待主机
unilab --is_slave --slave_no_host
# 启用上传注册表和2D可视化
unilab --upload_registry --2d_vis
# 组合使用多个覆盖参数
unilab --ak "key" --sk "secret" --addr "test" --upload_registry --2d_vis
预设环境地址
--addr 参数支持以下预设值,会自动转换为对应的完整 URL:
test→https://uni-lab.test.bohrium.com/api/v1uat→https://uni-lab.uat.bohrium.com/api/v1local→http://127.0.0.1:48197/api/v1- 其他值 → 直接使用作为完整 URL
配置选项详解
基础配置 (BasicConfig)
基础配置包含了系统运行的核心参数:
| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|---|
ak |
str | "" |
实验室访问密钥(必需) |
sk |
str | "" |
实验室私钥(必需) |
working_dir |
str | "" |
工作目录,通常自动设置 |
is_host_mode |
bool | True |
是否为主站模式 |
slave_no_host |
bool | False |
从站模式下是否跳过等待主机服务 |
upload_registry |
bool | False |
启动时是否上传注册表信息 |
machine_name |
str | "undefined" |
机器名称,自动从 hostname 获取(不可配置) |
vis_2d_enable |
bool | False |
是否启用 2D 可视化 |
communication_protocol |
str | "websocket" |
通信协议,固定为 websocket |
认证配置
ak 和 sk 是必需的认证参数:
- 获取方式:在 Uni-Lab 官网 注册实验室后获得
- 配置方式:
- 命令行参数:
--ak "your_key" --sk "your_secret"(最高优先级) - 配置文件:在
BasicConfig类中设置 - 环境变量:
UNILABOS_BASICCONFIG_AK和UNILABOS_BASICCONFIG_SK
- 命令行参数:
- 优先级顺序:命令行参数 > 环境变量 > 配置文件
- 安全注意:请妥善保管您的密钥信息
推荐做法:
- 开发环境:使用配置文件
- 生产环境:使用环境变量或命令行参数
- 临时测试:使用命令行参数
WebSocket 配置 (WSConfig)
WebSocket 是 Uni-Lab 的主要通信方式:
| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|---|
reconnect_interval |
int | 5 |
断线重连间隔(秒) |
max_reconnect_attempts |
int | 999 |
最大重连次数 |
ping_interval |
int | 30 |
心跳检测间隔(秒) |
HTTP 配置 (HTTPConfig)
HTTP 客户端配置用于与云端服务通信:
| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|---|
remote_addr |
str | "http://127.0.0.1:48197/api/v1" |
远程服务地址 |
预设环境地址:
- 生产环境:
https://uni-lab.bohrium.com/api/v1 - 测试环境:
https://uni-lab.test.bohrium.com/api/v1 - UAT 环境:
https://uni-lab.uat.bohrium.com/api/v1 - 本地环境:
http://127.0.0.1:48197/api/v1
ROS 配置 (ROSConfig)
配置 ROS 消息转换器需要加载的模块:
class ROSConfig:
modules = [
"std_msgs.msg", # 标准消息类型
"geometry_msgs.msg", # 几何消息类型
"control_msgs.msg", # 控制消息类型
"control_msgs.action", # 控制动作类型
"nav2_msgs.action", # 导航动作类型
"unilabos_msgs.msg", # UniLab 自定义消息类型
"unilabos_msgs.action", # UniLab 自定义动作类型
]
您可以根据实际使用的设备和功能添加其他 ROS 模块。
OSS 上传配置 (OSSUploadConfig)
对象存储服务配置,用于文件上传功能:
| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|---|
api_host |
str | "" |
OSS API 主机地址 |
authorization |
str | "" |
授权认证信息 |
init_endpoint |
str | "" |
上传初始化端点 |
complete_endpoint |
str | "" |
上传完成端点 |
max_retries |
int | 3 |
上传失败最大重试次数 |
环境变量支持
Uni-Lab 支持通过环境变量覆盖配置文件中的设置。环境变量格式为:
UNILABOS_{配置类名}_{字段名}
环境变量示例
