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Uni-Lab-OS/unilabos/devices/workstation/README.md
Xuwznln 4c8022ee95 Workstation yb merge dev ready 260113 (#216)
* feat(bioyond): 添加计算实验设计功能,支持化合物配比和滴定比例参数

* feat(bioyond): 添加测量小瓶功能,支持基本参数配置

* feat(bioyond): 添加测量小瓶配置,支持新设备参数

* feat(bioyond): 更新仓库布局和尺寸,支持竖向排列的测量小瓶和试剂存放堆栈

* feat(bioyond): 优化任务创建流程,确保无论成功与否都清理任务队列以避免重复累积

* feat(bioyond): 添加设置反应器温度功能,支持温度范围和异常处理

* feat(bioyond): 调整反应器位置配置,统一坐标格式

* feat(bioyond): 添加调度器启动功能,支持任务队列执行并处理异常

* feat(bioyond): 优化调度器启动功能,添加异常处理并更新相关配置

* feat(opcua): 增强节点ID解析兼容性和数据类型处理

改进节点ID解析逻辑以支持多种格式,包括字符串和数字标识符
添加数据类型转换处理,确保写入值时类型匹配
优化错误提示信息,便于调试节点连接问题

* feat(registry): 新增后处理站的设备配置文件

添加后处理站的YAML配置文件,包含动作映射、状态类型和设备描述

* 添加调度器启动功能,合并物料参数配置,优化物料参数处理逻辑

* 添加从 Bioyond 系统自动同步工作流序列的功能,并更新相关配置

* fix:兼容 BioyondReactionStation 中 workflow_sequence 被重写为 property

* fix:同步工作流序列

* feat: remove commented workflow synchronization from `reaction_station.py`.

* 添加时间约束功能及相关配置

* fix:自动更新物料缓存功能,添加物料时更新缓存并在删除时移除缓存项

* fix:在添加物料时处理字符串和字典返回值,确保正确更新缓存

* fix:更新奔曜错误处理报送为物料变更报送,调整日志记录和响应消息

* feat:添加实验报告简化功能,去除冗余信息并保留关键信息

* feat: 添加任务状态事件发布功能,监控并报告任务运行、超时、完成和错误状态

* fix: 修复添加物料时数据格式错误

* Refactor bioyond_dispensing_station and reaction_station_bioyond YAML configurations

- Removed redundant action value mappings from bioyond_dispensing_station.
- Updated goal properties in bioyond_dispensing_station to use enums for target_stack and other parameters.
- Changed data types for end_point and start_point in reaction_station_bioyond to use string enums (Start, End).
- Simplified descriptions and updated measurement units from μL to mL where applicable.
- Removed unused commands from reaction_station_bioyond to streamline the configuration.

* fix:Change the material unit from μL to mL

* fix:refresh_material_cache

* feat: 动态获取工作流步骤ID,优化工作流配置

* feat: 添加清空服务端所有非核心工作流功能

* fix:修复Bottle类的序列化和反序列化方法

* feat:增强材料缓存更新逻辑,支持处理返回数据中的详细信息

* Add debug log

* feat(workstation): update bioyond config migration and coin cell material search logic

- Migrate bioyond_cell config to JSON structure and remove global variable dependencies
- Implement material search confirmation dialog auto-handling
- Add documentation: 20260113_物料搜寻确认弹窗自动处理功能.md and 20260113_配置迁移修改总结.md

* Refactor module paths for Bioyond devices in YAML configuration files

- Updated the module path for BioyondDispensingStation in bioyond_dispensing_station.yaml to reflect the new directory structure.
- Updated the module path for BioyondReactionStation and BioyondReactor in reaction_station_bioyond.yaml to align with the revised organization of the codebase.

* fix: WareHouse 的不可哈希类型错误,优化父节点去重逻辑

* refactor: Move config from module to instance initialization

* fix: 修正 reaction_station 目录名拼写错误

* feat: Integrate material search logic and cleanup deprecated files

- Update coin_cell_assembly.py with material search dialog handling
- Update YB_warehouses.py with latest warehouse configurations
- Remove outdated documentation and test data files

* Refactor: Use instance attributes for action names and workflow step IDs

* refactor: Split tipbox storage into left and right warehouses

* refactor: Merge tipbox storage left and right into single warehouse

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Co-authored-by: ZiWei <131428629+ZiWei09@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Andy6M <xieqiming1132@qq.com>
2026-01-17 15:44:18 +08:00

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# 工作站抽象基类物料系统架构说明
### 核心原则
1. **PyLabRobot为物料管理核心**使用PyLabRobot的Deck系统作为物料管理的基础利用其成熟的Resource体系
2. **Graphio转换函数集成**使用graphio中的`resource_ulab_to_plr`等转换函数实现UniLab与PLR格式的无缝转换
3. **关注点分离**基类专注核心物料系统HTTP服务等功能在子类中实现
4. **外部系统集成模式**通过ResourceSynchronizer抽象类提供外部物料系统对接模式
## 架构组成
### 1. WorkstationBase基类
**文件**: `workstation_base.py`
**核心功能**
- 使用deck_config和children通过`resource_ulab_to_plr`转换为PLR物料self.deck
- 基础的资源查找和管理功能
- 抽象的工作流执行接口
- ResourceSynchronizer集成点
**关键代码**
```python
def _initialize_material_system(self, deck_config: Dict[str, Any], children_config: Dict[str, Any] = None):
"""初始化基于PLR的物料系统"""
# 合并deck_config和children
complete_config = self._merge_deck_and_children_config(deck_config, children_config)
# 使用graphio转换函数转换为PLR资源
self.deck = resource_ulab_to_plr(complete_config)
```
### 2. ResourceSynchronizer外部系统集成抽象类
**定义在**: `workstation_base.py`
**设计目的**
- 提供外部物料系统如Bioyond、LIMS等集成的标准接口
- 双向同步从外部系统同步到本地deck以及将本地变更同步到外部系统
- 处理外部系统的变更通知
**核心方法**
```python
async def sync_from_external(self) -> bool:
"""从外部系统同步物料到本地deck"""
async def sync_to_external(self, plr_resource) -> bool:
"""将本地物料同步到外部系统"""
async def handle_external_change(self, change_info: Dict[str, Any]) -> bool:
"""处理外部系统的变更通知"""
```
### 3. WorkstationWithHTTP子类示例
**文件**: `workstation_with_http_example.py`
**扩展功能**
- HTTP报送接收服务集成
- 具体工作流实现(液体转移、板洗等)
- Bioyond物料系统同步器示例
- 外部报送处理方法
## 技术栈
### 核心依赖
- **PyLabRobot**: 物料资源管理核心Deck, Resource, Coordinate
- **GraphIO转换函数**: UniLab ↔ PLR格式转换
- `resource_ulab_to_plr`: UniLab格式转PLR格式
- `resource_plr_to_ulab`: PLR格式转UniLab格式
- `convert_resources_to_type`: 通用资源类型转换
- **ROS2**: 基础设备节点通信BaseROS2DeviceNode
### 可选依赖
- **HTTP服务**: 仅在需要外部报送接收的子类中使用
- **外部系统API**: 根据具体集成需求添加
## 使用示例
### 1. 简单工作站仅PLR物料系统
```python
from unilabos.devices.workstation.workstation_base import WorkstationBase
# Deck配置
deck_config = {
"size_x": 1200.0,
"size_y": 800.0,
"size_z": 100.0
}
# 子资源配置
children_config = {
"source_plate": {
"name": "source_plate",
"type": "plate",
"position": {"x": 100, "y": 100, "z": 10},
"config": {"size_x": 127.8, "size_y": 85.5, "size_z": 14.4}
}
}
# 创建工作站
workstation = WorkstationBase(
device_id="simple_workstation",
deck_config=deck_config,
children_config=children_config
)
# 查找资源
plate = workstation.find_resource_by_name("source_plate")
```
### 2. 带HTTP服务的工作站
```python
from unilabos.devices.workstation.workstation_with_http_example import WorkstationWithHTTP
# HTTP服务配置
http_service_config = {
"enabled": True,
"host": "127.0.0.1",
"port": 8081
}
# 创建带HTTP服务的工作站
workstation = WorkstationWithHTTP(
device_id="http_workstation",
deck_config=deck_config,
children_config=children_config,
http_service_config=http_service_config
)
# 执行工作流
success = workstation.execute_workflow("liquid_transfer", {
"volume": 100.0,
"source_wells": ["A1", "A2"],
"dest_wells": ["B1", "B2"]
})
```
### 3. 外部系统集成
```python
class BioyondResourceSynchronizer(ResourceSynchronizer):
"""Bioyond系统同步器"""
async def sync_from_external(self) -> bool:
# 从Bioyond API获取物料
external_materials = await self._fetch_bioyong_materials()
# 转换并添加到本地deck
for material in external_materials:
await self._add_material_to_deck(material)
return True
```
## 设计优势
### 1. **简洁性**
- 基类只专注核心物料管理,没有冗余功能
- 使用成熟的PyLabRobot作为物料管理基础
### 2. **可扩展性**
- 通过子类添加HTTP服务、特定工作流等功能
- ResourceSynchronizer模式支持任意外部系统集成
### 3. **标准化**
- PLR Deck提供标准的资源管理接口
- Graphio转换函数确保格式一致性
### 4. **灵活性**
- 可选择性使用HTTP服务和外部系统集成
- 支持不同类型的工作站需求
## 发展历程
1. **初始设计**: 复杂的统一物料系统包含HTTP服务和多种功能
2. **PyLabRobot集成**: 引入PLR Deck管理但保留了ResourceTracker复杂性
3. **Graphio转换**: 使用graphio转换函数简化初始化
4. **最终简化**: 专注核心PLR物料系统HTTP服务移至子类
这个架构体现了"用PyLabRobot Deck来管理物料会更好但是要做好和外部物料系统的对接"的设计理念,以及"现在我只需要在工作站创建的时候整体使用deck_config和children一起通过resource_ulab_to_plr转换为plr物料self.deck即可"的简化要求。