# 设置基础配置
export UNILABOS_BASICCONFIG_AK="your_access_key"
export UNILABOS_BASICCONFIG_SK="your_secret_key"
export UNILABOS_BASICCONFIG_IS_HOST_MODE="true"
# 设置WebSocket配置
export UNILABOS_WSCONFIG_RECONNECT_INTERVAL="10"
export UNILABOS_WSCONFIG_MAX_RECONNECT_ATTEMPTS="500"
# 设置HTTP配置
export UNILABOS_HTTPCONFIG_REMOTE_ADDR="https://uni-lab.bohrium.com/api/v1"
环境变量类型转换
- 布尔值:
"true","1","yes"→True;其他 →False - 整数:自动转换为
int类型 - 浮点数:自动转换为
float类型 - 字符串:保持原值
配置文件使用方法
1. 指定配置文件启动
# 使用指定配置文件启动
unilab --config /path/to/your/config.py
2. 使用默认配置文件
如果不指定配置文件,系统会按以下顺序查找:
- 环境变量
UNILABOS_BASICCONFIG_CONFIG_PATH指定的路径 - 工作目录下的
local_config.py - 首次使用时会引导创建配置文件
3. 配置文件验证
系统启动时会自动验证配置文件:
- 语法检查:确保 Python 语法正确
- 类型检查:验证配置项类型是否匹配
- 必需项检查:确保
ak和sk已配置
最佳实践
1. 安全配置
-
不要将包含密钥的配置文件提交到版本控制系统
-
使用环境变量或命令行参数在生产环境中配置敏感信息
-
定期更换访问密钥
-
推荐配置方式:
# 生产环境 - 使用环境变量 export UNILABOS_BASICCONFIG_AK="your_access_key" export UNILABOS_BASICCONFIG_SK="your_secret_key" unilab # 或使用命令行参数 unilab --ak "your_access_key" --sk "your_secret_key"
2. 多环境配置
为不同环境创建不同的配置文件并结合命令行参数:
configs/
├── local_config.py # 本地开发
├── test_config.py # 测试环境
├── prod_config.py # 生产环境
└── example_config.py # 示例配置
环境切换示例:
# 本地开发环境
unilab --config configs/local_config.py --addr local
# 测试环境
unilab --config configs/test_config.py --addr test --upload_registry
# 生产环境
unilab --config configs/prod_config.py --ak "$PROD_AK" --sk "$PROD_SK"
3. 配置管理
- 保持配置文件简洁,只包含需要修改的配置项
- 为配置项添加注释说明其作用
- 定期检查和更新配置文件
- 命令行参数优先使用场景:
- 临时测试不同配置
- CI/CD 流水线中的动态配置
- 不同环境间快速切换
- 敏感信息的安全传递
4. 灵活配置策略
基础配置文件 + 命令行覆盖的推荐方式:
# base_config.py - 基础配置
class BasicConfig:
# 非敏感配置写在文件中
is_host_mode = True
upload_registry = False
vis_2d_enable = False
class WSConfig:
reconnect_interval = 5
max_reconnect_attempts = 999
ping_interval = 30
# 启动时通过命令行覆盖关键参数
unilab --config base_config.py \
--ak "$AK" \
--sk "$SK" \
--addr "test" \
--upload_registry \
--2d_vis
故障排除
1. 配置文件加载失败
错误信息:[ENV] 配置文件 xxx 不存在
解决方法:
- 确认配置文件路径正确
- 检查文件权限是否可读
- 确保配置文件是
.py格式
2. 语法错误
错误信息:[ENV] 加载配置文件 xxx 失败
解决方法:
- 检查 Python 语法是否正确
- 确认类名和字段名拼写正确
- 验证缩进是否正确(使用空格而非制表符)
3. 认证失败
错误信息:后续运行必须拥有一个实验室
解决方法:
- 确认
ak和sk已正确配置 - 检查密钥是否有效
- 确认网络连接正常
4. 环境变量不生效
解决方法:
- 确认环境变量名格式正确(
UNILABOS_CLASS_FIELD) - 检查环境变量是否已正确设置
- 重启系统或重新加载环境变量
5. 命令行参数不生效
错误现象:设置了命令行参数但配置没有生效
解决方法:
- 确认参数名拼写正确(如
--ak而不是--access_key) - 检查参数格式是否正确(布尔参数如
--is_slave不需要值) - 确认参数位置正确(所有参数都应在
unilab之后) - 查看启动日志确认参数是否被正确解析
6. 配置优先级混淆
错误现象:不确定哪个配置生效
解决方法:
- 记住优先级:命令行参数 > 环境变量 > 配置文件
- 使用
--ak和--sk参数时会看到提示信息 - 检查启动日志中的配置加载信息
- 临时移除低优先级配置来测试高优先级配置是否生效